Pythonを使用して、印刷を.txtファイルにリダイレクトしたい。私は 'for'ループを持っています。これは、すべての出力を1つのファイルにリダイレクトしたい一方で、.bamファイルのそれぞれの出力を「印刷」します。だから入れてみました

 f = open('output.txt','w'); sys.stdout = f

私のスクリプトの最初に。ただし、.txtファイルには何も表示されません。私のスクリプトは：

#!/usr/bin/python

import os,sys
import subprocess
import glob
from os import path

f = open('output.txt','w')
sys.stdout = f

path= '/home/xug/nearline/bamfiles'
bamfiles = glob.glob(path + '/*.bam')

for bamfile in bamfiles:
    filename = bamfile.split('/')[-1]
    print 'Filename:', filename
    samtoolsin = subprocess.Popen(["/share/bin/samtools/samtools","view",bamfile],
                                  stdout=subprocess.PIPE,bufsize=1)
    linelist= samtoolsin.stdout.readlines()
    print 'Readlines finished!'
    ........print....
    ........print....

だから問題は何ですか？このsys.stdout以外の方法はありますか？

私の結果は次のようにする必要があります：

Filename: ERR001268.bam
Readlines finished!
Mean: 233
SD: 10
Interval is: (213, 252)

これを行う最も明白な方法は、ファイルオブジェクトに出力することです。

with open('out.txt', 'w') as f:
    print >> f, 'Filename:', filename     # Python 2.x
    print('Filename:', filename, file=f)  # Python 3.x

ただし、stdoutのリダイレクトも機能します。次のような1回限りのスクリプトではおそらく問題ありません。

import sys

orig_stdout = sys.stdout
f = open('out.txt', 'w')
sys.stdout = f

for i in range(2):
    print 'i = ', i

sys.stdout = orig_stdout
f.close()

シェル自体から外部にリダイレクトするのも良い方法です。

./script.py > out.txt

その他の質問：

スクリプトの最初のファイル名は何ですか？初期化されていません。

私の最初の推測では、globはbamfileを見つけられないため、forループは実行されません。フォルダが存在することを確認し、スクリプトでbamfilesを出力します。

また、os.path.joinおよびos.path.basenameを使用して、パスとファイル名を操作します。

>>オペレーターで印刷をリダイレクトできます。

f = open(filename,'w')
print >>f, 'whatever'     # Python 2.x
print('whatever', file=f) # Python 3.x

ほとんどの場合、通常はファイルに書き込むだけのほうがよいでしょう。

f.write('whatever')

または、次のように、間にスペースを入れて書きたい項目がいくつかある場合print：

f.write(' '.join(('whatever', str(var2), 'etc')))

Python 2またはPython 3 APIリファレンス：

print(*objects, sep=' ', end='\n', file=sys.stdout, flush=False)

ファイル引数が持つオブジェクトでなければならないwrite(string)方法。存在しない場合None、またはsys.stdoutが使用されます。印刷された引数はテキスト文字列に変換さprint()れるため、バイナリモードのファイルオブジェクトでは使用できません。これらについては、file.write(...)代わりに使用してください。

以来、ファイルオブジェクトが正常に含まれているwrite()方法を、あなたがする必要があるすべては渡すことですファイルオブジェクトを引数に。

ファイルへの書き込み/上書き

with open('file.txt', 'w') as f:
    print('hello world', file=f)

ファイルへの書き込み/追加

with open('file.txt', 'a') as f:
    print('hello world', file=f)

これは完全に機能します：

import sys
sys.stdout=open("test.txt","w")
print ("hello")
sys.stdout.close()

こんにちは、test.txtファイルに書き込まれます。閉じていることを確認しstdoutてclose、それなしでコンテンツがファイルに保存されません

使用せずprint、使用するlogging

sys.stdoutファイルを指すように変更することもできますが、これはこの問題を処理するためのかなり不格好で柔軟性のない方法です。を使用printする代わりに、loggingモジュールを使用します。

ではlogging、と同じように印刷しstdoutたり、出力をファイルに書き込んだりすることもできます。あなたも、（異なるメッセージレベルを使用することができcritical、error、warning、info、debug、例えば、コンソールだけに大きな問題を印刷し、まだファイルにマイナーコードアクションをログに記録します）。

簡単な例

インポートlogging、取得logger、および処理レベルの設定：

import logging
logger = logging.getLogger()
logger.setLevel(logging.DEBUG) # process everything, even if everything isn't printed

stdoutに出力する場合：

ch = logging.StreamHandler()
ch.setLevel(logging.INFO) # or any other level
logger.addHandler(ch)

ファイルにも書き込みたい場合（ファイルにのみ書き込みたい場合は、最後のセクションをスキップしてください）：

fh = logging.FileHandler('myLog.log')
fh.setLevel(logging.DEBUG) # or any level you want
logger.addHandler(fh)

次に、次のprintいずれかのlogger方法を使用します。

# print(foo)
logger.debug(foo)

# print('finishing processing')
logger.info('finishing processing')

# print('Something may be wrong')
logger.warning('Something may be wrong')

# print('Something is going really bad')
logger.error('Something is going really bad')

より高度なlogging機能の使用の詳細についてloggingは、Pythonドキュメントの優れたチュートリアルをご覧ください。

最も簡単な解決策はpythonを使用しないことです。シェルを通して。ファイルの最初の行から（#!/usr/bin/python）UNIXシステムを使用していると思います。print通常と同じようにステートメントを使用し、スクリプトでファイルをまったく開かないでください。代わりにファイルを実行するとき

./script.py

ファイルを実行するには、

./script.py > <filename>

ここで<filename>、出力先のファイルの名前に置き換えます。この>トークンは、（ほとんどの）シェルにstdoutを次のトークンで記述されたファイルに設定するように指示します。

ここで言及する必要がある重要なことの1つは、「script.py」を実行するため./script.pyに実行可能にする必要があることです。

したがって./script.py、実行する前に、このコマンドを実行します

chmod a+x script.py （すべてのユーザーに対してスクリプトを実行可能にします）

Linuxを使用している場合は、teeコマンドを使用することをお勧めします。実装は次のようになります。

python python_file.py | tee any_file_name.txt

コードを変更したくない場合は、これが最善の解決策になると思います。ロガーを実装することもできますが、コードにいくつかの変更を加える必要があります。

この答えは気に入らないかもしれませんが、私は正しい答えだと思います。どうしても必要な場合以外は、標準出力先を変更しないでください（おそらく、標準出力に出力するだけのライブラリを使用しているのではないでしょうか???明らかにここではそうではありません）。

データを文字列として事前に準備し、ファイルを開いて一度にすべてを書き込むのが良い習慣だと思います。これは、入出力操作がファイルハンドルを開いている時間が長いほど、このファイルでエラー（ファイルロックエラー、I / Oエラーなど）が発生する可能性が高くなるためです。1回の操作ですべてを実行するだけで、いつ問題が発生したかについて疑問が残りません。

次に例を示します。

out_lines = []
for bamfile in bamfiles:
    filename = bamfile.split('/')[-1]
    out_lines.append('Filename: %s' % filename)
    samtoolsin = subprocess.Popen(["/share/bin/samtools/samtools","view",bamfile],
                                  stdout=subprocess.PIPE,bufsize=1)
    linelist= samtoolsin.stdout.readlines()
    print 'Readlines finished!'
    out_lines.extend(linelist)
    out_lines.append('\n')

そして、すべての「データ行」をリスト項目ごとに1行収集したら、それらをいくつかの'\n'文字と結合して、全体を出力可能にすることができます。with安全のために、出力ステートメントをブロックでラップすることもできます（問題が発生した場合でも出力ハンドルを自動的に閉じます）。

out_string = '\n'.join(out_lines)
out_filename = 'myfile.txt'
with open(out_filename, 'w') as outf:
    outf.write(out_string)
print "YAY MY STDOUT IS UNTAINTED!!!"

ただし、書き込むデータが多い場合は、一度に1つずつ書き込むことができます。私はそれがあなたのアプリケーションに関連しているとは思いませんが、ここに代替があります：

out_filename = 'myfile.txt'
outf = open(out_filename, 'w')
for bamfile in bamfiles:
    filename = bamfile.split('/')[-1]
    outf.write('Filename: %s' % filename)
    samtoolsin = subprocess.Popen(["/share/bin/samtools/samtools","view",bamfile],
                                  stdout=subprocess.PIPE,bufsize=1)
    mydata = samtoolsin.stdout.read()
    outf.write(mydata)
outf.close()

リダイレクトがstdout問題に対して機能する場合、Gringo Suaveの答えは、それを行う方法の優れたデモンストレーションです。

さらに簡単にするために、次のステートメントを使用して、簡潔な一般化された呼び出し構文のためにコンテキストマネージャーを利用するバージョンを作成しましたwith。

from contextlib import contextmanager
import sys

@contextmanager
def redirected_stdout(outstream):
    orig_stdout = sys.stdout
    try:
        sys.stdout = outstream
        yield
    finally:
        sys.stdout = orig_stdout

これを使用するには、次のようにします（Suaveの例から派生）。

with open('out.txt', 'w') as outfile:
    with redirected_stdout(outfile):
        for i in range(2):
            print('i =', i)

これはprint、モジュールが使用したくない方法で選択的にリダイレクトする場合に役立ちます。唯一の不利な点（そしてこれは多くの状況でのディールブレーカーです）は、の異なる値を持つ複数のスレッドstdoutが必要な場合には機能しないことですが、より良い、より一般化された方法、つまり間接的なモジュールアクセスが必要です。この質問の他の回答でその実装を確認できます。

sys.stdoutの値を変更すると、printへのすべての呼び出しの宛先が変更されます。別の方法で印刷先を変更しても、同じ結果が得られます。

あなたのバグはどこかにあります：

• それはあなたがあなたの質問のためにあなたが削除したコードにあるかもしれません（ファイル名はどこを開くための呼び出しから来ますか？）
• また、データがフラッシュされるのを待っていない可能性もあります。ターミナルで印刷する場合、データは新しい行ごとにフラッシュされますが、ファイルに印刷する場合は、stdoutバッファーがいっぱい（4096バイト）の場合にのみフラッシュされます。ほとんどのシステム）。

ループの印刷機能を拡張するためのもの

x = 0
while x <=5:
    x = x + 1
    with open('outputEis.txt', 'a') as f:
        print(x, file=f)
    f.close()