Rで密度プロットをオーバーレイする方法は？

同じデバイスに2つの密度プロットをRでオーバーレイしたいのですが、どうすればよいですか？Webを検索しましたが、明らかな解決策は見つかりませんでした。

私の考えは、テキストファイル（列）からデータを読み取ってから使用することです

plot(density(MyData$Column1))
plot(density(MyData$Column2), add=T)

またはこの精神の何か。

lines2番目のものに使用します：

plot(density(MyData$Column1))
lines(density(MyData$Column2))

ただし、最初のプロットの限界が適切であることを確認してください。

ggplot2は、Gavinが言及している範囲の問題などをかなり巧妙な方法で処理する別のグラフィックパッケージです。また、適切な凡例の自動生成も処理し、一般的に、手動操作を少なくして、箱から出してすぐに洗練された感触を得ることができます。

library(ggplot2)

#Sample data
dat <- data.frame(dens = c(rnorm(100), rnorm(100, 10, 5))
                   , lines = rep(c("a", "b"), each = 100))
#Plot.
ggplot(dat, aes(x = dens, fill = lines)) + geom_density(alpha = 0.5)

y軸の制限を処理し、色を追加し、任意の数の列で機能するベースグラフィックバージョンを追加します。

データセットがある場合：

myData <- data.frame(std.nromal=rnorm(1000, m=0, sd=1),
                     wide.normal=rnorm(1000, m=0, sd=2),
                     exponent=rexp(1000, rate=1),
                     uniform=runif(1000, min=-3, max=3)
                     )

次に、密度をプロットします。

dens <- apply(myData, 2, density)

plot(NA, xlim=range(sapply(dens, "[", "x")), ylim=range(sapply(dens, "[", "y")))
mapply(lines, dens, col=1:length(dens))

legend("topright", legend=names(dens), fill=1:length(dens))

それは与える：

完全なセットを提供するために、以下を使用したChaseの回答のバージョンを次に示しますlattice。

dat <- data.frame(dens = c(rnorm(100), rnorm(100, 10, 5))
                   , lines = rep(c("a", "b"), each = 100))

densityplot(~dens,data=dat,groups = lines,
            plot.points = FALSE, ref = TRUE, 
            auto.key = list(space = "right"))

これは次のようなプロットを生成します：

それが私がベースでそれを行う方法です（それは実際には最初の回答のコメントで言及されていますが、まだコメントできないので凡例を含む完全なコードをここに示します...）

まず、密度プロットからy軸の最大値に関する情報を取得する必要があります。したがって、最初に実際に密度を個別に計算する必要があります

dta_A <- density(VarA, na.rm = TRUE)
dta_B <- density(VarB, na.rm = TRUE)

次に、最初の答えに従ってそれらをプロットし、取得したy軸の最小値と最大値を定義します。（最小値を0に設定しました）

plot(dta_A, col = "blue", main = "2 densities on one plot"), 
     ylim = c(0, max(dta_A$y,dta_B$y)))  
lines(dta_B, col = "red")

次に、右上隅に凡例を追加します

legend("topright", c("VarA","VarB"), lty = c(1,1), col = c("blue","red"))

上記のラティスの例を取り上げて、気の利いた関数を作成しました。メルト/キャストによる形状変更でこれを行うためのより良い方法がおそらくあります。（改善が見られた場合は、コメントまたは編集してください。）

multi.density.plot=function(data,main=paste(names(data),collapse = ' vs '),...){
  ##combines multiple density plots together when given a list
  df=data.frame();
  for(n in names(data)){
    idf=data.frame(x=data[[n]],label=rep(n,length(data[[n]])))
    df=rbind(df,idf)
  }
  densityplot(~x,data=df,groups = label,plot.points = F, ref = T, auto.key = list(space = "right"),main=main,...)
}

使用例：

multi.density.plot(list(BN1=bn1$V1,BN2=bn2$V1),main='BN1 vs BN2')

multi.density.plot(list(BN1=bn1$V1,BN2=bn2$V1))

ggjoyパッケージをご利用いただけます。次のbetaような3つの異なる分布があるとしましょう。

set.seed(5)
b1<-data.frame(Variant= "Variant 1", Values = rbeta(1000, 101, 1001))
b2<-data.frame(Variant= "Variant 2", Values = rbeta(1000, 111, 1011))
b3<-data.frame(Variant= "Variant 3", Values = rbeta(1000, 11, 101))


df<-rbind(b1,b2,b3)

次のように3つの異なる分布を取得できます。

library(tidyverse)
library(ggjoy)


ggplot(df, aes(x=Values, y=Variant))+
    geom_joy(scale = 2, alpha=0.5) +
    scale_y_discrete(expand=c(0.01, 0)) +
    scale_x_continuous(expand=c(0.01, 0)) +
    theme_joy()

軸制限の不一致の問題がある場合は常に、baseグラフィックスの適切なツールはを使用することmatplotです。重要なのは、fromとto引数をに活用することdensity.defaultです。少しハックですが、自分で転がるのはかなり簡単です。

set.seed(102349)
x1 = rnorm(1000, mean = 5, sd = 3)
x2 = rnorm(5000, mean = 2, sd = 8)

xrng = range(x1, x2)

#force the x values at which density is
#  evaluated to be the same between 'density'
#  calls by specifying 'from' and 'to'
#  (and possibly 'n', if you'd like)
kde1 = density(x1, from = xrng[1L], to = xrng[2L])
kde2 = density(x2, from = xrng[1L], to = xrng[2L])

matplot(kde1$x, cbind(kde1$y, kde2$y))

必要に応じて添えものを追加します（matplot受け入れ、すべての標準plot/par引数、例えばlty、type、col、lwd、...）。