grid.arrangeを使用して任意の数のggplotを配置するにはどうすればよいですか?


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これはggplot2 googleグループにクロスポストされています

私の状況は、(ユーザーから提供された入力データに応じて)任意の数のプロットを出力する関数に取り組んでいることです。関数はn個のプロットのリストを返します。これらのプロットを2 x 2の形式で配置します。私は同時に起こる問題に苦労しています:

  1. 柔軟性を任意の(n)数のプロットに渡せるようにするにはどうすればよいですか?
  2. また、2 x 2に配置するように指定することもできます

私の現在の戦略はパッケージgrid.arrangeから使用しgridExtraます。それはおそらく最適ではないでしょう。特に、これが鍵であり、まったく機能しません。これは、コメント付きのサンプルコードです。3つのプロットを試してみます。

library(ggplot2)
library(gridExtra)

x <- qplot(mpg, disp, data = mtcars)
y <- qplot(hp, wt, data = mtcars)
z <- qplot(qsec, wt, data = mtcars)

# A normal, plain-jane call to grid.arrange is fine for displaying all my plots
grid.arrange(x, y, z)

# But, for my purposes, I need a 2 x 2 layout. So the command below works acceptably.
grid.arrange(x, y, z, nrow = 2, ncol = 2)

# The problem is that the function I'm developing outputs a LIST of an arbitrary
# number plots, and I'd like to be able to plot every plot in the list on a 2 x 2
# laid-out page. I can at least plot a list of plots by constructing a do.call()
# expression, below. (Note: it totally even surprises me that this do.call expression
# DOES work. I'm astounded.)
plot.list <- list(x, y, z)
do.call(grid.arrange, plot.list)

# But now I need 2 x 2 pages. No problem, right? Since do.call() is taking a list of
# arguments, I'll just add my grid.layout arguments to the list. Since grid.arrange is
# supposed to pass layout arguments along to grid.layout anyway, this should work.
args.list <- c(plot.list, "nrow = 2", "ncol = 2")

# Except that the line below is going to fail, producing an "input must be grobs!"
# error
do.call(grid.arrange, args.list)

私はやる気がないので、私は隅で謙虚に集まり、私よりはるかに賢明なコミュニティの賢明なフィードバックを熱心に待ち望んでいます。特に、これを必要以上に難しくしている場合は。


2
非常によくできた質問に対する称賛。これを良いSO [r]質問を書く方法の例として使用します。
JDロング

1
特に「謙虚な寄り添い」の部分-良い小槌のようなものは何もない:-)
ベンボルカー

@JDと@Ben-お世辞です。心から。そして、私は本当に助けに感謝します。
briandk 2011

回答:


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あなたはそこにほとんどいます!問題はdo.call、引数が名前付きlistオブジェクトにあることを期待していることです。あなたはそれらをリストに入れましたが、名前付きリスト項目ではなく文字列として。

私はこれがうまくいくと思います:

args.list <- c(plot.list, 2,2)
names(args.list) <- c("x", "y", "z", "nrow", "ncol")

ベンとジョシュアがコメントで指摘したように、リストを作成するときに名前を割り当てることができます。

args.list <- c(plot.list,list(nrow=2,ncol=2))

または

args.list <- list(x=x, y=y, z=x, nrow=2, ncol=2)

1
コードを数回変更しました。編集してごめんなさい。それは今意味がありますか?以前にベクターだと言ったとき、私は間違って話しました。申し訳ありません。
JD Long

2
あなたは、リストの作成時に引数に名前を付けることができます:args.list <- list(x=x, y=y, z=x, nrow=2, ncol=2)
ジョシュア・ウルリッヒ

2
ではない正確に。あなたのものは適切な長さです。リストの構造は、JDのリストの構造とは異なります。str()およびnames()を使用します。すべてのリスト要素には名前が付けられていないため、do.callが成功するには、正確な位置一致が必要でした。
IRTFM '13 / 07/13

2
@JD Long; 私は心から同意します。また、すべてのエラーを防止できない場合でも、traceback()名前付き引数を使用すると、はるかに優れたエラーメッセージと情報が得られます。
IRTFM '13 / 07/13

1
ここでの議論にはあまり従いません。への最初の引数grid.arrange()...位置マッチングであるため、おそらく無関係です。各入力は、グリッドオブジェクト(名前付きまたは名前なし)、の名前付きパラメーターgrid.layout、または残りの引数の名前付きパラメーターのいずれかでなければなりません。
バプティスト

16

これを試して、

require(ggplot2)
require(gridExtra)
plots <- lapply(1:11, function(.x) qplot(1:10,rnorm(10), main=paste("plot",.x)))

params <- list(nrow=2, ncol=2)

n <- with(params, nrow*ncol)
## add one page if division is not complete
pages <- length(plots) %/% n + as.logical(length(plots) %% n)

groups <- split(seq_along(plots), 
  gl(pages, n, length(plots)))

pl <-
  lapply(names(groups), function(g)
         {
           do.call(arrangeGrob, c(plots[groups[[g]]], params, 
                                  list(main=paste("page", g, "of", pages))))
         })

class(pl) <- c("arrangelist", "ggplot", class(pl))
print.arrangelist = function(x, ...) lapply(x, function(.x) {
  if(dev.interactive()) dev.new() else grid.newpage()
   grid.draw(.x)
   }, ...)

## interactive use; open new devices
pl

## non-interactive use, multipage pdf
ggsave("multipage.pdf", pl)

3
バージョン> = gridExtraの0.9は、いつでもnrow *のNcoI <長さ(プロット)は、自動的にすべてこれを行うにはmarrangeGrobを提供
バティスト

5
ggsave("multipage.pdf", do.call(marrangeGrob, c(plots, list(nrow=2, ncol=2))))
baptiste 2012年

4

私は少し遅れて答えていますが、というカスタム関数を使用して非常によく似た処理を行うR Graphicsクックブックの解決策を見つけましたmultiplot。多分それはこの質問を見つける他の人を助けるでしょう。この質問に対する他の回答よりもソリューションが新しい可能性があるため、回答も追加します。

1ページに複数のグラフ(ggplot2)

これが現在の関数ですが、上記のリンクを使用してください。作者がggplot2 0.9.3用に更新されていることを示しています。これは、再度変更される可能性があることを示しています。

# Multiple plot function
#
# ggplot objects can be passed in ..., or to plotlist (as a list of ggplot objects)
# - cols:   Number of columns in layout
# - layout: A matrix specifying the layout. If present, 'cols' is ignored.
#
# If the layout is something like matrix(c(1,2,3,3), nrow=2, byrow=TRUE),
# then plot 1 will go in the upper left, 2 will go in the upper right, and
# 3 will go all the way across the bottom.
#
multiplot <- function(..., plotlist=NULL, file, cols=1, layout=NULL) {
  require(grid)

  # Make a list from the ... arguments and plotlist
  plots <- c(list(...), plotlist)

  numPlots = length(plots)

  # If layout is NULL, then use 'cols' to determine layout
  if (is.null(layout)) {
    # Make the panel
    # ncol: Number of columns of plots
    # nrow: Number of rows needed, calculated from # of cols
    layout <- matrix(seq(1, cols * ceiling(numPlots/cols)),
                    ncol = cols, nrow = ceiling(numPlots/cols))
  }

 if (numPlots==1) {
    print(plots[[1]])

  } else {
    # Set up the page
    grid.newpage()
    pushViewport(viewport(layout = grid.layout(nrow(layout), ncol(layout))))

    # Make each plot, in the correct location
    for (i in 1:numPlots) {
      # Get the i,j matrix positions of the regions that contain this subplot
      matchidx <- as.data.frame(which(layout == i, arr.ind = TRUE))

      print(plots[[i]], vp = viewport(layout.pos.row = matchidx$row,
                                      layout.pos.col = matchidx$col))
    }
  }
}

プロットオブジェクトを作成します。

p1 <- ggplot(...)
p2 <- ggplot(...)
# etc.

そしてそれらを次に渡しますmultiplot

multiplot(p1, p2, ..., cols = n)
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