アルファの美学は単純な形ではなく矢の骨格を示しています-それを防ぐ方法は？

バーの端に矢印のあるバープロットを作成することを目指しています。私は定義されたと行きましgeom_segmentたarrow。1つの列を透明度にマップしたいのですが、アルファの美観が矢印オブジェクトでうまく機能しないようです。コードスニペットは次のとおりです。

tibble(y = c(10, 20, 30), n = c(300, 100, 200), transparency = c(10, 2, 4)) %>% 
  ggplot() + geom_segment(aes(x = 0, xend = n, y = y, yend = y, alpha = transparency), 
                          colour = 'red', size = 10, arrow = arrow(length = unit(1.5, 'cm'), type = 'closed')) +
  scale_y_continuous(limits = c(5, 35))

arrowオブジェクトがの値が低いと見た目が悪くalpha、プレーンで透明な形状ではなくスケルトンが表示されることが簡単にわかります。それを防ぐ方法はありますか？

geom_arrowbar他のgeomと同じように使用できる新しいgeomを作成できるので、あなたの場合、次のようにするだけで目的のプロットが得られます。

tibble(y = c(10, 20, 30), n = c(300, 100, 200), transparency = c(10, 2, 4)) %>%
  ggplot() +
  geom_arrowbar(aes(x = n, y = y, alpha = transparency), fill = "red") +
  scale_y_continuous(limits = c(5, 35)) +
  scale_x_continuous(limits = c(0, 350))

そして、それは3つのパラメータが含まれcolumn_width、head_widthそしてhead_lengthそれはあなたがデフォルトのようにしない場合は、矢印の形状を変更することができます。必要に応じて、塗りつぶしの色やその他の美観を指定することもできます。

tibble(y = c(10, 20, 30), n = c(300, 100, 200), transparency = c(10, 2, 4)) %>%
  ggplot() +
  geom_arrowbar(aes(x = n, y = y, alpha = transparency, fill = as.factor(n)),
                column_width = 1.8, head_width = 1.8, colour = "black") +
  scale_y_continuous(limits = c(5, 35)) +
  scale_x_continuous(limits = c(0, 350))

私たちが最初にそれを書かなければならないという唯一の障害です！

例で、次の拡張ggplot2ビネット、我々は我々を定義することができgeom_arrowbar、我々は矢印の形状を制御する私たちの3つのパラメータを渡すことができるようにしたい除いて、他のgeomが定義されているのと同じように。これらは、矢印レイヤーを作成するために使用されるparams結果のlayerオブジェクトのリストに追加されます。

library(tidyverse)

geom_arrowbar <- function(mapping = NULL, data = NULL, stat = "identity",
                          position = "identity", na.rm = FALSE, show.legend = NA,
                          inherit.aes = TRUE, head_width = 1, column_width = 1,
                          head_length = 1, ...) 
{
  layer(geom = GeomArrowBar, mapping = mapping, data = data, stat = stat,
        position = position, show.legend = show.legend, inherit.aes = inherit.aes,
        params = list(na.rm = na.rm, head_width = head_width,
                      column_width = column_width, head_length = head_length, ...))
}

今残っている「すべて」はa GeomArrowBarが何であるかを定義することです。これは事実上ggprotoクラス定義です。その最も重要な部分はdraw_panelメンバー関数で、データフレームの各行を取り、それを矢印の形に変換します。x座標とy座標、およびさまざまな形状パラメーターから矢印の形状を計算するためのいくつかの基本的な計算grid::polygonGrobを行った後、データの各行に1つを生成してに格納しgTreeます。これにより、レイヤーのグラフィックコンポーネントが形成されます。

GeomArrowBar <- ggproto("GeomArrowBar", Geom,
  required_aes = c("x", "y"),
  default_aes = aes(colour = NA, fill = "grey20", size = 0.5, linetype = 1, alpha = 1),
  extra_params = c("na.rm", "head_width", "column_width", "head_length"),
  draw_key = draw_key_polygon,
  draw_panel = function(data, panel_params, coord, head_width = 1,
                        column_width = 1, head_length = 1) {
    hwidth <- head_width / 5
    wid <- column_width / 10
    len <- head_length / 10
    data2 <- data
    data2$x[1] <- data2$y[1] <- 0
    zero <- coord$transform(data2, panel_params)$x[1]
    coords <- coord$transform(data, panel_params)
    make_arrow_y <- function(y, wid, hwidth) {
      c(y - wid/2, y - wid/2, y - hwidth/2, y, y + hwidth/2, y + wid/2, y + wid/2)
    }
    make_arrow_x <- function(x, len){
      if(x < zero) len <- -len
      return(c(zero, x - len, x - len , x, x - len, x - len, zero))
    }
    my_tree <- grid::gTree()
    for(i in seq(nrow(coords))){
      my_tree <- grid::addGrob(my_tree, grid::polygonGrob(
        make_arrow_x(coords$x[i], len),
        make_arrow_y(coords$y[i], wid, hwidth),
        default.units = "native",
        gp = grid::gpar(
          col = coords$colour[i],
          fill = scales::alpha(coords$fill[i], coords$alpha[i]),
          lwd = coords$size[i] * .pt,
          lty = coords$linetype[i]))) }
    my_tree}
)

この実装は完全とはほど遠いものです。実用的なデフォルトの軸の制限やへの機能など、いくつかの重要な機能が欠落しておりcoord_flip、矢印の頭が列全体よりも長い場合、美的でない結果が生成されます（このようなプロットをこのような状況で使用したくない場合もあります）。 。ただし、負の値の場合は、左向きの矢印が表示されます。より良い実装では、空の矢印のオプションを追加することもできます。

つまり、これらの（およびその他の）バグを解決して本番環境で使用できるようにするには、多くの微調整が必​​要になりますが、それまでの間、あまり手間をかけずに優れたグラフを作成するのに十分です。

^{2020-03-08にreprexパッケージ（v0.3.0）によって作成されました}

あなたはgeom_gene_arrowから使用することができますlibrary(gggenes)

data.frame(y=c(10, 20, 30), n=c(300, 100, 200), transparency=c(10, 2, 4)) %>% 
  ggplot() + 
  geom_gene_arrow(aes(xmin = 0, xmax = n, y = y, alpha = transparency), 
                  arrowhead_height = unit(6, "mm"), fill='red') +
  scale_y_continuous(limits = c(5, 35))