Rmarkdownのキャレットdoparallel：render（）を使用すると詳細情報が欠落する

次の簡単なサンプルRmarkdownドキュメント（test.Rmd）があります。

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title: "Test Knit Caret Paralell VerboseIter"
output: html_document
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```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)

require(caret)
require(doParallel)


```

## data

```{r data}

set.seed(998)
training <- twoClassSim()

```

## model

```{r fitmodel}
fitControl <- trainControl(
  method = "repeatedcv",
  number = 3,
  repeats = 2,
  verboseIter = T)


ncores <- detectCores()-1

cl <<- makePSOCKcluster(ncores, verbose = TRUE, outfile = "")
registerDoParallel(cl)

set.seed(825)
Fit <- train(Class ~ ., 
             data = training, 
             method = "nnet", 
             trControl = fitControl,
             trace = FALSE
)
stopCluster(cl)
registerDoSEQ()
```

## results

```{r results}
Fit
```

このコードを実行するか、ドキュメントを編成するいくつかのオプションがあります

1. Rstudioで「すべてのチャンクを実行」を使用する
2. KnitRstudioのボタンを使用する
3. Knit 文書化 render("test.Rmd")

次のことが起こります

1. 反復時に出力またはコンソールに情報が出力されない
2. 情報はR markdownパネルに印刷されます
3. コンソールに情報が出力されない

私が取り組んでいるプロジェクトではknit、さまざまなパラメーターを使用してドキュメントを作成したいので、最後のオプションを使用します。ただし、モデルの適合の進捗状況も確認したいと思います。そのため、オプション3を使用します。

ドキュメントがレンダリングされるときに、コンソールに印刷された反復の情報を取得するにはどうすればよいですか？

これは私が見たい期待される出力です：

+ Fold1.Rep1: size=1, decay=0e+00 
+ Fold1.Rep1: size=3, decay=0e+00 
+ Fold1.Rep1: size=5, decay=0e+00 
- Fold1.Rep1: size=1, decay=0e+00 
+ Fold1.Rep1: size=1, decay=1e-01 
- Fold1.Rep1: size=3, decay=0e+00 
+ Fold1.Rep1: size=3, decay=1e-01 
- Fold1.Rep1: size=5, decay=0e+00 
+ Fold1.Rep1: size=5, decay=1e-01 
- Fold1.Rep1: size=1, decay=1e-01 
+ Fold1.Rep1: size=1, decay=1e-04 
- Fold1.Rep1: size=3, decay=1e-01 
+ Fold1.Rep1: size=3, decay=1e-04 
- Fold1.Rep1: size=1, decay=1e-04 
etc.

これは、あなたがから適応、探しているものを作り出すことが、ここで使用するとき、それは本質的に複製knit中のボタンrstudioから冗長を生成し、trainしかし、あなたが渡すことができる必要があり、この方法で使用して、parametersにをrender。ただへのパスを変更しwd、あなたのrmdファイル

owd = setwd("path/to/your-Rmd-directory")
system2("Rscript", c("-e", shQuote("library(rmarkdown); render('test.Rmd')"),
            system2("html", "test.html"),
            setwd(owd)))

knit_hookRmdファイルの上部にを追加して、コンソール出力をキャプチャし、レンダリング中にそれらを印刷できます。

```{r, include=FALSE}
print_output <- function(x, options) {
  cat(x)
  return(x)
}
knitr::knit_hooks$set(chunk = print_output)
```