Mac OSカタリナでCondaとVirtualenvを動作させるにはどうすればよいですか?


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以前はMojaveでCondaをスムーズに実行していましたが、Catalinaにアップグレードすると、「anaconda3」フォルダがデスクトップ>再配置されたアイテム>セキュリティ> anaconda3に移動することがわかりました。Catalinaのセキュリティ設定により、アプリケーションをユーザーディレクトリの直下にインストールできなくなったようです。

私はここに提案を試みましたが、以下に書きました:

こんにちは、私は解決策を持っているかもしれません

  • 再配置されたアイテムにあるanaconda3フォルダーを/ Users / myname /にコピーします
  • オープンターミナル
  • 次のように入力します:export PATH = '' / Users / myname / anaconda3 / bin:$ PATH "
  • 入力:conda init zsh

動いた!幸運を!

しかし、これは私にはうまくいきません。conda init zsh私が得た後:

-bash:/ Users / USER / anaconda3 / bin / conda:/ anaconda3 / bin / python:bad interpreter:No such file or directory

仮想環境をすべて失うことなく、Condaを稼働させるにはどうすればよいですか?ありがとう!


更新

@Ted Shaowangの提案に従ってCondaを動作させました。つまり、conda env listCondaで作成されたすべての仮想環境が表示されます。

ただしvirtualenv、デフォルトのanaconda3ファイルの場所を変更したため、Pythonが見つからないため、まだ問題が発生しています。

にあるPython実行可能ファイル.virtualenvs/env/bin/pythonが見つかりません。Pythonも動作するようにするには、さらに変更を加える必要がありvirtualenvますか?


エラーから、まだを使用しているようですbashが、推奨される解決策はzsh(新しいCatalinaのデフォルト)です。conda init bash代わりに試してください。
merv

同じエラーが発生しました。bashどちらも機能しません。
-Kaymal

回答:


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私はまったく同じ問題を抱えており、これは私にとってはうまくいきます:

あなたがアナコンダが「移転アイテム」から移動した後~/anaconda3、編集の最初の行~/anaconda3/bin/condaからのファイル#!/anaconda3/bin/pythonへの#!/Users/USERNAME/anaconda3/bin/python変更を反映します。


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これはpipとJupyterの設定に影響しますか?
rrz0

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これはanaconda3とpythonに関連するすべての問題を解決するようではありません。エラー:プログラムを実行できませ"/Users/USER/.virtualenvs/env/bin/python"ん。そのようなファイルまたはディレクトリはありません。Finderでチェックすると、ファイルが実際に見つからず、見つかりません。
rrz0

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私はおそらく上記のソリューションの使用を控えるでしょう。その~/anaconda3/binディレクトリにはconda、この手動の方法で変更する必要のある多数の実行可能ファイル(1つだけではない)があります。たとえば、同じ変更を加えない限り、実行jupyter notebookbaseたり、他の環境から実行したりすることはできません。

私のヒント:仮想環境の要件ファイルを取得して、新規インストールを実行してください。pipreqs個々のプロジェクトに使用される要件を取得するために使用できます:https : //www.idiotinside.com/2015/05/10/python-auto-generate-requirements-txt/


提案をありがとう。あなたが言うように問題も残っていvirtualenvます。
rrz0

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これらを解決するためのツールを推奨するブログ記事を参照してください。anaconda.com/...
msarahan


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技術的にはこれがanacondaを再インストールしていますが、私はすべてのconda envsを復元したので、これが許容できる解決策であることを願っています!

数分前(現在z-shellを使用)にCatalinaで動作させる方法は次のとおりです。-デスクトップ上の「Relocated Items」ディレクトリと「anaconda3」ディレクトリとその中身の存在を確認しました-に移動しました「anaconda3」の下のenvsディレクトリー。ファインダーウィンドウは開いたままにします(スクリーンショットを参照)

ここに画像の説明を入力してください

その後:

  • 新しいターミナルを開きました(zシェル)
  • 実行(これは/ usr / local / anaconda3にインストールされます):

    醸造キャスクアナコンダをインストールします。

  • インストールが成功した後、私は〜/ .zshrcファイル(zシェルエイリアス用)を開き、次の行を追加しました。

    エクスポートPATH = "/ usr / local / anaconda3 / bin:$ PATH"

  • 〜/ .zshrcファイルを保存し、次のように再読み込みします:

    ソース〜/ .zshrc

  • condaコマンドが動作することを確認するために、私は実行しました:

    conda envリスト

  • 私にとっては、これは基本環境を示し、それだけでした

  • 次に、Finderを新しいenvsの場所に開きます:/ usr / local / anaconda3 / envs /を開きます。

  • 私はすべての古いenvを新しいenvsフォルダーにドラッグ(移動)してから実行しました。

    conda envリスト

そして、私の古い環境はすべて戻ってきました!:)

  • PyCharmインタープリター/環境パスを更新して、これらの環境の新しい場所を反映しました(後でPyCharmを再起動する必要がありましたが、動作します!)
  • 完了

あなたの提案をありがとう。これも機能しvirtualenvますか?私はいくつか持っているvirtualenvs番組「/Users/USER/.virtualenvs/baseline_env/bin/python」そのようなファイルやdirectory.`でファインダー私も取得を実行できません:私は`エラーを得続けるようPycharmに使用することはできませんよこれは"The original item python cannot be found.
rrz0

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壊れた接続を修正するためのツールを推奨するブログ投稿を参照してください:anaconda.com/…–
msarahan

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@ Rrz0はあなたが書いたものに基づいています。virtualenvへのパスが間違っていると思います。それはハッキーですが、virtualenvに到達できれば、そのパスをコピーしてPyCharmのエントリを編集できるはずです(virtualenvが移動されたアイテムの取引にある場合、どこにアドバイスするべきかわかりませんそれらを置く)-古いvirtualenvにアクセスできる場合は、シェルから(1つずつ)アクティブ化して実行できます:pip freeze> requirements_VENV_NAME.txt-PyCharmで新しいvirtualenvsを作成します-新しいvirtualenvをそれぞれアクティブ化して実行します:pip install- r requirements_VENV_NAME.txt
Phil S

@PhilSに感謝します。これらの線に沿って何かが機能しました。
rrz0

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これがコメントと見なされるのか、少なくとも一時的な回答と見なされるのかは不明ですが、現時点では、AnacondaとのCatalinaの互換性の問題を修正することは控えます。このGitHubの問題をご覧ください。


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私は同じ問題を抱えており、これは私にとってはうまくいきます:私の解決策:

  1. 再配置されたアイテムフォルダーからanaconda3をコピーします
  2. User / YourUserNameに貼り付け
  3. エディターでanaconda3 / binのcondaファイルを開き、最初の行#!/anaconda3/bin/pythonを編集して#!/Users/YourUserName/anaconda3/bin/python
  4. 保存してcondaファイルを実行します
  5. オープンターミナル
  6. これを実行: export PATH=''/Users/YourUserName/anaconda3/bin:$PATH"
  7. 走る conda init zsh

virtualenvたとえば、Pythonも動作させるために、さらに変更を加える必要がありますか?
rrz0

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同じ問題が発生しましたが、次の解決策がうまくいきました。これが最も簡単な解決策です。

再配置されたアイテムからUser / USERNAMEディレクトリにanaconda3ファイルをいじくり回す代わりに、anaconda navigatorの最新バージョンを公式ウェブサイトから再インストールする方が良いでしょう:https : //www.anaconda.com/distribution/#macos

インストール中に、新しいApple Security Policyの結果であるいくつかのアクセス許可を要求し、それらに付与するだけで、この新規インストール後に正常に機能します!


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これは私のために働いたものです。

これらは私のヘッダーファイルです(Catalina 10.15):

/Library/Developer/CommandLineTools/usr/include/c++/v1/stdio.h
/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX10.14.sdk/usr/include/sys/stdio.h
/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX10.14.sdk/usr/include/stdio.h
/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX10.14.sdk/System/Library/Frameworks/Kernel.framework/Versions/A/Headers/sys/stdio.h
/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX10.15.sdk/usr/include/sys/stdio.h
/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX10.15.sdk/usr/include/stdio.h
/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX10.15.sdk/System/Library/Frameworks/Kernel.framework/Versions/A/Headers/sys/stdio.h

実行sudo find /Library -name stdio.hして、あなたの場所を確認してください。

Mojave 10.14ヘッダーファイル:

$ sudo find /Library -name stdio.h 
/Library/Developer/CommandLineTools/usr/include/c++/v1/stdio.h
/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk/usr/include/sys/stdio.h
/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk/usr/include/stdio.h
/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk/System/Library/Frameworks/Kernel.framework/Versions/A/Headers/sys/stdio.h

ご覧のとおり、Mojaveとは異なり、SDKはMACOSX10.14と10.15に分割されています。

TLDR

だから、これらはカタリナ上の私のSDKフォルダでした:

<img width = "208" alt = "image" src = "https://user-images.githubusercontent.com/31866965/67324292-e49a1e00-f513-11e9-997e-9c49e7badbe5.png">

  1. 名前MacOSX.sdkを変更MacOSX_orig.sdk
  2. 右クリック MacOSX10.14.sdk
  3. 複製
  4. 重複するフォルダの名前を MacOSX.sdk

フォルダ構造は次のようになります。

<img width = "195" alt = "image" src = "https://user-images.githubusercontent.com/31866965/67318914-74d46500-f50c-11e9-879d-ef0cd3e458cc.png">

このように、基本的には以前のバージョンのOSX sdkをsysrootとして使用しています。お役に立てれば。

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