Rでラテックステーブルを作成するためのツール[終了]

一般的なリクエストに応じて、Rでのラテックステーブルの作成に関するコミュニティウィキ。この投稿では、あまり一般的ではないオブジェクトからラテックステーブルを作成するためのコードを含む、最も一般的に使用されるパッケージとブログの概要を紹介します。私が見逃したものを自由に追加したり、Rを使用して適切にフォーマットされたラテックステーブルを作成する方法についてのヒント、ヒント、ちょっとしたトリックを追加したりしてください。

パッケージ：

• xtable：最も単純なオブジェクトの標準テーブル用。例付きの素敵なギャラリーはここにあります。
• memisc：調査データを管理するためのツール。（基本的な）回帰モデル推定のラテックステーブル用のツールがいくつか含まれています。
• Hmiscには、latex()選択したオブジェクトを含むtexファイルを作成する関数が含まれています。かなり柔軟で、longtablelatexテーブルも出力できます。ヘルプファイルにはたくさんの情報があります?latex
• miscFuncsには、アルファベットと数値のエントリが混在するマトリックスデータをLaTeXテーブルに変換してコンソールに出力する、きちんとした関数 'latextable'があります。これにより、コピーしてLaTeXドキュメントに貼り付けることができます。
• texregパッケージ（JSSペーパー）は、統計モデルの出力をLaTeXテーブルに変換します。複数のモデルをマージします。ネットワークモデルやマルチレベルモデル（lmeおよびlme4）など、約50の異なるモデルタイプに対応できます。
• reporttoolsパッケージ（JSSペーパー）は、連続変数、カテゴリー変数、および日付変数に関する記述統計の別のオプションです。
• テーブルパッケージは、おそらく記述統計のための最も一般的なLaTeXテーブル作成パッケージです。
• stargazerパッケージは、優れた比較統計モデルの要約表を作成します

ブログとコードスニペット

• 回帰の出力用にLatexにStataのようなテーブルを提供するPaul Johnsonのoutreg関数があります。これは素晴らしい作品です。
• 以前の質問で述べたように、memecパッケージをlme4オブジェクトに適合させるためのコードスニペットがあります。

関連する質問：

• R / LaTeXテーブル作成パッケージの提案
• Rreport / LaTeX品質の出力パッケージ
• xtableを使用したlatex出力用のテーブルの並べ替え
• lme4 merモデルフィットオブジェクトからLaTeXテーブルを作成する方法はありますか？
• xtableでのlatex出力用に指定されたタイトルを積み重ねたR data.frame
• Rからlatexへのテーブルの追加を自動化し、式言語を使用して非常に柔軟で興味深い構文を使用する

「brew」パッケージについて言及したいのですが。プレースホルダーを含むLaTeXであるbrewテンプレートファイルを作成し、それを "brew"して、\ includeまたは\ inputへの.texファイルを作成してLaTeXに入れることができます。何かのようなもの：

\begin{tabular}{l l}
A & <%= fit$A %> \\
B & <%= fit$B %> \\
\end{tabular}

brew構文はループも処理できるため、データフレームの各行にテーブル行を作成できます。

この質問を作成してくれたJorisに感謝します。うまくいけば、それはコミュニティのウィキになります。

ラテックスのブックタブパッケージは見栄えの良いテーブルを生成します。これは、xtableを使用して使用するラテックステーブル作成するです。

私も追加します apsrtable見栄えのよい回帰表を作成するのでパッケージミックスにます。

別のアイデア：これらのパッケージのいくつか（特にmemiscおよびapsrtable）は、コードの簡単な拡張を可能にして、さまざまな回帰オブジェクトのテーブルを生成します。そのような例の1つは、質問に示されているlme4 memiscコードです。そのようなコードスニペットを収集するためにgithubリポジトリを開始することは理にかなっているかもしれませんし、時間の経過とともにそれをmemiscパッケージに追加することさえあります。テイカーはいますか？

スターゲイザーのパッケージには、別の良いオプションです。これは、多くの一般的に使用される関数およびパッケージ（lm、glm、svyreg、survival、pscl、AER）からのオブジェクト、およびzeligからのオブジェクトをサポートします。回帰表に加えて、データフレームの要約統計量を出力したり、データフレームのコンテンツを直接出力したりすることもできます。

ここでは、xtableとLatexの興味深い「機能」についていくつかのトリックと回避策を紹介します。

トリック＃1：列の重複の削除とトリック＃2：Booktabの使用

まず、パッケージをロードして、クリーンな関数を定義します

<<label=first, include=FALSE, echo=FALSE>>= 
    library(xtable)
    library(plyr)

    cleanf <- function(x){     
        oldx <- c(FALSE, x[-1]==x[-length(x)])  
        # is the value equal to the previous?    
        res <- x
        res[oldx] <- NA
        return(res)} 

いくつかの偽のデータを生成します

data<-data.frame(animal=sample(c("elephant", "dog", "cat", "fish", "snake"), 100,replace=TRUE),
            colour=sample(c("red", "blue", "green", "yellow"), 100,replace=TRUE),
            size=rnorm(100,mean=500, sd=150),
            age=rlnorm(100, meanlog=3, sdlog=0.5))

    #generate a table
    datatable<-ddply(data, .(animal, colour), function(df) {
                return(data.frame(size=mean(df$size), age=mean(df$age)))
            })

これで、テーブルを生成し、関数cleanを使用して、ラベル列の重複するエントリを削除できます。

cleandata<-datatable
cleandata$animal<-cleanf(cleandata$animal)
cleandata$colour<-cleanf(cleandata$colour)
@ 

これは通常のxtableです

<<label=normal, results=tex, echo=FALSE>>=
print(
    xtable(
        datatable
        ),
        tabular.environment='longtable',
        latex.environments=c("center"), 
        floating=FALSE, 
        include.rownames=FALSE
    )
@ 

これは、カスタム関数が重複をNAにした通常のxtableです

<<label=cleandata, results=tex, echo=FALSE>>=
print(
    xtable(
        cleandata
        ),
        tabular.environment='longtable',
        latex.environments=c("center"), 
        floating=FALSE, 
        include.rownames=FALSE
    )
@ 

このテーブルは、booktabパッケージを使用しています（ヘッダーに\ usepackage {booktabs}が必要です）

\begin{table}[!h] 
        \centering
        \caption{table using booktabs.}
        \label{tab:mytable}
<<label=booktabs, echo=F,results=tex>>= 
            mat <- xtable(cleandata,digits=rep(2,ncol(cleandata)+1))
            foo<-0:(length(mat$animal))
            bar<-foo[!is.na(mat$animal)]
            print(mat, 
                  sanitize.text.function = function(x){x},
                  floating=FALSE,
                  include.rownames=FALSE,
                  hline.after=NULL, 
                  add.to.row=list(pos=list(-1,bar,nrow(mat)), 
                  command=c("\\toprule ", "\\midrule ", "\\bottomrule ")))
  #could extend this with \cmidrule to have a partial line over
  #a sub category column and \addlinespace to add space before a total row
@ 

パッケージtaRifxの2つのユーティリティを組み合わせて使用​​して、ネストされた階層の複数行のテーブルを作成できます。

library(datasets)
library(taRifx)
library(xtable)

test.by <- bytable(ChickWeight$weight, list( ChickWeight$Chick, ChickWeight$Diet) )
colnames(test.by) <- c('Diet','Chick','Mean Weight')
print(latex.table.by(test.by), include.rownames = FALSE, include.colnames = TRUE, sanitize.text.function = force)
#   then add \usepackage{multirow} to the preamble of your LaTeX document
#   for longtable support, add ,tabular.environment='longtable' to the print command (plus add in ,floating=FALSE), then \usepackage{longtable} to the LaTeX preamble

...とトリック＃3 Xtableの複数行エントリ

さらにデータを生成する

moredata<-data.frame(Nominal=c(1:5), n=rep(5,5), 
        MeanLinBias=signif(rnorm(5, mean=0, sd=10), digits=4), 
        LinCI=paste("(",signif(rnorm(5,mean=-2, sd=5), digits=4),
                ", ", signif(rnorm(5, mean=2, sd=5), digits=4),")",sep=""),
        MeanQuadBias=signif(rnorm(5, mean=0, sd=10), digits=4), 
        QuadCI=paste("(",signif(rnorm(5,mean=-2, sd=5), digits=4),
                ", ", signif(rnorm(5, mean=2, sd=5), digits=4),")",sep=""))

names(moredata)<-c("Nominal", "n","Linear Model \nBias","Linear \nCI", "Quadratic Model \nBias", "Quadratic \nCI")

次に、サニタイズ関数を使用して列名を正しいLatex改行コマンド（Rが満足するように二重のバックスラッシュを含む）で置き換えるxtableを生成します。

<<label=multilinetable, results=tex, echo=FALSE>>=
foo<-xtable(moredata)
align(foo) <- c( rep('c',3),'p{1.8in}','p{2in}','p{1.8in}','p{2in}' )
print(foo, 
            floating=FALSE, 
            include.rownames=FALSE,
            sanitize.text.function = function(str) {
                str<-gsub("\n","\\\\", str, fixed=TRUE)

                return(str)
            }, 
            sanitize.colnames.function = function(str) {
                str<-c("Nominal", "n","\\centering Linear Model\\\\ \\% Bias","\\centering Linear \\\\ 95\\%CI", "\\centering Quadratic Model\\\\ \\%Bias", "\\centering Quadratic \\\\ 95\\%CI \\tabularnewline")
                return(str)
            })
@  

（これは完璧ではありませんが、\ tabularnewlineが必要なため、テーブルが正しくフォーマットされ、Xtableは最後の\を挿入するため、テーブルヘッダーの下に空白行が表示されます。）

RパッケージのmicsFuncsからlatextable関数を使用することもできます。

http://cran.r-project.org/web/packages/miscFuncs/index.html

latextable（M）Mは、アルファベットと数値のエントリが混在する行列で、基本的なLaTeXテーブルを画面に出力します。これは、コピーしてLaTeXドキュメントに貼り付けることができます。数が少ない場合は、これらをインデックス表記に置き換えます（例：1.2x10 ^ {-3}）。

複数の回帰モデルをLaTeXテーブルに集約するための別のRパッケージは、 texregです。