Imagemagickのセキュリティポリシーでは、pdfからpngへのこの変換を実行できないようです。他の拡張機能の変換は、pdfからではなく、機能しているようです。インストールしてからimagemagickの設定を変更していません... OSが重要な場合は、Arch Linuxを使用しています。
user@machine $ convert -density 300 -depth 8 -quality 90 input.pdf output.png
convert: attempt to perform an operation not allowed by the security policy `PDF' @ error/constitute.c/IsCoderAuthorized/408.
convert: no images defined `output.png' @ error/convert.c/ConvertImageCommand/3288.