Xcodeでプロジェクトをアーカイブすると、リリース用のメインターゲットをバンドルするのではなく、マルチアプリケーションバンドルが作成されます。具体的には、オーガナイザーでアーカイブを検証すると、次のメッセージが表示されます。
「[プロジェクト名]にはシングルバンドルアプリケーションが含まれていないか、複数の製品が含まれています。別のアーカイブを選択するか、スキームを調整してシングルバンドルアプリケーションを作成してください。」
スキームに調整が必要な設定があるようですが、他のターゲットが含まれている原因を特定できません。
ちなみに私はXcode 4.0を使用しています。