ここで図を再描画することに問題があります。ユーザーが時間スケール(x軸)で単位を指定できるようにしてから、この関数を再計算して呼び出しますplots()。プロットを単純に更新し、図に別のプロットを追加しないでください。
def plots():
    global vlgaBuffSorted
    cntr()
    result = collections.defaultdict(list)
    for d in vlgaBuffSorted:
        result[d['event']].append(d)
    result_list = result.values()
    f = Figure()
    graph1 = f.add_subplot(211)
    graph2 = f.add_subplot(212,sharex=graph1)
    for item in result_list:
        tL = []
        vgsL = []
        vdsL = []
        isubL = []
        for dict in item:
            tL.append(dict['time'])
            vgsL.append(dict['vgs'])
            vdsL.append(dict['vds'])
            isubL.append(dict['isub'])
        graph1.plot(tL,vdsL,'bo',label='a')
        graph1.plot(tL,vgsL,'rp',label='b')
        graph2.plot(tL,isubL,'b-',label='c')
    plotCanvas = FigureCanvasTkAgg(f, pltFrame)
    toolbar = NavigationToolbar2TkAgg(plotCanvas, pltFrame)
    toolbar.pack(side=BOTTOM)
    plotCanvas.get_tk_widget().pack(side=TOP)