不足しているパッケージをチェックしてインストールするエレガントな方法は？

最近、多くのコードを共著者と共有しているようです。それらの多くは初心者/中級Rユーザーであり、まだ持っていないパッケージをインストールする必要があることを理解していません。

を呼び出すエレガントな方法はありinstalled.packages()ますか？それをロードしてインストールしているものと比較して、見つからない場合はインストールしますか？

はい。パッケージのリストがある場合は、それを出力と比較してinstalled.packages()[,"Package"]、不足しているパッケージをインストールします。このようなもの：

list.of.packages <- c("ggplot2", "Rcpp")
new.packages <- list.of.packages[!(list.of.packages %in% installed.packages()[,"Package"])]
if(length(new.packages)) install.packages(new.packages)

さもないと：

コードをパッケージに入れて依存関係にすると、パッケージのインストール時に自動的にインストールされます。

Dason K.と私はこれをうまく行うことができるpacmanパッケージを持っています。p_loadパッケージ内の関数がこれを行います。最初の行は、pacmanがインストールされていることを確認するためのものです。

if (!require("pacman")) install.packages("pacman")
pacman::p_load(package1, package2, package_n)

あなたはただの戻り値を使うことができますrequire：

if(!require(somepackage)){
    install.packages("somepackage")
    library(somepackage)
}

libraryインストールが成功しなかった場合、または他の理由でパッケージをロードできない場合に例外がスローされるため、インストール後に使用します。これをより堅牢で再利用可能にします。

dynamic_require <- function(package){
  if(eval(parse(text=paste("require(",package,")")))) return True

  install.packages(package)
  return eval(parse(text=paste("require(",package,")")))
}

このメソッドの欠点は、パッケージ名を引用符で囲んで渡す必要があることですrequire。これは、実際には行いません。

if (!require('ggplot2')) install.packages('ggplot2'); library('ggplot2')

「ggplot2」はパッケージです。パッケージがインストールされているかどうかを確認し、インストールされていない場合はインストールします。次に、どのブランチを選択したかに関係なく、パッケージをロードします。

このソリューションは、パッケージ名の文字ベクトルを取得してそれらをロードするか、ロードが失敗した場合にそれらをインストールします。これは、requireこれを行うための戻り動作に依存しています...

require 必要なパッケージが利用可能かどうかを示す論理を（不可視に）返します

したがって、必要なパッケージをロードできたかどうかを簡単に確認でき、そうでない場合は依存関係とともにインストールできます。したがって、ロードするパッケージの文字ベクトルが与えられます...

foo <- function(x){
  for( i in x ){
    #  require returns TRUE invisibly if it was able to load package
    if( ! require( i , character.only = TRUE ) ){
      #  If package was not able to be loaded then re-install
      install.packages( i , dependencies = TRUE )
      #  Load package after installing
      require( i , character.only = TRUE )
    }
  }
}

#  Then try/install packages...
foo( c("ggplot2" , "reshape2" , "data.table" ) )

上記の回答の多く（およびこの質問の重複）installed.packagesは、どちらが悪い形式であるかに依存しています。ドキュメントから：

数千のパッケージがインストールされている場合、これは遅くなる可能性があるため、これを使用して、名前付きパッケージがインストールされているかどうか（system.fileまたはfind.packageを使用）を調べたり、パッケージが使用可能かどうかを調べたりしないでください（requireを呼び出して、戻り値）また、少数のパッケージの詳細を見つけることもできません（packageDescriptionを使用）。インストールされたパッケージごとにいくつかのファイルを読み取る必要があります。これは、Windowsおよび一部のネットワークマウントファイルシステムでは遅くなります。

したがって、より良いアプローチは、とを使用requireしてパッケージのロードを試み、ロードが失敗した場合にインストールすることです（見つからない場合requireは戻りFALSEます）。私はこの実装を好みます：

using<-function(...) {
    libs<-unlist(list(...))
    req<-unlist(lapply(libs,require,character.only=TRUE))
    need<-libs[req==FALSE]
    if(length(need)>0){ 
        install.packages(need)
        lapply(need,require,character.only=TRUE)
    }
}

これは次のように使用できます：

using("RCurl","ggplot2","jsonlite","magrittr")

このようにして、すべてのパッケージをロードしてから、戻って不足しているすべてのパッケージをインストールします（必要な場合は、ユーザーがパッケージをインストールするかどうかを尋ねるプロンプトを挿入するのに便利です）。install.packagesパッケージごとに個別に呼び出すのではなく、アンインストールされたパッケージのベクトル全体を一度だけ渡します。

これは同じ機能ですが、ユーザーが不足しているパッケージをインストールするかどうかを尋ねるウィンドウダイアログが表示されます

using<-function(...) {
    libs<-unlist(list(...))
    req<-unlist(lapply(libs,require,character.only=TRUE))
    need<-libs[req==FALSE]
    n<-length(need)
    if(n>0){
        libsmsg<-if(n>2) paste(paste(need[1:(n-1)],collapse=", "),",",sep="") else need[1]
        print(libsmsg)
        if(n>1){
            libsmsg<-paste(libsmsg," and ", need[n],sep="")
        }
        libsmsg<-paste("The following packages could not be found: ",libsmsg,"\n\r\n\rInstall missing packages?",collapse="")
        if(winDialog(type = c("yesno"), libsmsg)=="YES"){       
            install.packages(need)
            lapply(need,require,character.only=TRUE)
        }
    }
}

Shaneの答えは本当に良いですが、私のプロジェクトの1つでは、出力メッセージ、警告を削除し、パッケージを自動的にインストールする必要がありました。ようやくこのスクリプトを取得できました。

InstalledPackage <- function(package) 
{
    available <- suppressMessages(suppressWarnings(sapply(package, require, quietly = TRUE, character.only = TRUE, warn.conflicts = FALSE)))
    missing <- package[!available]
    if (length(missing) > 0) return(FALSE)
    return(TRUE)
}

CRANChoosen <- function()
{
    return(getOption("repos")["CRAN"] != "@CRAN@")
}

UsePackage <- function(package, defaultCRANmirror = "http://cran.at.r-project.org") 
{
    if(!InstalledPackage(package))
    {
        if(!CRANChoosen())
        {       
            chooseCRANmirror()
            if(!CRANChoosen())
            {
                options(repos = c(CRAN = defaultCRANmirror))
            }
        }

        suppressMessages(suppressWarnings(install.packages(package)))
        if(!InstalledPackage(package)) return(FALSE)
    }
    return(TRUE)
}

使用する：

libraries <- c("ReadImages", "ggplot2")
for(library in libraries) 
{ 
    if(!UsePackage(library))
    {
        stop("Error!", library)
    }
}

# List of packages for session
.packages = c("ggplot2", "plyr", "rms")

# Install CRAN packages (if not already installed)
.inst <- .packages %in% installed.packages()
if(length(.packages[!.inst]) > 0) install.packages(.packages[!.inst])

# Load packages into session 
lapply(.packages, require, character.only=TRUE)

これがrbundlerパッケージの目的です。特定のプロジェクトにインストールされるパッケージを制御する方法を提供します。現在、パッケージはdevtools機能と連携してパッケージをプロジェクトのディレクトリにインストールします。機能はRubyのbundlerに似ています。

プロジェクトがパッケージ（推奨）の場合は、rbundlerをロードしてパッケージをバンドルするだけです。bundle関数は、あなたのパッケージのを見ていきますDESCRIPTIONバンドルするパッケージを判断するには、ファイル。

library(rbundler)
bundle('.', repos="http://cran.us.r-project.org")

これで、パッケージは.Rbundleディレクトリにインストールされます。

プロジェクトがパッケージではない場合、プロジェクトDESCRIPTIONのルートディレクトリに、インストールするパッケージをリストするDependsフィールドを含むファイルを作成することで、プロジェクトを偽造できます（オプションのバージョン情報を含む）。

Depends: ggplot2 (>= 0.9.2), arm, glmnet

貢献に興味がある場合のプロジェクトのgithubリポジトリは次のとおりです：rbundler。

承知しました。

「インストール済みパッケージ」と「必要なパッケージ」を比較する必要があります。「保存されている既知のパッケージ」と「現在既知のパッケージ」を比較して、新しいパッケージや更新されたパッケージを判別する必要があるため、これはCRANberryで行うことと非常に似ています。

だから何かのような

AP <- available.packages(contrib.url(repos[i,"url"]))   # available t repos[i]

すべての既知のパッケージを取得するには、現在インストールされているパッケージを同様に呼び出し、それを特定のターゲットパッケージセットと比較します。

packrat共有ライブラリがまったく同じで、他の環境を変更しないように使用します。

エレガンスとベストプラクティスに関しては、基本的には間違った方向に進んでいると思います。パッケージpackratはこれらの問題のために設計されました。Hadley WickhamによってRStudioによって開発されました。依存関係をインストールし、おそらく誰かの環境システムを台無しにする代わりにpackrat、独自のディレクトリを使用して、そこにプログラムのすべての依存関係をインストールし、誰かの環境に触れないようにします。

PackratはRの依存関係管理システムです。

Rパッケージの依存関係はイライラすることがあります。他の誰かのコードを機能させるためにインストールする必要のあるRパッケージを試行錯誤して把握する必要があり、それらのパッケージがグローバルにインストールされたままにされたままになったことがあります。 ？パッケージを更新して、プロジェクトの1つでコードを機能させることができましたが、更新されたパッケージによって別のプロジェクトのコードが機能しなくなったことがわかりましたか？

これらの問題を解決するためにpackratをビルドしました。packratを使用して、Rプロジェクトをさらに作成します。

• 分離：1つのプロジェクトに新しいパッケージまたは更新されたパッケージをインストールしても、他のプロジェクトが破損することはなく、その逆も同様です。これは、packratが各プロジェクトに独自のプライベートパッケージライブラリを提供するためです。
• ポータブル：異なるプラットフォーム間でも、プロジェクトをコンピュータ間で簡単に転送できます。Packratを使用すると、プロジェクトが依存するパッケージを簡単にインストールできます。
• 再現性：Packratは、依存する正確なパッケージバージョンを記録し、それらの正確なバージョンがどこにでもインストールされるバージョンであることを保証します。

https://rstudio.github.io/packrat/

次の単純な関数はチャームのように機能します。

  usePackage<-function(p){
      # load a package if installed, else load after installation.
      # Args:
      #   p: package name in quotes

      if (!is.element(p, installed.packages()[,1])){
        print(paste('Package:',p,'Not found, Installing Now...'))
        install.packages(p, dep = TRUE)}
      print(paste('Loading Package :',p))
      require(p, character.only = TRUE)  
    }

（私のものではありません。しばらく前にWebでこれを見つけ、それ以来使用していました。元のソースが不明です）

require("<package>")パッケージが見つからないというエラーで終了する場合、次の関数を使用してパッケージをインストールします。欠落しているパッケージがないかCRANとBioconductorリポジトリの両方を照会します。

Joshua Wileyによるオリジナルの作品から転載、 http：//r.789695.n4.nabble.com/Install-package-automatically-if-not-there-td2267532.html

install.packages.auto <- function(x) { 
  x <- as.character(substitute(x)) 
  if(isTRUE(x %in% .packages(all.available=TRUE))) { 
    eval(parse(text = sprintf("require(\"%s\")", x)))
  } else { 
    #update.packages(ask= FALSE) #update installed packages.
    eval(parse(text = sprintf("install.packages(\"%s\", dependencies = TRUE)", x)))
  }
  if(isTRUE(x %in% .packages(all.available=TRUE))) { 
    eval(parse(text = sprintf("require(\"%s\")", x)))
  } else {
    source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
    #biocLite(character(), ask=FALSE) #update installed packages.
    eval(parse(text = sprintf("biocLite(\"%s\")", x)))
    eval(parse(text = sprintf("require(\"%s\")", x)))
  }
}

例：

install.packages.auto(qvalue) # from bioconductor
install.packages.auto(rNMF) # from CRAN

PS：update.packages(ask = FALSE)＆biocLite(character(), ask=FALSE)は、システムにインストールされているすべてのパッケージを更新します。これには長い時間がかかる可能性があり、完全なRアップグレードと見なすことができます。

setdiff関数を使用して、インストールされていないパッケージを取得し、インストールすることができます。以下のサンプルでは、ggplot2およびRcppパッケージがインストールされる前に、それらがインストールされているかどうかを確認します。

unavailable <- setdiff(c("ggplot2", "Rcpp"), rownames(installed.packages()))
install.packages(unavailable)

1行で、上記は次のように記述できます。

install.packages(setdiff(c("ggplot2", "Rcpp"), rownames(installed.packages())))

必要なRパッケージをサイレントでインストールおよびロードする機能を実装しました。願っています。これがコードです：

# Function to Install and Load R Packages
Install_And_Load <- function(Required_Packages)
{
    Remaining_Packages <- Required_Packages[!(Required_Packages %in% installed.packages()[,"Package"])];

    if(length(Remaining_Packages)) 
    {
        install.packages(Remaining_Packages);
    }
    for(package_name in Required_Packages)
    {
        library(package_name,character.only=TRUE,quietly=TRUE);
    }
}

# Specify the list of required packages to be installed and load    
Required_Packages=c("ggplot2", "Rcpp");

# Call the Function
Install_And_Load(Required_Packages);

次のバージョンのRStudio（1.2）はすでにプレビューとして利用可能で、欠落しているパッケージlibrary()とrequire()呼び出しを検出し、ユーザーにインストールを促す機能が含まれます。

不足しているRパッケージを検出する

多くのRスクリプトはへの呼び出しで開くlibrary()とrequire()、彼らが実行するために必要なパッケージをロードします。インストールしていないパッケージを参照するRスクリプトを開くと、RStudioは必要なすべてのパッケージを1回のクリックでインストールできるようにします。install.packages()エラーがなくなるまで繰り返し入力する必要はありません。
https://blog.rstudio.com/2018/11/19/rstudio-1-2-preview-the-little-things/

これは、OPの当初の懸念に特によく対応しているようです。

それらの多くは初心者/中級Rユーザーであり、まだ持っていないパッケージをインストールする必要があることを理解していません。

あなたの主な目的については、「それらがまだ持っていないライブラリをインストールすることについて」、そして「instllaed.packages（）」の使用に関係なく。次の関数は、requireの元の関数をマスクします。名前付きパッケージ "x"をロードしてチェックしようとします。インストールされていない場合は、依存関係を含めて直接インストールします。最後に通常どおりにロードします。整合性を維持するために、関数名を「require」から「library」に変更します。唯一の制限は、パッケージ名を引用する必要があることです。

require <- function(x) { 
  if (!base::require(x, character.only = TRUE)) {
  install.packages(x, dep = TRUE) ; 
  base::require(x, character.only = TRUE)
  } 
}

したがって、Rの古い方法でパッケージをロードしてインストールできます。require（ "ggplot2"）require（ "Rcpp"）

かなり基本的なもの。

pkgs = c("pacman","data.table")
if(length(new.pkgs <- setdiff(pkgs, rownames(installed.packages())))) install.packages(new.pkgs)

私が使用するものを寄付すると思いました：

testin <- function(package){if (!package %in% installed.packages())    
install.packages(package)}
testin("packagename")

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
if (!require("ggsci")) biocLite("ggsci")

lapplyファミリと無名関数アプローチを使用すると、次のことができます。

1. リストされているすべてのパッケージを添付してみてください。
2. 不足しているもののみをインストールします（||遅延評価を使用）。
3. 手順1で見つからず、手順2でインストールされたものを再度接続してみます。

4. 各パッケージの最終ロードステータス（TRUE/ FALSE）を出力します。

   req <- substitute(require(x, character.only = TRUE))
   lbs <- c("plyr", "psych", "tm")
   sapply(lbs, function(x) eval(req) || {install.packages(x); eval(req)})
   
   plyr psych    tm 
   TRUE  TRUE  TRUE 

次のコマンドを使用して、パッケージがインストールされているかどうか、依存関係が更新されているかどうかを確認し、パッケージをロードします。

p<-c('ggplot2','Rcpp')
install_package<-function(pack)
{if(!(pack %in% row.names(installed.packages())))
{
  update.packages(ask=F)
  install.packages(pack,dependencies=T)
}
 require(pack,character.only=TRUE)
}
for(pack in p) {install_package(pack)}

completeFun <- function(data, desiredCols) {
  completeVec <- complete.cases(data[, desiredCols])
  return(data[completeVec, ])
}

これが私のコードです：

packages <- c("dplyr", "gridBase", "gridExtra")
package_loader <- function(x){
    for (i in 1:length(x)){
        if (!identical((x[i], installed.packages()[x[i],1])){
            install.packages(x[i], dep = TRUE)
        } else {
            require(x[i], character.only = TRUE)
        }
    }
}
package_loader(packages)

 48 lapply_install_and_load <- function (package1, ...)
 49 {
 50     #
 51     # convert arguments to vector
 52     #
 53     packages <- c(package1, ...)
 54     #
 55     # check if loaded and installed
 56     #
 57     loaded        <- packages %in% (.packages())
 58     names(loaded) <- packages
 59     #
 60     installed        <- packages %in% rownames(installed.packages())
 61     names(installed) <- packages
 62     #
 63     # start loop to determine if each package is installed
 64     #
 65     load_it <- function (p, loaded, installed)
 66     {
 67         if (loaded[p])
 68         {
 69             print(paste(p, "loaded"))
 70         }
 71         else
 72         {
 73             print(paste(p, "not loaded"))
 74             if (installed[p])
 75             {
 76                 print(paste(p, "installed"))
 77                 do.call("library", list(p))
 78             }
 79             else
 80             {
 81                 print(paste(p, "not installed"))
 82                 install.packages(p)
 83                 do.call("library", list(p))
 84             }
 85         }
 86     }
 87     #
 88     lapply(packages, load_it, loaded, installed)
 89 }

library <- function(x){
  x = toString(substitute(x))
if(!require(x,character.only=TRUE)){
  install.packages(x)
  base::library(x,character.only=TRUE)
}}

これは引用符で囲まれていないパッケージ名で機能し、かなりエレガントです（GeoObserverの回答を参照）

私の場合、コマンドラインから（実際にはMakefileを介して）実行できる1つのライナーが必要でした。以下は、「VGAM」と「feather」がまだインストールされていない場合のインストール例です。

R -e 'for (p in c("VGAM", "feather")) if (!require(p, character.only=TRUE)) install.packages(p, repos="http://cran.us.r-project.org")'

R内からは次のようになります。

for (p in c("VGAM", "feather")) if (!require(p, character.only=TRUE)) install.packages(p, repos="http://cran.us.r-project.org")

ここでは、以下の点を除いて、以前のソリューション以外に何もありません。

• 単一行に保つ
• reposパラメータをハードコーディングします（使用するミラーについて尋ねるポップアップを回避するため）
• 他の場所で使用する関数を定義する必要はありません

また、重要な点にも注意してくださいcharacter.only=TRUE（これがないと、requireはパッケージをロードしようとしますp）。

  packages_installed <- function(pkg_list){
        pkgs <- unlist(pkg_list)
        req <- unlist(lapply(pkgs, require, character.only = TRUE))
        not_installed <- pkgs[req == FALSE]
        lapply(not_installed, install.packages, 
               repos = "http://cran.r-project.org")# add lib.loc if needed
        lapply(pkgs, library, character.only = TRUE)
}

少し狂気を共有しましょう：

c("ggplot2","ggsci", "hrbrthemes", "gghighlight", "dplyr") %>%  # What will you need to load for this script?
  (function (x) ifelse(t =!(x %in% installed.packages()), 
    install.packages(x[t]),
    lapply(x, require)))