install.packages("rJava")コマンドを使用してrJavaをインストールすると、次のエラーが発生します。

checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/bin/java'
archiver    : '/usr/bin/jar'
compiler    : '/usr/bin/javac'
header prep.: '/usr/bin/javah'
cpp flags   : '-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include/linux'
java libs   : '-L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64/server -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64 -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../lib/amd64 -L -L/usr/java/packages/lib/amd64 -L/usr/lib64 -L/lib64 -L/lib -L/usr/lib -ljvm'
checking whether JNI programs can be compiled... yes
checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this.
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’

Java JDKがインストールされていjava -versionて、以下が返されます。

$ java -version
java version "1.6.0_20"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_20-b02)

エラーをグーグルで検索すると、他の人が同じ問題を抱えているが、私が行った「JREだけでなくJDK全体をインストールする」以外の解決策を見つけていないことがわかります。

私が読んだもう1つのことは、実行することでしたsudo R CMD javareconf。

私の問題は何ですか？

[[編集]] この問題が発生してから数か月になります。以下に投稿した回答に示されているように、最初はJavaパスを編集してこれを解決しました。最近、新しいUbuntuのインストールで同じ問題に遭遇しました。Dirkの推奨事項であるapt-getを使用してrJavaパッケージをインストールしてみました。それは完全に機能しました。最初に理解できなかったことは、Ubuntuのapt-getメソッドを使用してパッケージをインストールすることは、Rの内部でinstall.packages（）を使用して同じパッケージをロードすることとは根本的に異なることです。 。

しないだろう

apt-get install r-cran-rjava

簡単になりましたか？あなたはuseRで私に尋ねたかもしれません！:)

私の問題は私のJAVA_HOME環境変数の問題であることがわかりました。はい、衝撃的です。私の最初の設定PATHとはJAVA_HOME、このように見えました：

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

追加した/jreので、次のようになります。

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun/jre
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

Javaのすべてのものがなくて/jreも正常に動作するように見えましたが、rJavaはそうではありませんでした。奇数。

ありがとう-あなたの提案について$JAVA_HOME私を同様の解決策に導いてください：

prompt$ unset JAVA_HOME

Rを呼び出す前

私は同じ問題に遭遇し、以下のコマンドを実行した後に機能しました。

export JAVA_LIBS="$JAVA_LIBS -ldl"
R CMD javareconf

詳細はhttp://www-01.ibm.com/support/knowledgecenter/SSPT3X_3.0.0/com.ibm.swg.im.infosphere.biginsights.install.doc/doc/install_install_r.htmlで ご覧ください。

それが私がそれを機能させる方法です：

Linux（Ubuntu 16.04）の場合

sudo apt-get install default-jre
sudo apt-get install default-jdk
sudo R CMD javareconf

R：

install.packages("rJava")

これは私にとってUbuntu 12.04とRバージョン3.0で動作しました

cd /usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include

これはjni.hがあるディレクトリです

次に、別の必要なヘッダーファイルへのソフトリンクを作成します（次のJAVA_CPPFLAGSオプションに複数のディレクトリを含める方法を見つけるのが面倒です）。

sudo ln -s linux/jni_md.h .

最後に

sudo R CMD javareconf JAVA_CPPFLAGS=-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include

以下は別の投稿に対する私の回答の1つです- エラー：インストールされたパッケージを今すぐロードできません
（これはこの質問にも関連しています）

Linux（Ubuntu）ユーザーの場合：oracle-java（7/8）がインストールされている場合。この場所に/usr/lib/jvmあり、sudoアクセスが必要です。

/etc/ld.so.conf.d/java.conf次のエントリを含むファイルを作成します。

/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64
/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64/server

（Javaのバージョンに応じて、java-8-oracleをjava-7-oracleに置き換えます）

次に：

sudo ldconfig

RStudioを再起動してから、rJavaパッケージをインストールします。

AMD64でGentooの下でRを実行します。R 2.12.0にアップグレードしました

Rバージョン2.12.0（2010-10-15）Copyright（C）2010 R Foundation for Statistical Computing ISBN 3-900051-07-0 Platform：x86_64-pc-linux-gnu（64-bit）andそれらの厄介なメッセージが行きました離れて。

ヤンヴァンダーメール

openjdk-7- *をインストールしようとしましたが、それでもrJavaのインストールに問題がありました。コンピュータを再起動したところ、結局問題はありませんでした。

そう

sudo apt-get install openjdk-7-*


RESTART after installing java, then try to install package "rJava" in R

rJavaパッケージは/usr/lib/jvm/default-java/フォルダーを探します。ただし、デフォルトでは使用できません。このフォルダーには、システム用に構成されたデフォルトのJavaのシンボリックリンクがあります。

デフォルトのJavaをアクティブにするには、次のパッケージをインストールします。

sudo apt-get install default-jre default-jre-headless

ubuntu 17.04とCRAN R 3.4.1でテスト済み

私にとってうまくいったのは、JAVA_HOMEをファイルから変更することでした /usr/lib/R/etc/javaconf

まず、Javaのどのバージョンが有効になっているかを確認しましたsudo update-alternatives --config java。私の場合、それはjava-8-oracle

私はファイルを開いて/usr/lib/R/etc/javaconf置き換えましdefault-javaたjava-8-oracle：

${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/default-java}

と取り換える ：

${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-8-oracle}

その後 sudo R CMD javareconf

RStudioを再起動したところ、rJavaをインストールできました。

私がしていることはここにあります：

1. /etc/apt/sources.listに、以下を追加します。

   deb http://ftp.de.debian.org/debian sid main

注：rjavaは最新バージョンである必要があります

2実行：sudo apt-get update sudo apt-get install r-cran-rjava

rjavaの古いバージョンを更新したら、rdffs_1.0.8をインストールできます。

私はそれをダウンロードして動作させました：https : //cran.r-project.org/src/contrib/rJava_0.9-8.tar.gzとコマンドR CMD install rJava_0.9-8.tar.gzを実行します

Windows 10を使用しているときに同じ問題に直面していました。次の手順を使用して問題を解決しました

1. Javaをhttps://java.com/en/download/windows-64bit.jsp for 64-bit windows \ Install it からダウンロードします
2. Java開発キットをhttps://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133151.html for 64-bit windows からダウンロードしてインストールします\それをインストールします
3. 次に、desktop \ Properties \ Advanced system settings \ Advanced \ Environment Variables \ Under System variablesでPath \ Click Edit \ Click on New \ Copy and paste path“ C：\ Program Files \ Java \ jdk1”を右クリックします。 .8.0_201 \ bin”および“ C：\ Program Files \ Java \ jre1.8.0_201 \ bin”（引用符なし）\ OK \ OK \ OK

注：jdk1.8.0_201およびjre1.8.0_201は、Java開発キットおよびJavaのバージョンに応じて変更されます

4. [環境変数]ウィンドウで、[ユーザー]の[ユーザー変数]に移動し、[新規]をクリックします\ PUT変数名を「JAVA_HOME」、変数値を「C：\ Program Files \ Java \ jdk1.8.0_201 \ bin」\ [OK]をクリックします

インストールを確認するには、CMD \ Type javac \ Press Enterを開き、java \ press enterと入力します。表示されます

RStudioで実行

Sys.setenv(JAVA_HOME="C:\\Program Files\\Java\\jdk1.8.0_201")

注：jdk1.8.0_201は、Java開発キットのバージョンに応じて変更されます

これで、問題なくrJavaパッケージをインストールしてロードできます。

問題は、rJavaがRStudio（Version 1.0.136）にインストールされないことでした。以下は私のために働きました（macOS Sierra version 10.12.6）（ここにあります）：

ステップ-1：ここjavaforosx.dmgからダウンロードしてインストールする

ステップ-2：次に、RStudio内からコマンドを実行します。

install.packages("rJava", type = 'source')

Ubuntu 16.04でも同様の問題が発生し、「default-java」という名前のフォルダーを作成/usr/lib/jvmしてにすべてのコンテンツをコピーすることで解決できました/usr/lib/jvm/java-8-oracle。JAVA_HOME環境変数を修正しても役に立たないことが判明したため、このソリューションを選択しました。