_.difference関数を使用して、違いがあるかどうかを確認できます。
function isSame(arrayOne, arrayTwo) {
   var a = _.unique(arrayOne),
       b = _.unique(arrayTwo);
   if (a.length <= b.length) {
      a = arrayTwo;
      b = arrayOne;
      return _.isEmpty(_.difference(a.sort(), b.sort()));
   } else {
      return false;
   }
}
// examples
console.log(isSame([1, 2, 3], [1, 2, 3])); // true
console.log(isSame([1, 2, 4], [1, 2, 3])); // false
console.log(isSame([1, 2], [2, 3, 1])); // false
console.log(isSame([2, 3, 1], [1, 2])); // false
// Test cases pointed by Mariano Desanze, Thanks.
console.log(isSame([1, 2, 3], [1, 2, 2])); // false
console.log(isSame([1, 2, 2], [1, 2, 2])); // true
console.log(isSame([1, 2, 2], [1, 2, 3])); // false
これがお役に立てば幸いです。