受け入れられた答えは、私が作業を開始しなければならなかった、めちゃくちゃになったプロジェクトのこの問題を解決する方法を理解するための正しい道に私を助けました。ただし、非常に多くの不良インクルードヘッダーを処理する必要がありました。詳細なデバッグ出力では、デバッグ出力を出力しているときに1つを削除するとIDEが30秒間フリーズし、プロセスが非常に遅くなりました。
私はイライラして、(Visual Studio 2010)プロジェクトファイルをチェックして、不足しているすべてのファイルを、それらが配置されているフィルターと共に一度に出力するための迅速で汚いPythonスクリプトを記述しました。ここに要旨:https : //gist.github.com/antiuniverse/3825678(または相対パスをサポートするこのフォーク)
例:
D:\...> check_inc.py sdk/src/game/client/swarm_sdk_client.vcxproj
[Header Files]:
  fx_cs_blood.h   (cstrike\fx_cs_blood.h)
  hud_radar.h   (cstrike\hud_radar.h)
[Game Shared Header Files]:
  basecsgrenade_projectile.h   (..\shared\cstrike\basecsgrenade_projectile.h)
  fx_cs_shared.h   (..\shared\cstrike\fx_cs_shared.h)
  weapon_flashbang.h   (..\shared\cstrike\weapon_flashbang.h)
  weapon_hegrenade.h   (..\shared\cstrike\weapon_hegrenade.h)
  weapon_ifmsteadycam.h   (..\shared\weapon_ifmsteadycam.h)
[Source Files\Swarm\GameUI - Embedded\Base GameUI\Headers]:
  basepaenl.h   (swarm\gameui\basepaenl.h)
  ...
ソースコード:
#!/c/Python32/python.exe
import sys
import os
import os.path
import xml.etree.ElementTree as ET
ns = '{http://schemas.microsoft.com/developer/msbuild/2003}'
#Works with relative path also
projectFileName = sys.argv[1]
if not os.path.isabs(projectFileName):
   projectFileName = os.path.join(os.getcwd(), projectFileName)
filterTree = ET.parse(projectFileName+".filters")
filterRoot = filterTree.getroot()
filterDict = dict()
missingDict = dict()
for inc in filterRoot.iter(ns+'ClInclude'):
    incFileRel = inc.get('Include')
    incFilter = inc.find(ns+'Filter')
    if incFileRel != None and incFilter != None:
        filterDict[incFileRel] = incFilter.text
        if incFilter.text not in missingDict:
            missingDict[incFilter.text] = []
projTree = ET.parse(projectFileName)
projRoot = projTree.getroot()
for inc in projRoot.iter(ns+'ClInclude'):
    incFileRel = inc.get('Include')
    if incFileRel != None:
        incFile = os.path.abspath(os.path.join(os.path.dirname(projectFileName), incFileRel))
        if not os.path.exists(incFile):
            missingDict[filterDict[incFileRel]].append(incFileRel)
for (missingGroup, missingList) in missingDict.items():
    if len(missingList) > 0:
        print("["+missingGroup+"]:")
        for missing in missingList:
            print("  " + os.path.basename(missing) + "   (" + missing + ")")