2つのRMarkdown（.Rmd）ファイルを1つの出力に組み合わせる方法は？

同じフォルダーに2つのファイル（chapter1.Rmdとchapter2.Rmd）があり、次の内容が含まれています。

Chapter1.Rmd

---
title: "Chapter 1"
output: pdf_document
---

## This is chapter 1. {#Chapter1}

Next up: [chapter 2](#Chapter2)

chapter2.Rmd

---
title: "Chapter 2"
output: pdf_document
---

## This is chapter 2. {#Chapter2}

Previously: [chapter 1](#Chapter1)

これらを組み合わせて単一のpdf出力にするにはどうすればよいですか？

もちろん、render(input = "chapter1.Rmd", output_format = "pdf_document")完全に動作しますが、動作render(input = "chapter1.Rmd", input = "chapter2.Rmd", output_format = "pdf_document")しません。

なぜこれをしたいのですか？別れるために、巨大な文書を論理ファイルに。

私は@hadleyのbookdownパッケージを使用して.Rmd からlatexをビルドしましたが、これはこの特定のタスクにはやり過ぎのようです。knitr / pandoc / linuxコマンドラインを使用した簡単な解決策はありますか？ありがとう。

2018年8月の更新：この回答は、Rmarkdownベースの本を書くためのより強力なアプローチであるbookdownが登場する前に書かれました。@ Mikey-Harperの回答で最小限のブックダウンの例をチェックしてください！

大きなレポートを個別のRmdに分割する場合、通常は親Rmdを作成し、チャプターを子として含めます。このアプローチは、新しいユーザーが理解しやすく、目次（toc）を含めると、章間を簡単に移動できます。

report.Rmd

---  
title: My Report  
output: 
  pdf_document:
    toc: yes 
---

```{r child = 'chapter1.Rmd'}
```

```{r child = 'chapter2.Rmd'}
```

Chapter1.Rmd

# Chapter 1

This is chapter 1.

```{r}
1
```

chapter2.Rmd

# Chapter 2

This is chapter 2.

```{r}
2
```

ビルド

rmarkdown::render('report.Rmd')

生成されるもの：

また、子ドキュメントのチャンクをすばやく作成する方法が必要な場合：

rmd <- list.files(pattern = '*.Rmd', recursive = T)
chunks <- paste0("```{r child = '", rmd, "'}\n```\n")
cat(chunks, sep = '\n')
# ```{r child = 'chapter1.Rmd'}
# ```
#
# ```{r child = 'chapter2.Rmd'}
# ```

複数のR マークダウンファイルからレポートを作成するには、bookdownパッケージを使用することをお勧めします。長いドキュメントに非常に役立つ相互参照のような多くの便利な機能を追加します。

@Ericの例を採用して、ブックダウン設定の最小限の例を示します。主な詳細は、メインファイルを呼び出すindex.Rmd必要があることであり、追加のYAML行を含める必要がありますsite: bookdown::bookdown_site。

index.Rmd

---
title: "A Minimal bookdown document"
site: bookdown::bookdown_site
output:
  bookdown::pdf_document2:
    toc: yes
---

01-intro.Rmd：

# Chapter 1

This is chapter 1.

```{r}
1
```

02-intro.Rmd：

# Chapter 2

This is chapter 2.

```{r}
2
```

index.Rmd ブックニットが同じディレクトリにあるすべてのファイルをアルファベット順にマージする場合（この動作は、追加の_bookdown.ymlファイルを使用して変更できます）。

あなたは、この基本的な設定に慣れてもらうと、追加の設定ファイルを使用してbookdown文書フォーマットと出力フォーマットをカスタマイズするのは簡単IEである_bookdown.ymlと_output.yml

参考文献

• Rマークダウン：決定版ガイド：第11章はブックダウンの優れた概要を提供します
• ブックダウンを使用してブックを作成すると、ブックダウンに関する包括的なガイドが提供され、より高度な詳細については推奨されます。

これは私のために働きました：

Rmd_bind <- 
    function(dir = ".",
    book_header = readLines(textConnection("---\ntitle: 'Title'\n---")))
{
    old <- setwd(dir)
    if(length(grep("book.Rmd", list.files())) > 0){
    warning("book.Rmd already exists")
    }
    write(book_header, file = "book.Rmd", )
    cfiles <- list.files(pattern = "*.Rmd", )
    ttext <- NULL
    for(i in 1:length(cfiles)){
    text <- readLines(cfiles[i])
    hspan <- grep("---", text)
    text <- text[-c(hspan[1]:hspan[2])]
    write(text, sep = "\n", file = "book.Rmd", append = T)
    }
    render("book.Rmd", output_format = "pdf_document")
    setwd(old)
    }

より良い解決策があり、rmarkdownまたはknitrパッケージにこのようなものがあればよいと想像してください。