1.スペルできない
最初にテストすることは、パッケージの名前のスペルが正しいかどうかです。 Rでは、パッケージ名は大文字と小文字が区別されます。
2.正しいリポジトリを調べていません
次に、パッケージが利用可能かどうかを確認する必要があります。タイプ
setRepositories()
?setRepositoriesも参照してください。
Rがパッケージを探すリポジトリを確認し、オプションで追加のリポジトリを選択します。少なくとも、通常はCRAN
選択CRAN (extras)
する必要があります。Windowsを使用している場合は、Bioc*
リポジトリを選択します。[gen / prote / metabol / transcript] omics 生物学的分析。
これを永続的に変更するには、次のような行setRepositories(ind = c(1:6, 8))
をRprofile.site
ファイルに追加します。
3.パッケージは選択したリポジトリにありません
使用可能なすべてのパッケージを返すには
ap <- available.packages()
Rの利用可能なパッケージの名前、?available.packagesも参照してください。
これは大きなマトリックスなので、データビューアを使用して調べることができます。または、行名に対してテストすることで、パッケージが利用可能かどうかをすばやく確認できます。
View(ap)
"foobarbaz" %in% rownames(ap)
または、使用可能なパッケージのリストは、CRAN、CRAN(extras)、Bioconductor、R-forge、RForge、およびgithubのブラウザーで確認できます。
CRANミラーと対話するときに表示される可能性がある別の警告メッセージは次のとおりです。
Warning: unable to access index for repository
これは、選択したCRANリポジトリが現在使用できないことを示している可能性があります。で別のミラーを選択してchooseCRANmirror()
、インストールを再試行できます。
パッケージが利用できない理由はいくつかあります。
4.パッケージを望まない
たぶん、あなたは本当にパッケージを望んでいないでしょう。パッケージとライブラリ、またはパッケージとデータセットの違いについて混乱することはよくあります。
パッケージは、コード、データ、またはドキュメントを提供するなど、Rを拡張するマテリアルの標準化されたコレクションです。ライブラリは、Rが使用できるパッケージを見つけるためにRが知っている場所(ディレクトリ)です
利用可能なデータセットを表示するには、次のように入力します
data()
5. Rまたはバイオコンダクターが古い
Rのより新しいバージョン(またはインポート/依存するパッケージの1つ)に依存している可能性があります。見る
ap["foobarbaz", "Depends"]
Rのインストールを現在のバージョンに更新することを検討してください。Windowsでは、これはinstallr
パッケージを介して行うのが最も簡単です。
library(installr)
updateR()
(もちろん、install.packages("installr")
最初にする必要があるかもしれません。)
バイオコンダクタパッケージと同様に、バイオコンダクタのインストールを更新する必要がある場合があります。
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("BiocUpgrade")
6.パッケージが古くなっています
アーカイブされている可能性があります(保守されなくなり、R CMD check
テストに合格しなくなった場合)。
この場合、次のコマンドを使用して古いバージョンのパッケージをロードできます。 install_version()
library(remotes)
install_version("foobarbaz", "0.1.2")
別の方法は、github CRANミラーからインストールすることです。
library(remotes)
install_github("cran/foobarbaz")
7. Windows / OS X / Linuxバイナリはありません
CRANにはない追加のソフトウェアが必要なため、Windowsバイナリがない場合があります。さらに、一部のパッケージは、一部またはすべてのプラットフォームのソースからのみ入手できます。この場合、CRAN (extras)
リポジトリにバージョンがある可能性があります(setRepositories
上記を参照)。
パッケージにコンパイルコード(C、C ++、FORTRANなど)が必要な場合は、WindowsにRtoolsまたはOS X にXCodeに付随する開発者ツールをインストールし、次の方法でパッケージのソースバージョンをインストールします。
install.packages("foobarbaz", type = "source")
# Or equivalently, for Bioconductor packages:
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("foobarbaz", type = "source")
CRANではNeedsCompilation
、説明のフラグを見ることで、ソースからパッケージをビルドするために特別なツールが必要かどうかを判断できます。
8.パッケージはgithub / Bitbucket / Gitoriousにあります
Github / Bitbucket / Gitoriousにリポジトリがある場合があります。これらのパッケージには、remotes
インストールするパッケージが必要です。
library(remotes)
install_github("packageauthor/foobarbaz")
install_bitbucket("packageauthor/foobarbaz")
install_gitorious("packageauthor/foobarbaz")
(と同様にinstallr
、install.packages("remotes")
最初に必要になる場合があります。)
9.パッケージのソースバージョンがありません
パッケージのバイナリバージョンは利用できますが、ソースバージョンは利用できません。このチェックをオフにするには、
options(install.packages.check.source = "no")
imanuelcによるこのSOの回答との詳細セクションに記載されてい?install.packages
ます。
10.パッケージが非標準リポジトリにあります
パッケージが非標準リポジトリ(例:)にありますRbbg
。それがCRAN標準に合理的に準拠していると仮定すると、を使用してダウンロードできますinstall.packages
。リポジトリのURLを指定するだけです。
install.packages("Rbbg", repos = "http://r.findata.org")
RHIPE
一方、CRANのようなリポジトリにはなく、独自のインストール手順があります。