回答:
変更をコミットするとすぐに警告が消えます（Xcode 8）。
この問題にはさまざまな原因があるようですが、多くの場合、ソース管理ソフトウェアに関連しています。
私の場合、Gitに移動してファイルを再度追加することで解決しました。私は次のコマンドを実行することを意味します：
git add .XCodeの場合-> SoureControl：
Update+ Refresh Status私のためにやった。
私の場合、ファイルはソース管理にありませんでした。
修正するには、このファイルを破棄する必要がありました（プロジェクト全体ではなく、不足しているファイルのみを破棄するように注意してください）。
私の場合、Xcodeは.svn、不足しているファイルを参照する古いディレクトリを何らかの方法で見つけました。これらの.svnファイルを見つけるには、プロジェクトフォルダーより上のレベルに移動する必要がありました。削除したら、Xcodeを再起動しましたが、すべて問題ありませんでした。
Xcode 7をまだ使用しているときに、Xcodeプロジェクトから長い間削除されていた少数のファイルで同様の問題が発生しました。
私の解決策は：
これにより、警告が表示されなくなりました。
私にとっては、以下がうまくいきました：
私はGitを使用していないため、新しいプロジェクトを作成しました（XCode 8、通常の「use Git」が表示されなかったか、チェックマークが付けられていました）。次に、この新しいプロジェクトのすべてのファイルを簡単に削除しました。古いめちゃくちゃにされたプロジェクトに行き、プロジェクトフォルダーにすべてをコピーし、新しく作成されたプロジェクトに戻り、古いものを貼り付け、それを開きました-数ヶ月間存在しなかったファイルに関するすべての警告が消えました。成功を祈っている。
同じ問題が発生し、指定したファイルをファインダーからプロジェクトナビゲーターにドラッグし（ダイアログで[ファイルのコピー]が選択されていることを確認）、ファイルをコミットすることで解決しました。
私の場合、いくつかのファイルをXcodeプロジェクトウィンドウにドラッグアンドドロップして追加しました。それは私のソースディレクトリにコピーを作成しましたが、私が彼らが行きたい場所にそれらを置きませんでした（それは私のディレクトリのルートにそれらを置きました、私はサブディレクトリにそれらをほしかったです）。何も考えずにFinderでそれらをつかんで、必要なディレクトリに移動しました。プロジェクトウィンドウに戻った後、当然それらを見つけることができなかったので、ウィンドウから削除して再度追加しました。コンパイルした後、これらのエラーが発生し始めました。
上記のようにgitの問題だと思いましたが、「git ls-tree --full-tree -r HEAD」を実行したときにファイルがまったく表示されませんでしたか？
とにかくそれを修正するには、「ファイルを追加...」メニューコマンドを使用して各ファイルをデフォルトの場所に追加し、クリーンビルドを実行してから、プロジェクトウィンドウからそれらを削除します（[ゴミ箱に移動]を使用）。それはすべてのエラーを取り除きました。
私の場合、それはgitと大文字と小文字を区別しないファイルシステムの問題でした。
次の場合にのみ異なるファイルパスを使用して、誤って同じファイルを2回送信しました。
MyProject/Resources/foo.png
MyProject/resources/foo.pngXcodeは、欠落しているファイルの1つについて不平を言っていました。
問題のあるファイルを削除し、再度追加することで修正しました。
cd MyProject
mv Resources/foo.png /tmp
git rm Resources/foo.png
git rm resources/foo.png
git commit
mv /tmp/foo.png Resources
git add Resources/foo.png
git commit