numpy配列をh5pyに入出力

出力がサイズ指定された行列で、エントリがすべてtypeであるPythonコードがありますfloat。拡張子を付けて保存すると、.datファイルサイズは500 MB程度になります。を使用h5pyすると、ファイルサイズが大幅に縮小されることを確認しました。したがって、という名前の2D numpy配列があるとしAます。どうすればh5pyファイルに保存できますか？また、配列を操作する必要があるので、同じファイルを読み取って、それを別のコードの派手な配列として配置するにはどうすればよいですか？

h5pyは、データセットとグループのモデルを提供します。前者は基本的に配列であり、後者はディレクトリと考えることができます。それぞれに名前が付けられています。APIと例については、ドキュメントをご覧ください。

http://docs.h5py.org/en/latest/quick.html

すべてのデータを事前に作成していて、それをhdf5ファイルに保存するだけの簡単な例は次のようになります。

In [1]: import numpy as np
In [2]: import h5py
In [3]: a = np.random.random(size=(100,20))
In [4]: h5f = h5py.File('data.h5', 'w')
In [5]: h5f.create_dataset('dataset_1', data=a)
Out[5]: <HDF5 dataset "dataset_1": shape (100, 20), type "<f8">

In [6]: h5f.close()

次に、次を使用してそのデータを読み込むことができます： '

In [10]: h5f = h5py.File('data.h5','r')
In [11]: b = h5f['dataset_1'][:]
In [12]: h5f.close()

In [13]: np.allclose(a,b)
Out[13]: True

間違いなくドキュメントをチェックしてください：

http://docs.h5py.org

hdf5ファイルへの書き込みは、h5pyまたはpytablesに依存します（それぞれ、hdf5ファイル仕様の上にある別のpython APIがあります）。また、numpyによってネイティブで提供されている他の単純なバイナリ形式np.save（np.savezなど）も確認する必要があります。

http://docs.scipy.org/doc/numpy/reference/routines.io.html

ファイルのオープン/クローズを処理し、メモリリークを回避するためのよりクリーンな方法：

準備：

import numpy as np
import h5py

data_to_write = np.random.random(size=(100,20)) # or some such

書く：

with h5py.File('name-of-file.h5', 'w') as hf:
    hf.create_dataset("name-of-dataset",  data=data_to_write)

読んだ：

with h5py.File('name-of-file.h5', 'r') as hf:
    data = hf['name-of-dataset'][:]