コマンドラインからRスクリプトを実行する

と呼ばれるファイルa.rがありchmod、755です。

sayHello <- function(){
   print('hello')
}

sayHello()

コマンドラインからこれを実行するにはどうすればよいですか？

出力をターミナルに出力する場合は、Rscriptを使用するのが最適です

Rscript a.R

R CMD BATCH a.R出力を標準出力にリダイレクトしてターミナルに表示する代わりにそれを使用すると、a.Routという新しいファイルが作成されることに注意してください。

R CMD BATCH a.R
# Check the output
cat a.Rout

Rscriptの使用に関してもう1つ注意すべき点は、methodsデフォルトではパッケージをロードしないため、混乱を招く可能性があることです。したがって、メソッドが提供するものに依存している場合は、それをスクリプトで明示的にロードする必要があります。

./a.Rスクリプトを呼び出す方法を本当に使用したい場合#!は、スクリプトの先頭に適切なものを追加できます

#!/usr/bin/env Rscript
sayHello <- function(){
   print('hello')
}

sayHello()

また、* unixシステムで実行している場合、Rへのコマンドラインパイピングを簡単に提供する便利な小さなパッケージがあることにも注意します。スクリプトを使用して光沢のあるアプリを実行するには、もっと小さなパッケージを使用する必要があるかもしれません。詳細については、この質問をご覧ください。

これは質問に直接回答するものではありません。しかし、ターミナルからRのonelinerを実行したいので、誰かがここで終わるかもしれません。たとえば、不足しているパッケージをインストールして終了するだけの場合、このonelinerは非常に便利です。いくつかのパッケージを見逃してしまったことを突然見つけて、好きな場所にインストールしたいときに、私はそれをたくさん使用しています。

• デフォルトの場所にインストールするには：

  R -e 'install.packages(c("package1", "package2"))'

• root権限が必要な場所にインストールするには：

  R -e 'install.packages(c("package1", "package2"), lib="/usr/local/lib/R/site-library")' 

コマンドラインからRスクリプトを実行するもう1つの方法は、次のとおりです。

R < scriptName.R --no-save  

または--save。

コマンドライン（ターミナル）でRスクリプトを使用する最良の方法は何ですか？も参照してください。。

?Rscript端末からRスクリプトを実行するには、コマンドが必要です。

http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/utils/html/Rscript.htmlを確認してください。

例

## example #! script for a Unix-alike

#! /path/to/Rscript --vanilla --default-packages=utils
args <- commandArgs(TRUE)
res <- try(install.packages(args))
if(inherits(res, "try-error")) q(status=1) else q()

複数のコマンドでknitrおよびrmarkdownを使用してコマンドでRmdを実行し、HTMLファイルをRPubsにアップロードする方法

次に例を示します。2つのライブラリをロードしてRコマンドを実行します。

R -e 'library("rmarkdown");library("knitr");rmarkdown::render("NormalDevconJuly.Rmd")'

R -e 'library("markdown");rpubsUpload("normalDev","NormalDevconJuly.html")'

* UnixシステムでRscriptを使用するもう1つの方法は、プロセス置換です。

Rscript <(zcat a.r)
# [1] "hello"

これは明らかに受け入れられた回答と同じですが、これにより、コマンドラインのパワーを節約せずにファイルを操作および実行できます。例：

Rscript <(sed s/hello/bye/ a.r)
# [1] "bye"

同様にRscript -e "Rcode"、ファイルに保存せずに実行することもできます。したがって、Rコードを生成するスクリプトと組み合わせて使用​​できます。例：

Rscript <(echo "head(iris,2)")
# Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
# 1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa
# 2          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa

ドキュメントのためだけに、スクリプトをsudo次のように実行する必要がある場合があります。

sudo Rscript path/to/your/file.R