実行中のスクリプトのパスを決定する

私はと呼ばれるスクリプト持っているfoo.R別のスクリプトが含まother.R同じディレクトリにあります、：

#!/usr/bin/env Rscript
message("Hello")
source("other.R")

しかし、私は現在の作業ディレクトリが何であっRてother.Rもそれを見つけたいです。

つまり、foo.R独自のパスを知る必要があります。どうやってやるの？

ここに問題の簡単な解決策があります。このコマンド：

script.dir <- dirname(sys.frame(1)$ofile)

現在のスクリプトファイルのパスを返します。スクリプトが保存された後に機能します。

commandArgs関数を使用して、Rscriptから実際のRインタープリターに渡されたすべてのオプションを取得し、それらを検索できます--file=。スクリプトがパスから起動された場合、またはフルパスで起動された場合、script.name以下はで始まり'/'ます。それ以外の場合は、相対cwdパスである必要があり、2つのパスを連結して完全なパスを取得できます。

編集：必要なのはscript.name上記で、パスの最後のコンポーネントを取り除くようです。不要なcwd()サンプルを削除し、メインスクリプトをクリーンアップして、を投稿しましたother.R。このスクリプトとother.Rスクリプトを同じディレクトリに保存してchmod +x、メインスクリプトを実行するだけです。

main.R：

#!/usr/bin/env Rscript
initial.options <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
file.arg.name <- "--file="
script.name <- sub(file.arg.name, "", initial.options[grep(file.arg.name, initial.options)])
script.basename <- dirname(script.name)
other.name <- file.path(script.basename, "other.R")
print(paste("Sourcing",other.name,"from",script.name))
source(other.name)

その他.R：

print("hello")

出力：

burner@firefighter:~$ main.R
[1] "Sourcing /home/burner/bin/other.R from /home/burner/bin/main.R"
[1] "hello"
burner@firefighter:~$ bin/main.R
[1] "Sourcing bin/other.R from bin/main.R"
[1] "hello"
burner@firefighter:~$ cd bin
burner@firefighter:~/bin$ main.R
[1] "Sourcing ./other.R from ./main.R"
[1] "hello"

これは、dehmannが探しているものだと思います。

Rコンソールから「ソース」するときに、Suppressingfireのソリューションを機能させることができませんでした。
Rscriptを使用すると、ハドリーのソリューションを機能させることができませんでした。

両方の長所？

thisFile <- function() {
        cmdArgs <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
        needle <- "--file="
        match <- grep(needle, cmdArgs)
        if (length(match) > 0) {
                # Rscript
                return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match])))
        } else {
                # 'source'd via R console
                return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
        }
}

frame_files <- lapply(sys.frames(), function(x) x$ofile)
frame_files <- Filter(Negate(is.null), frame_files)
PATH <- dirname(frame_files[[length(frame_files)]])

私は忘れてしまったので、それがどのように機能するか私に尋ねないでください：/

これは私のために働く

library(rstudioapi)    
rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path

ラーケンシーの答えRスクリプトのパスの取得からは、最も正確で本当に素晴らしいIMHOです。それでも、それはまだダミー関数を組み込んだハックです。他の人が見つけやすくするために、ここでは引用しています。

sourceDir <-getSrcDirectory（function（dummy）{dummy}）

これにより、ステートメントが配置された（ダミー関数が定義されている）ファイルのディレクトリが得られます。次に、作業ディレクトリを設定し、相対パスを使用するために使用できます。

setwd(sourceDir)
source("other.R")

または絶対パスを作成する

 source(paste(sourceDir, "/other.R", sep=""))

私のオールインワン！（2019年1月1日、RStudioコンソールに対応するように更新）

#' current script file (in full path)
#' @description current script file (in full path)
#' @examples
#' works with Rscript, source() or in RStudio Run selection, RStudio Console
#' @export
ez.csf <- function() {
    # http://stackoverflow.com/a/32016824/2292993
    cmdArgs = commandArgs(trailingOnly = FALSE)
    needle = "--file="
    match = grep(needle, cmdArgs)
    if (length(match) > 0) {
        # Rscript via command line
        return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match])))
    } else {
        ls_vars = ls(sys.frames()[[1]])
        if ("fileName" %in% ls_vars) {
            # Source'd via RStudio
            return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$fileName))
        } else {
            if (!is.null(sys.frames()[[1]]$ofile)) {
            # Source'd via R console
            return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
            } else {
                # RStudio Run Selection
                # http://stackoverflow.com/a/35842176/2292993
                pth = rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path
                if (pth!='') {
                    return(normalizePath(pth))
                } else {
                    # RStudio Console
                    tryCatch({
                            pth = rstudioapi::getSourceEditorContext()$path
                            pth = normalizePath(pth)
                        }, error = function(e) {
                            # normalizePath('') issues warning/error
                            pth = ''
                        }
                    )
                    return(pth)
                }
            }
        }
    }
}

Supressingfireの回答のスリム化されたバリアント：

source_local <- function(fname){
    argv <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
    base_dir <- dirname(substring(argv[grep("--file=", argv)], 8))
    source(paste(base_dir, fname, sep="/"))
}

これは私にとってはうまくいきます。コマンドライン引数からそれを把握し、不要なテキストを取り除き、dirnameを実行して、最後に完全パスを取得します。

args <- commandArgs(trailingOnly = F)  
scriptPath <- normalizePath(dirname(sub("^--file=", "", args[grep("^--file=", args)])))

この質問への回答をまとめ、rprojrootの新しい関数thisfile()に拡張しました。との編み物にも使えknitrます。

私の目的にとって最も堅牢なように見えるので、steamer25のソリューションが気に入りました。ただし、RStudio（Windows）でデバッグする場合、パスが正しく設定されませんでした。その理由は、RStudioでブレークポイントが設定されている場合、ファイルのソースはスクリプトパスを少し異なるように設定する代替の「デバッグソース」コマンドを使用するためです。これが私が現在使用している最終バージョンで、デバッグ時にRStudio内のこの代替動作を説明しています。

# @return full path to this script
get_script_path <- function() {
    cmdArgs = commandArgs(trailingOnly = FALSE)
    needle = "--file="
    match = grep(needle, cmdArgs)
    if (length(match) > 0) {
        # Rscript
        return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match])))
    } else {
        ls_vars = ls(sys.frames()[[1]])
        if ("fileName" %in% ls_vars) {
            # Source'd via RStudio
            return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$fileName)) 
        } else {
            # Source'd via R console
            return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
        }
    }
}

私は、この質問からほとんどすべてを試みRスクリプトのパスを取得、現在のスクリプトのパスを取得し、現在の.Rファイルの場所探しとRstudioでソースファイルの場所に作業ディレクトリを設定するためのRコマンドを、しかし最後に手動で自分自身を発見しましたCRANテーブルを閲覧して見つけた

scriptName 図書館

current_filename()RStudioでソースを作成するとき、およびRまたはRScript実行可能ファイルを介して呼び出すときに、スクリプトの適切な完全パスを返す関数を提供します。

私にもこの問題があり、上記の解決策はどれもうまくいきませんでした。多分sourceそのようなもので、しかしそれは十分に明確ではありませんでした。

私はこれをエレガントな解決策として見つけました：

paste0(gsub("\\", "/", fileSnapshot()$path, fixed=TRUE),"/")

その中で重要なのはfileSnapshot()、ファイルに関する多くの情報を提供することです。8つの要素のリストを返します。pathリスト要素として選択すると、パスは\\セパレータとして返されるので、コードの残りの部分はそれを変更するだけです。

これがお役に立てば幸いです。

次のように、rスクリプトをbashスクリプトでラップし、スクリプトのパスをbash変数として取得できます。

#!/bin/bash
     # [environment variables can be set here]
     path_to_script=$(dirname $0)

     R --slave<<EOF
        source("$path_to_script/other.R")

     EOF

私はこのアプローチが好きです：

this.file <- sys.frame(tail(grep('source',sys.calls()),n=1))$ofile
this.dir <- dirname(this.file)

私はこれを自分で解決しました。スクリプトの移植性を確保するために、常に次のことから始めてください。

wd <- setwd(".")
setwd(wd)

「。」のために機能します。Unixコマンド$ PWDのように変換します。この文字列を文字オブジェクトに割り当てると、その文字オブジェクトをsetwd（）およびPrestoに挿入できますのコードは常に、現在のディレクトリを作業ディレクトリとして実行します。あります。（追加のボーナス：wdオブジェクトをfile.path（）（つまり、file.path（wd、 "output_directory"）と一緒に使用して、指定したディレクトリへのファイルパスに関係なく標準出力ディレクトリを作成できます。この方法では、この方法で参照する前に新しいディレクトリを作成する必要がありますが、これもwdオブジェクトで補助できます。

または、次のコードはまったく同じことを実行します。

wd <- getwd()
setwd(wd)

または、オブジェクトのファイルパスが必要ない場合は、次のように簡単にできます。

setwd(".")

getoptパッケージが提供するget_Rscript_filename関数は、ここで示したものと同じソリューションを使用しますが、標準のRモジュールですでに作成されているため、「スクリプトパスの取得」関数をすべてのスクリプトにコピーして貼り付ける必要はありません。あなたが書く。

参照findSourceTraceback()のR.utilsの、パッケージました

すべての呼び出しフレームでsource（）によって生成されたすべての「srcfile」オブジェクトを検索します。これにより、source（）によって現在スクリプト化されているファイルを見つけることができます。

スクリプトがシンボリックリンクディレクトリから操作されているため、上記の実装に問題がありました。少なくとも、上記の解決策がうまくいかなかったのはそのためです。@ennuikillerの答えに沿って、Rscriptをbashで囲みました。pwd -Pシンボリックリンクされたディレクトリ構造を解決するを使用してパス変数を設定しました。次に、パスをRscriptに渡します。

Bash.sh

#!/bin/bash

# set path variable
path=`pwd -P`

#Run Rscript with path argument
Rscript foo.R $path

foo.R

args <- commandArgs(trailingOnly=TRUE)
setwd(args[1])
source(other.R)

@ steamer25のアプローチのバリアントを使用します。ポイントは、セッションがRscriptを介して開始された場合でも、最後のソーススクリプトを取得したいということです。次のスニペットをファイルに含めるthisScriptと、スクリプトの正規化されたパスを含む変数が提供されます。私はソースの（乱用）使用を告白します。そのため、Rscriptを呼び出し、--file引数で指定されたスクリプトが別のスクリプトをソースする別のスクリプトをソースすることがあります。

thisScript <- (function() {
  lastScriptSourced <- tail(unlist(lapply(sys.frames(), function(env) env$ofile)), 1)

  if (is.null(lastScriptSourced)) {
    # No script sourced, checking invocation through Rscript
    cmdArgs <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
    needle <- "--file="
    match <- grep(needle, cmdArgs)
    if (length(match) > 0) {
      return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match]), winslash=.Platform$file.sep, mustWork=TRUE))
    }
  } else {
    # 'source'd via R console
    return(normalizePath(lastScriptSourced, winslash=.Platform$file.sep, mustWork=TRUE))
  }
})()

単純に使用できるケースの99％：

sys.calls()[[1]] [[2]]

スクリプトが最初の引数ではない、つまりのようなクレイジーな呼び出しでは機能しませんsource(some args, file="myscript")。これらの派手なケースでは@hadleyを使用してください。

Steamer25のアプローチは機能しますが、パスに空白がない場合のみです。macOSでは、少なくともcmdArgs[match]次のようなもの/base/some~+~dir~+~with~+~whitespace/を返します/base/some\ dir\ with\ whitespace/。

「〜+〜」を返す前に単純な空白で置き換えることで、これを回避しました。

thisFile <- function() {
  cmdArgs <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
  needle <- "--file="
  match <- grep(needle, cmdArgs)
  if (length(match) > 0) {
    # Rscript
    path <- cmdArgs[match]
    path <- gsub("\\~\\+\\~", " ", path)
    return(normalizePath(sub(needle, "", path)))
  } else {
    # 'source'd via R console
    return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
  }
}

もちろん、aprstarのようにelseブロックを拡張することもできます。

スクリプトではなく、foo.Rそのパスの場所がわかっている場合、コードを変更してsource、コモンからのすべての'dパスを常に参照するrootようにできる場合、これらは非常に役立ちます。

• https://github.com/r-lib/rprojroot またはhttps://rprojroot.r-lib.org/
• https://here.r-lib.org/

与えられた

• /app/deeply/nested/foo.R
• /app/other.R

これは動作します

#!/usr/bin/env Rscript
library(here)
source(here("other.R"))

プロジェクトのルートを定義する方法については、https：//rprojroot.r-lib.org/を参照してください。

#!/usr/bin/env Rscript
print("Hello")

# sad workaround but works :(
programDir <- dirname(sys.frame(1)$ofile)
source(paste(programDir,"other.R",sep='/'))
source(paste(programDir,"other-than-other.R",sep='/'))

Rには '$ 0'タイプの構造はありません。Rで書かれたbashスクリプトへのsystem（）呼び出しでそれを行うことができます：

write.table(c("readlink -e $0"), file="scriptpath.sh",col=F, row=F, quote=F)
thisscript <- system("sh scriptpath.sh", intern = TRUE)

次に、scriptpath.sh名をother.Rに分割します。

splitstr <- rev(strsplit(thisscript, "\\/")[[1]])
otherscript <- paste0(paste(rev(splitstr[2:length(splitstr)]),collapse="/"),"/other.R")

コールスタックを確認することで、実行中の各スクリプトのファイルパスを取得できます。最も有用な2つは、おそらく現在実行中のスクリプトか、最初に取得するスクリプト（エントリ）のどちらかです。

script.dir.executing = (function() return( if(length(sys.parents())==1) getwd() else dirname( Filter(is.character,lapply(rev(sys.frames()),function(x) x$ofile))[[1]] ) ))()

script.dir.entry = (function() return( if(length(sys.parents())==1) getwd() else dirname(sys.frame(1)$ofile) ))()