ggplot2でfacet_wrapおよびscales = "free"を使用して個々の軸の制限を設定する


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予測値と残差のプロットと並べて予測値と実際の値を表示するファセットプロットを作成しています。私はshiny、さまざまなトレーニングパラメーターを使用してモデリング作業の結果を調査するために使用します。データの85%でモデルをトレーニングし、残りの15%でテストし、これを5回繰り返し、毎回実際の/予測された値を収集します。残差を計算すると、data.frame次のようになります。

head(results)
       act     pred       resid
2 52.81000 52.86750 -0.05750133
3 44.46000 42.76825  1.69175252
4 54.58667 49.00482  5.58184181
5 36.23333 35.52386  0.70947731
6 53.22667 48.79429  4.43237981
7 41.72333 41.57504  0.14829173

私が欲しいもの:

  • predvs actpredvsの横並びのプロットresid
  • predvs. のx / y範囲/制限actは同じで、理想的min(min(results$act), min(results$pred))にはmax(max(results$act), max(results$pred))
  • predvs. のx / y範囲/制限は、実際のvs.予測プロットに対して私が何をするかによって影響を受けresid ませんx予測値yのみと残差範囲のみのプロットは問題ありません。

両方のプロットを並べて表示するために、データを溶解します。

library(reshape2)
plot <- melt(results, id.vars = "pred")

今プロットする:

library(ggplot2)
p <- ggplot(plot, aes(x = pred, y = value)) + geom_point(size = 2.5) + theme_bw()
p <- p + facet_wrap(~variable, scales = "free")

print(p)

それは私が望むものにかなり近いです:

ここに画像の説明を入力してください

私が望むのは、実際と予測のxとyの範囲が同じであるようにすることですが、それを指定する方法がわかりません。予測と残差のプロットでは、範囲は完全に異なります。

私は両方にこのようなものを追加しようscale_x_continousとしましたscale_y_continuous

min_xy <- min(min(plot$pred), min(plot$value))
max_xy <- max(max(plot$pred), max(plot$value))

p <- ggplot(plot, aes(x = pred, y = value)) + geom_point(size = 2.5) + theme_bw()
p <- p + facet_wrap(~variable, scales = "free")
p <- p + scale_x_continuous(limits = c(min_xy, max_xy))
p <- p + scale_y_continuous(limits = c(min_xy, max_xy))

print(p)

しかし、それmin()は残りの値をピックアップします。

ここに画像の説明を入力してください

私が持っていた最後の1つのアイデアは、前に最小値actpred変数の値を保存することです溶融それらを溶融データフレームに追加して、それらがどのファセットに表示されるかを指示することです。

head(results)
       act     pred       resid
2 52.81000 52.86750 -0.05750133
3 44.46000 42.76825  1.69175252
4 54.58667 49.00482  5.58184181
5 36.23333 35.52386  0.70947731

min_xy <- min(min(results$act), min(results$pred))
max_xy <- max(max(results$act), max(results$pred))

plot <- melt(results, id.vars = "pred")

plot <- rbind(plot, data.frame(pred = c(min_xy, max_xy),
  variable = c("act", "act"), value = c(max_xy, min_xy)))

p <- ggplot(plot, aes(x = pred, y = value)) + geom_point(size = 2.5) + theme_bw()
p <- p + facet_wrap(~variable, scales = "free")

print(p)

ポイントも表示されることを除いて、それは私が望むことです:

ここに画像の説明を入力してください

このようなことをするための提案はありますか?


私はこのアイデアを追加するのを見ましたgeom_blank()が、aes()ビットを指定して適切に機能させる方法、またはgeom_point()ヒストグラムの使用と同等のものはわかりませんaes(y = max(..count..))


以下は、使用するデータです(溶解前の実際の値、予測値、および残差値)。

> dput(results)
structure(list(act = c(52.81, 44.46, 54.5866666666667, 36.2333333333333, 
53.2266666666667, 41.7233333333333, 35.2966666666667, 30.6833333333333, 
39.25, 35.8866666666667, 25.1, 29.0466666666667, 23.2766666666667, 
56.3866666666667, 42.92, 41.57, 27.92, 23.16, 38.0166666666667, 
61.8966666666667, 37.41, 41.6333333333333, 35.9466666666667, 
48.9933333333333, 30.5666666666667, 32.08, 40.3633333333333, 
53.2266666666667, 64.6066666666667, 38.5366666666667, 41.7233333333333, 
25.78, 33.4066666666667, 27.8033333333333, 39.3266666666667, 
48.9933333333333, 25.2433333333333, 32.67, 55.17, 42.92, 54.5866666666667, 
23.16, 64.6066666666667, 40.7966666666667, 39.0166666666667, 
41.6333333333333, 35.8866666666667, 25.1, 23.2766666666667, 44.46, 
34.2166666666667, 40.8033333333333, 24.5766666666667, 35.73, 
61.8966666666667, 62.1833333333333, 74.6466666666667, 39.4366666666667, 
36.6, 27.1333333333333), pred = c(52.8675013282404, 42.7682474758679, 
49.0048248585123, 35.5238560262515, 48.7942868566949, 41.5750416040131, 
33.9548164913007, 29.9787449128663, 37.6443975781139, 36.7196211666685, 
27.6043278172077, 27.0615724310721, 31.2073056885252, 55.0886903524179, 
43.0895814712768, 43.0895814712768, 32.3549865881578, 26.2428426737583, 
36.6926037128343, 56.7987490221996, 45.0370788180147, 41.8231642271826, 
38.3297859332601, 49.5343916620086, 30.8535641206809, 29.0117492750411, 
36.9767968381391, 49.0826677983065, 54.4678549541069, 35.5059204731218, 
41.5333417555995, 27.6069075391361, 31.2404889715121, 27.8920960978598, 
37.8505531149324, 49.2616631533957, 30.366837650159, 31.1623492639066, 
55.0456078770405, 42.772538591063, 49.2419293590535, 26.1963523976241, 
54.4080781796616, 44.9796700541254, 34.6996927469131, 41.6227713664027, 
36.8449646519306, 27.5318686661673, 31.6641793552795, 42.8198894266632, 
40.5769177148146, 40.5769177148146, 29.3807781312816, 36.8579132935989, 
55.5617033901752, 55.8097119335638, 55.1041728261666, 43.6094641699075, 
37.0674887276681, 27.3876960746536), resid = c(-0.0575013282403773, 
1.69175252413213, 5.58184180815435, 0.709477307081826, 4.43237980997177, 
0.148291729320228, 1.34185017536599, 0.704588420467079, 1.60560242188613, 
-0.832954500001826, -2.50432781720766, 1.98509423559461, -7.93063902185855, 
1.29797631424874, -0.169581471276786, -1.51958147127679, -4.43498658815778, 
-3.08284267375831, 1.32406295383237, 5.09791764446704, -7.62707881801468, 
-0.189830893849219, -2.38311926659339, -0.541058328675241, -0.286897454014273, 
3.06825072495888, 3.38653649519422, 4.14399886836018, 10.1388117125598, 
3.03074619354486, 0.189991577733821, -1.82690753913609, 2.16617769515461, 
-0.088762764526507, 1.47611355173427, -0.268329820062384, -5.12350431682565, 
1.5076507360934, 0.124392122959534, 0.147461408936991, 5.34473730761318, 
-3.03635239762411, 10.1985884870051, -4.18300338745873, 4.31697391975358, 
0.0105619669306023, -0.958297985263961, -2.43186866616734, -8.38751268861282, 
1.64011057333683, -6.36025104814794, 0.226415618518729, -4.80411146461488, 
-1.1279132935989, 6.33496327649151, 6.37362139976954, 19.5424938405001, 
-4.17279750324084, -0.467488727668119, -0.254362741320246)), .Names = c("act", 
"pred", "resid"), row.names = c(2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 
10L, 11L, 12L, 13L, 15L, 16L, 17L, 18L, 19L, 20L, 21L, 22L, 23L, 
24L, 25L, 26L, 28L, 29L, 30L, 31L, 32L, 33L, 34L, 35L, 36L, 37L, 
38L, 39L, 41L, 42L, 43L, 44L, 45L, 46L, 47L, 48L, 49L, 50L, 51L, 
52L, 54L, 55L, 56L, 57L, 58L, 59L, 60L, 61L, 62L, 63L, 64L, 65L
), class = "data.frame")

好奇心旺盛-実際のグラフと残差を同じグラフにプロットしてみませんか?
Ricardo Saporta 2013

2
個別にプロットを作成してから使用しますgrid.arrange
joran 2013

@RicardoSaporta例としてリンクできるGoogle画像はありますか?溶融後のデータを使用して、私がggplot(plot, aes(x = pred, y = value)) + geom_point()ファセットなしで行うことを提案していますか?それは実際に残差のスケールを縮小して、非ランダム性/スキューを検出することを難しくしませんか?
ヘンディ2013

1
私の別のコメントは、ファセットコード少ないということです...私は溶かして、によってvariable作成された値でプロットしてファセットする必要がありましたmelt()。次に、これらをlapplyさまざまな組み合わせをプロットするために作成されたリストに格納できると思います。入力いただきありがとうございます。gridソリューションを作成したい場合は、その答えを受け入れることができますが、それが私たちが取るルートである場合、これは他のgridベースのソリューションの複製になる可能性もあります。
Hendy

1
@joranと私は日常的にレイアウトをめちゃくちゃにするほとんど使用しないように人々に忠告grid.arrangeしています。gtableの長年のバグが修正されたことを願っています。
バティスト

回答:


115

ここにダミーgeom_blankレイヤーのあるコードがあります、

range_act <- range(range(results$act), range(results$pred))

d <- reshape2::melt(results, id.vars = "pred")

dummy <- data.frame(pred = range_act, value = range_act,
                    variable = "act", stringsAsFactors=FALSE)

ggplot(d, aes(x = pred, y = value)) +
  facet_wrap(~variable, scales = "free") +
  geom_point(size = 2.5) + 
  geom_blank(data=dummy) + 
  theme_bw()

ここに画像の説明を入力してください


11
これの良いバリエーションはですexpand_limits(pred=range_act, value=range_act)。これはを使用しますgeom_blankが、使用はより簡単です。
エレゴン2017年

6
これは制限を拡張するだけです(ただし、制限はしません)範囲を短くする方法はありますか?@baptiste
インドラニルガイエン

32

私はあなたが何を望んでいるのか理解していませんが、私が理解したことに基づいています

xスケールは同じように見えますが、同じではないのはyスケールです。これは、scales = "free"を指定したためです

scales = "free_x"を指定して、xのみを解放できるようにすることができます(この場合、定義によりpredが同じ範囲を持つのと同じです)。

p <- ggplot(plot, aes(x = pred, y = value)) + geom_point(size = 2.5) + theme_bw()
p <- p + facet_wrap(~variable, scales = "free_x")

私のために働いた、絵を見て

ここに画像の説明を入力してください

私はあなたが難しすぎたと思います-最小と最大の数式に基づいて制限を定義したことを覚えているようです。


7

また、coord_cartesianコマンドで範囲を指定して、前の投稿のように、必要なy軸の範囲を設定することもできます。

p <- ggplot(plot, aes(x = pred, y = value)) +
     geom_point(size = 2.5) +
     theme_bw()+
     coord_cartesian(ylim = c(-20, 80))
p <- p + facet_wrap(~variable, scales = "free_x")
p

ここに画像の説明を入力してください

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