CSVファイルのヘッダーを含むCSVファイルからPostgreSQLテーブルにコピーする方法

CSVファイルをPostgresテーブルにコピーしたい。このテーブルには約100の列があるので、必要がない場合は書き直したくありません。

\copy table from 'table.csv' delimiter ',' csv;コマンドを使用していますが、テーブルを作成せずに取得していERROR: relation "table" does not existます。空白のテーブルを追加してもエラーは発生しませんが、何も起こりません。このコマンドを2、3回試しましたが、出力やメッセージはありませんでしたが、PGAdminで確認したときにテーブルが更新されませんでした。

私がやろうとしているように、ヘッダーが含まれたテーブルをインポートする方法はありますか？

これはうまくいきました。最初の行には列名が含まれていました。

COPY wheat FROM 'wheat_crop_data.csv' DELIMITER ';' CSV HEADER

Pythonライブラリをpandas使用すると、列名を簡単に作成し、csvファイルからデータ型を推測できます。

from sqlalchemy import create_engine
import pandas as pd

engine = create_engine('postgresql://user:pass@localhost/db_name')
df = pd.read_csv('/path/to/csv_file')
df.to_sql('pandas_db', engine)

if_existsパラメータは、例えばを交換するか、既存のテーブルに追加するように設定することができますdf.to_sql('pandas_db', engine, if_exists='replace')。これは、追加の入力ファイルタイプでも機能します。ドキュメントはこちらとこちらです。

許可のない端末による代替

NOTESのpgドキュメントは 言う

パスは、クライアントの作業ディレクトリではなく、サーバープロセスの作業ディレクトリ（通常はクラスターのデータディレクトリ）に関連して解釈されます。

したがって、psqlローカルサーバーでさえ、または任意のクライアントを使用すると、問題が発生します。Github READMEでは、読者は問題を抱えています...

クライアントの権限で相対パスを表現する唯一の方法は、STDINを使用することです。

STDINまたはSTDOUTが指定されている場合、データはクライアントとサーバー間の接続を介して送信されます。

以下のように、ここで思い出しました：

psql -h remotehost -d remote_mydb -U myuser -c \
   "copy mytable (column1, column2) from STDIN with delimiter as ','" \
   < ./relative_path/file.csv

私はこの機能をしばらく問題なく使用しています。csvファイルにある列の数を指定するだけで、最初の行からヘッダー名が取得され、テーブルが作成されます。

create or replace function data.load_csv_file
    (
        target_table  text, -- name of the table that will be created
        csv_file_path text,
        col_count     integer
    )

    returns void

as $$

declare
    iter      integer; -- dummy integer to iterate columns with
    col       text; -- to keep column names in each iteration
    col_first text; -- first column name, e.g., top left corner on a csv file or spreadsheet

begin
    set schema 'data';

    create table temp_table ();

    -- add just enough number of columns
    for iter in 1..col_count
    loop
        execute format ('alter table temp_table add column col_%s text;', iter);
    end loop;

    -- copy the data from csv file
    execute format ('copy temp_table from %L with delimiter '','' quote ''"'' csv ', csv_file_path);

    iter := 1;
    col_first := (select col_1
                  from temp_table
                  limit 1);

    -- update the column names based on the first row which has the column names
    for col in execute format ('select unnest(string_to_array(trim(temp_table::text, ''()''), '','')) from temp_table where col_1 = %L', col_first)
    loop
        execute format ('alter table temp_table rename column col_%s to %s', iter, col);
        iter := iter + 1;
    end loop;

    -- delete the columns row // using quote_ident or %I does not work here!?
    execute format ('delete from temp_table where %s = %L', col_first, col_first);

    -- change the temp table name to the name given as parameter, if not blank
    if length (target_table) > 0 then
        execute format ('alter table temp_table rename to %I', target_table);
    end if;
end;

$$ language plpgsql;

テーブルを作成するd6tstackを使用できます。これは、ネイティブDBインポートコマンドを使用するため、pd.to_sql（）より高速です。Postgres、MYSQL、MS SQLをサポートしています。

import pandas as pd
df = pd.read_csv('table.csv')
uri_psql = 'postgresql+psycopg2://usr:pwd@localhost/db'
d6tstack.utils.pd_to_psql(df, uri_psql, 'table')

また、複数のCSVのインポート、データスキーマの変更の解決、データベースへの書き込み前のパンダによる前処理（例：日付の場合）にも役立ちます。サンプルノートでさらに下を参照してください。

d6tstack.combine_csv.CombinerCSV(glob.glob('*.csv'), 
    apply_after_read=apply_fun).to_psql_combine(uri_psql, 'table')