XMLをRデータフレームに解析する方法


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XMLからRへのデータフレームを解析しようとしましたが、このリンクは非常に役に立ちました。

xmlファイルからRデータフレームを作成する方法

しかし、それでも私は自分の問題を理解することができませんでした:

これが私のコードです:

data <- xmlParse("http://forecast.weather.gov/MapClick.php?lat=29.803&lon=-82.411&FcstType=digitalDWML")
xmlToDataFrame(nodes=getNodeSet(data1,"//data"))[c("location","time-layout")]
step1 <- xmlToDataFrame(nodes=getNodeSet(data1,"//location/point"))[c("latitude","longitude")]
step2 <- xmlToDataFrame(nodes=getNodeSet(data1,"//time-layout/start-valid-time"))
step3 <- xmlToDataFrame(nodes=getNodeSet(data1,"//parameters/temperature"))[c("type="hourly"")]

必要なデータフレームは次のとおりです。

latitude  longitude   start-valid-time   hourly_temperature
29.803     -82.411  2013-06-19T15:00:00-04:00    91
29.803     -82.411  2013-06-19T16:00:00-04:00    90

私はで立ち往生していますxmlToDataFrame()、どんな助けも感謝します、ありがとう。

回答:


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XML形式のデータは、xmlToDataFrame関数が機能するような方法で編成されることはほとんどありません。リスト内のすべてを抽出し、リストをデータフレームにバインドする方がよいでしょう。

require(XML)
data <- xmlParse("http://forecast.weather.gov/MapClick.php?lat=29.803&lon=-82.411&FcstType=digitalDWML")

xml_data <- xmlToList(data)

サンプルデータの場合、場所と開始時間の取得はかなり簡単です。

location <- as.list(xml_data[["data"]][["location"]][["point"]])

start_time <- unlist(xml_data[["data"]][["time-layout"]][
    names(xml_data[["data"]][["time-layout"]]) == "start-valid-time"])

温度データはもう少し複雑です。まず、温度リストを含むノードにアクセスする必要があります。次に、両方のリストを抽出し、それぞれを調べて、値の1つとして「毎時」を含むリストを選択します。次に、そのリストのみを選択する必要がありますが、「値」ラベルが付いた値のみを保持します。

temps <- xml_data[["data"]][["parameters"]]
temps <- temps[names(temps) == "temperature"]
temps <- temps[sapply(temps, function(x) any(unlist(x) == "hourly"))]
temps <- unlist(temps[[1]][sapply(temps, names) == "value"])

out <- data.frame(
  as.list(location),
  "start_valid_time" = start_time,
  "hourly_temperature" = temps)

head(out)
  latitude longitude          start_valid_time hourly_temperature
1    29.81    -82.42 2013-06-19T16:00:00-04:00                 91
2    29.81    -82.42 2013-06-19T17:00:00-04:00                 90
3    29.81    -82.42 2013-06-19T18:00:00-04:00                 89
4    29.81    -82.42 2013-06-19T19:00:00-04:00                 85
5    29.81    -82.42 2013-06-19T20:00:00-04:00                 83
6    29.81    -82.42 2013-06-19T21:00:00-04:00                 80

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パフォーマンスと明確さの両方のために、xpathをより直接的に使用します。

time_path <- "//start-valid-time"
temp_path <- "//temperature[@type='hourly']/value"

df <- data.frame(
    latitude=data[["number(//point/@latitude)"]],
    longitude=data[["number(//point/@longitude)"]],
    start_valid_time=sapply(data[time_path], xmlValue),
    hourly_temperature=as.integer(sapply(data[temp_path], as, "integer"))

につながる

> head(df, 2)
  latitude longitude          start_valid_time hourly_temperature
1    29.81    -82.42 2014-02-14T18:00:00-05:00                 60
2    29.81    -82.42 2014-02-14T19:00:00-05:00                 55

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これは本当に受け入れられるべき答えです。より簡潔で、xpathはリストを反復するよりもはるかに優れたパフォーマンスを発揮します。
SchaunW 2014

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xml2を使用した部分的なソリューションを次に示します。ソリューションを小さな部分に分割すると、通常、すべてが揃っていることを確認しやすくなります。

library(xml2)
data <- read_xml("http://forecast.weather.gov/MapClick.php?lat=29.803&lon=-82.411&FcstType=digitalDWML")

# Point locations
point <- data %>% xml_find_all("//point")
point %>% xml_attr("latitude") %>% as.numeric()
point %>% xml_attr("longitude") %>% as.numeric()

# Start time
data %>% 
  xml_find_all("//start-valid-time") %>% 
  xml_text()

# Temperature
data %>% 
  xml_find_all("//temperature[@type='hourly']/value") %>% 
  xml_text() %>% 
  as.integer()

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役立つ答え。他の誰かがそれに遭遇した場合、xml2の使用に関するHadleyのチュートリアルへのリンクは次のとおり
Richard Erickson

9

以下のコードを試すことができます:

# Load the packages required to read XML files.
library("XML")
library("methods")

# Convert the input xml file to a data frame.
xmldataframe <- xmlToDataFrame("input.xml")
print(xmldataframe)
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