KnitRを使用してプログラムでRにMarkdownテーブルを作成する

KnitRと、Rドキュメントとレポートを生成する際のMarkdownの使用について学び始めたところです。これは、私が自分の仕事に関係している多くの日々の報告に最適であるように見えます。ただし、私が気付いていないことの1つは、Markdown形式を使用してデータフレームとテーブルを印刷する簡単な方法です（のようなものxtableですが、LaTeXまたはHTMLの代わりにMarkdownを使用）。xtableからのHTML出力を埋め込むことができることは知っていますが、Markdownベースのソリューションがあるかどうか疑問に思っていましたか？

現在knitr（バージョン1.3以降）パッケージには、kable作成テーブルの関数が含まれています。

> library(knitr)
> kable(head(iris[,1:3]), format = "markdown")
|  Sepal.Length|  Sepal.Width|  Petal.Length|
|-------------:|------------:|-------------:|
|           5,1|          3,5|           1,4|
|           4,9|          3,0|           1,4|
|           4,7|          3,2|           1,3|
|           4,6|          3,1|           1,5|
|           5,0|          3,6|           1,4|
|           5,4|          3,9|           1,7|

更新：ドキュメントで生のマークダウンを取得する場合は、results = "asis"チャンクオプションをセットアップしてみてください。

これを行う2つのパッケージはパンダーです

library(devtools)
install_github('pander', 'Rapporter')

またはアスキー

pander レポートの作成方法は少し異なります（ただし、この機能には役立ちます）。

asciiあなたをできるようになりますprintとtype = 'pandoc（または他のさまざまな値下げのフレーバー）

library(ascii)
print(ascii(head(iris[,1:3])), type = 'pandoc')



    **Sepal.Length**   **Sepal.Width**   **Petal.Length**  
--- ------------------ ----------------- ------------------
1   5.10               3.50              1.40              
2   4.90               3.00              1.40              
3   4.70               3.20              1.30              
4   4.60               3.10              1.50              
5   5.00               3.60              1.40              
6   5.40               3.90              1.70              
--- ------------------ ----------------- ------------------

これらのどちらの場合でも、を使用pandocしてマークダウンから目的のドキュメントタイプに変換することを目的としていますが、を使用style='rmarkdown'すると、このmarkdownパッケージと互換性のあるテーブルが作成され、に組み込みの変換が行われrstudioます。

これを私が決心したことで更新したかっただけです。hwriter現在、パッケージを使用してテーブルを印刷し、row.*およびcol.*機能を使用してCSSクラスをさまざまな要素に配置しています。次に、カスタムCSSを作成して、思い通りの表示を作成しました。したがって、他の誰かが同様のことを扱っている場合の例を次に示します。

最初に、を実行しknittingてMarkdownをHTMLに変更するファイルを作成します。

FILE: file_knit.r
#!/usr/bin/env Rscript

library(knitr)
library(markdown)

knit("file.Rmd")
markdownToHTML("file.md","file.html",stylesheet="~/custom.css")

次に、実際のMarkdownファイルを作成します。

FILE: file.Rmd
Report of Fruit vs. Animal Choices
==================================

This is a report of fruit vs. animal choices.

```{r echo=FALSE,results='asis'}
library(hwriter)
set.seed(9850104)
my.df <- data.frame(Var1=sample(x=c("Apple","Orange","Banana"),size=40,replace=TRUE),
                    Var2=sample(x=c("Dog","Cat","Bunny"),size=40,replace=TRUE))

tbl1 <- table(my.df$Var1,my.df$Var2)

tbl1 <- cbind(tbl1,rowSums(tbl1))
tbl1 <- rbind(tbl1,colSums(tbl1))

colnames(tbl1)[4] <- "TOTAL"
rownames(tbl1)[4] <- "TOTAL"

# Because I used results='asis' for this chunk, I can just use cat() and hwrite() to 
# write out the table in HTML. Using hwrite()'s row.* function, I can assign classes
# to the various table elements.
cat(hwrite(tbl1,
           border=NA,
           table.class="t1",
           row.class=list(c("header col_first","header col","header col","header col", "header col_last"),
                          c("col_first","col","col","col","col_last"),
                          c("col_first","col","col","col","col_last"),
                          c("col_first","col","col","col","col_last"),
                          c("footer col_first","footer col","footer col","footer col","footer col_last"))))
```

最後に、カスタムCSSファイルを作成します。

FILE: custom.css
body {
  font-family: sans-serif;
  background-color: white;
  font-size: 12px;
  margin: 20px;
}

h1 {font-size:1.5em;}

table {
  border: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
  border-collapse: collapse;
  margin-bottom: 20px;
  text-align: center;
  padding: 0px;
}

.t1 .header {
  color: white;
  background-color: black;
  border-bottom: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
  font-weight: bold;
}

.t1 .footer {
  border-top: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
}

.t1 .col_first {
  border-right: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
  text-align: left;
  font-weight: bold;
  width: 75px;
}

.t1 .col {
  width: 50px;
}

.t1 .col_last {
  width: 50px;
  border-left: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
}

実行すると./file_knit.r、次のようなfile.htmlが表示されます。

したがって、うまくいけば、これはMarkdown出力でもう少しフォーマットを必要とする他の人に役立つかもしれません！

panderパッケージには関数があります：

> library(pander)
> pandoc.table(head(iris)[, 1:3])

-------------------------------------------
 Sepal.Length   Sepal.Width   Petal.Length 
-------------- ------------- --------------
     5.1            3.5           1.4      

     4.9             3            1.4      

     4.7            3.2           1.3      

     4.6            3.1           1.5      

      5             3.6           1.4      

     5.4            3.9           1.7      
-------------------------------------------

独自にカスタマイズした関数を作成することはそれほど難しくありません。以下は、のrmarkdownテーブルを生成するための非常に単純な概念実証ですdata.frame。

   rmarkdownTable <- function(df){
      cat(paste(names(df), collapse = "|"))
      cat("\n")
      cat(paste(rep("-", ncol(df)), collapse = "|"))
      cat("\n")

      for(i in 1:nrow(df)){
        cat(paste(df[i,], collapse = "|"))
        cat("\n")
        }
    invisible(NULL)
    }

.Rmdドキュメントでは、次の関数を使用しますresults = 'asis'。

```{r, results = 'asis'}
rmarkdownTable <- function(df){
  cat(paste(names(df), collapse = "|"))
  cat("\n")
  cat(paste(rep("-", ncol(df)), collapse = "|"))
  cat("\n")

  for(i in 1:nrow(df)){
    cat(paste(df[i,], collapse = "|"))
    cat("\n")
    }
invisible(NULL)
}

rmarkdownTable(head(iris))
```

上記のコードにより、次の図が得られます（この例ではpdf出力ですが、テーブルがmarkdwonにあるため、htmlやwordにも組み込めます）。

ここから-および他の人のコードを読んで-必要なテーブルを生成するためにテキストを操作する方法を理解し、よりパーソナライズされた関数を作成できます。

マークダウンドキュメントでknitr :: kableとxtableの組み合わせを使用します。

library("knitr","xtable")

単純なdata.frameの場合-

kable(head(mtcars[,1:4]),format="markdown")
kable(head(mtcars[,1:4]),format="pandoc",caption="Title of the table")

format="pandoc" キャプションのようなより多くのオプションを許可します。

さて、モデルまとめの組み合わせ。

data(tli)
fm1 <- aov(tlimth ~ sex + ethnicty + grade + disadvg, data=tli)
kable(xtable(fm1), caption = "Annova table")

さらに多くのオプションについてはのstargazer代わりにパッケージを見てくださいxtable。

個人使用の例

書き込みに/ Rにマークダウンテーブルを作成し、あなたも使用することができますMarkdownReports' MarkDown_Table_writer_DF_RowColNames()やMarkDown_Table_writer_NamedVector()機能を。ディメンション名を含むデータフレーム/マトリックス、または名前を含むベクトルを渡すだけで、テーブルを解析してMarkdown形式で書き出します。

Gitlabの私の機能：

to_markdown<-function(df) {
    wrap<-function(x,sep=" ") paste0("|", sep, paste(x, collapse=paste0(sep,"|",sep)), sep, "|", sep=sep)
    paste0(wrap(colnames(df)),
    "\n",
    wrap(rep("------", ncol(df)),sep=""),
    "\n",
    paste(apply(df, 1, wrap), collapse="\n"))
}

cat(to_markdown(head(iris[,1:3])))

| Sepal.Length | Sepal.Width | Petal.Length | 
|------|------|------|
| 5.1 | 3.5 | 1.4 | 
| 4.9 | 3 | 1.4 | 
| 4.7 | 3.2 | 1.3 | 
| 4.6 | 3.1 | 1.5 | 
| 5 | 3.6 | 1.4 | 
| 5.4 | 3.9 | 1.7 |