rgdalパッケージのインストール

ここでの問題は、Rを介してマップをプロットする方法ではなく、ここでかなり良い例を見つけたのではなく、それを機能させる方法です。実際、私はライブラリをロードできませんrgdal：

library(rgdal)
Error in library(rgdal) : there is no package called ‘rgdal’

しかし、上記のパッケージを手動でインストールしようとすると、次のエラーが発生します。

....
configure: error: proj_api.h not found in standard or given locations.
ERROR: configuration failed for package ‘rgdal’
* removing ‘/home/eualin/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/rgdal’
Warning in install.packages : installation of package ‘/home/eualin/Downloads/rgdal_0.8-5.tar.gz’ had non-zero exit status

任意の入力を歓迎します！

CRANのパッケージページを見ると、次のように表示されます。

SystemRequirements：GDAL> = 1.7.1ライブラリから：ソースからビルドするためhttp://trac.osgeo.org/gdal/wiki/DownloadSourceからとPROJ.4（PROJ> = 4.4.9）のhttp：//trac.osgeo .org / proj / ; William Kyngesburyeがhttp://www.kyngchaos.com/で構築したGDAL OSXフレームワークは、OSXへのソースインストールに使用できます。

Linuxを使用しているように見えるため、パッケージは常にソースからビルドするため、対応するライブラリをシステムにインストールする必要があります。Mint、Ubuntu、または他のDebian派生物を使用している場合は、次のことができます。

$ sudo apt-get install libgdal1-dev libproj-dev

まだDebianベースのシステムで有用なヒントの1つは、apt-fileパッケージをインストールして実行することです。

$ sudo apt-file update

次に、次のようなエラーが発生した場合：

configure: error: proj_api.h not found in standard or given locations.

次のコマンドを使用して、不足しているファイルを取得するためにインストールする必要のあるパッケージを見つけます。

$ apt-file search proj_api.h
libproj-dev: /usr/include/proj_api.h

HomebrewパッケージマネージャーでOS Xを使用していて、homebrew-science tapを介してRをインストールしている場合、最初にgdalをインストールすることでrgdalをインストールできます。

brew install gdal

postgresqlのサポートなどの豪華な機能が必要な場合に備えて、このオプションを実行する前に、まず利用可能なオプションをリストすることをお勧めします。利用可能なオプションを表示するには

brew options gdal

次に、空想するには、次のように入力します

brew install --with-postgresql gdal

しばらくすると、必要なproj_api.hを含むprojが依存関係になるので、依存関係を使用することをお勧めします。残念ながら、rgdalは/ usr / local / includeを検索していないため、現時点ではまだpro_api.hを見つけることができません。rgdalのインストールでこれと他の考えられる問題を修正するには、次のRコマンドを使用してrgdalをインストールします。

  > install.packages('rgdal', type = "source", configure.args=c('--with-proj-include=/usr/local/include','--with-proj-lib=/usr/local/lib'))

これは、醸造手順を除いてMacPortsに必要なものと同様で、ライブラリ/ヘッダーはそれぞれ「/ opt / local / lib」と「/ opt / local / include」の下にある可能性が高いです。

注：「--with-armadillo」をgdalのオプションとして使用し、armadilloを6から7にアップグレードした場合、アップグレードプログラムを作成します。rgdalをアップグレード/再インストールする前に、gdalを再コンパイルする必要があります。

R-3.2.0を使用するFedora 21システムでは、以下が機能しました：

yum install gdal.x86_64 gdal-devel.x86_64 gdal-libs.x86_64
yum install proj.x86_64 proj-devel.x86_64
yum install proj-epsg.x86_64 proj-nad.x86_64

明らかにこれは、以下を取得しようと繰り返し試みた結果です。

install.packages("rgdal")

仕事に。おそらく、1回のインストールですべてを実行できます。

ubuntustudio 14.04（すべてのdebianディストリビューションで同じ）：

sudo apt-get install libproj-dev libgdal-dev

次に、rgdalパッケージをインストールします

R info:
R version 3.0.2 (2013-09-25) -- "Frisbee Sailing"

Linux info:
Linux francois-K53SV 3.13.0-34-lowlatency #60-Ubuntu SMP PREEMPT Wed Aug 13 16:15:18 UTC 2014 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

ここで私がCentos7で何をしたか：

yum install gdal gdal-devel
yum install proj-devel
yum install proj-nad
yum install proj-epsg

その後、単に

install.packages("rgdal")

うまくいきましたが、はっきりしていませんでした。

OSXでは、http： //www.kyngchaos.com/software/frameworksからprojをダウンロードし、Rで次のコマンドを実行します。

install.packages('rgdal', type = "source", configure.args=c('--with-proj-include=/Library/Frameworks/PROJ.framework/Headers', '--with-proj-lib=/Library/Frameworks/PROJ.framework/unix/lib'))

これは私のために働きました：

install.packages('rgdal',repos="http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin")

ubuntu 16.04およびR 3.5.1の場合、これは非常に高速に動作します。

sudo add-apt-repository -y ppa:ubuntugis/ubuntugis-unstable
sudo apt update
sudo apt install gdal-bin python-gdal python3-gdal libgdal1-dev

その後;

sudo apt-get install libudunits2-dev libgdal-dev libgeos-dev libproj-dev

最後にCRANで;

install.packages("rgdal")

私（Ubuntu 16.04、R 3.4.2）では、上記のソリューションの組み合わせが機能しました：

sudo apt-get install libudunits2-dev libgdal-dev libgeos-dev libproj-dev

その後、単にrgdalCRANからインストールされます。

私のシステムで機能した唯一のことは、ここで説明されているようにソースからPROJ4をコンパイルし、次にrgdalパッケージを次のようにインストールすることでした。

 install.packages("rgdal")

複数のバージョンのprojが（ソースから）インストールされているマルチユーザー環境の人が使用した方法は、次のとおりです。

install.packages('rgdal',configure.args="--with-proj-include=/sw/proj/4.9.2/include --with-proj-lib=/sw/proj/4.9.2/lib")

Mac（OS.Xバージョン10.12.6）ユーザーの場合、これは私にとってはうまくいきました。最初に、コマンドラインに移動して>>を使用してgdalをインストールします。 brew install gdal 次に、Rstuduio（R console）にアクセスして、パッケージをインストールします。install.packages("rgdal")

これを修正するには、あなたがする必要があります install libgdal-dev:

ドル sudo apt install libgdal-dev

上記の答えはどれもうまくいきませんでした（Linux Mint 17.1でR 3.5.1を実行しています）。UbuntuリポジトリのGDALバージョンは1.11.3です。これにより、rGDALのインストールが失敗します。これは私のために働いた解決策です（このウェブサイトから）：

sudo apt-get install libexpat1-dev

GDALをダウンロードしてインストールする

wget http://download.osgeo.org/gdal/2.1.1/gdal-2.1.1.tar.gz
tar xvf gdal-2.1.1.tar.gz
cd gdal-2.1.1
./configure
sudo make
sudo make install

バージョンを確認

gdal-config --version

次に、このエラーが発生しました：

** testing if installed package can be loaded
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) :
unable to load shared object '/usr/local/lib/R/site-library/rgdal/libs/rgdal.so':
libgdal.so.20: cannot open shared object file: No such file or directory
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed

これはバインディングを更新することで修正されました：

sudo ldconfig

その後install.packages("rgdal")、Rで実行すると問題なく動作しました。

rgdalを適切にインストールすることができません。ここに記載されているすべての提案とすべての提案を試しましたが 、パッケージのインストール後もパッケージが見つかりません

library(rgdal)
rgdal: version: 1.4-3, (SVN revision 828)
Geospatial Data Abstraction Library extensions to R successfully loaded
Loaded GDAL runtime: GDAL 2.2.3, released 2017/11/20
Path to GDAL shared files: C:/Users/xxx/Documents/R/win-library/3.4/rgdal/gdal
GDAL binary built with GEOS: TRUE 
Loaded PROJ.4 runtime: Rel. 4.9.3, 15 August 2016, [PJ_VERSION: 493]
Path to PROJ.4 shared files: C:/Users/xxx/Documents/R/win-library/3.4/rgdal/proj
Linking to sp version: 1.3-1 
Warning message:
package ‘rgdal’ was built under R version 3.4.4

Rを3.6.1にアップグレードしました

再試行：

batch_gdal_translate(x, desc, outsuffix = "4.img", of = "HFA", co="TILED=YES")
NULL
Warning messages:
1: In gdal_setInstallation() :
No GDAL installation found. Please install 'gdal' before continuing:
    - www.gdal.org (no HDF4 support!)
    - www.trac.osgeo.org/osgeo4w/ (with HDF4 support RECOMMENDED)
    - www.fwtools.maptools.org (with HDF4 support)

2: In gdal_setInstallation() : If you think GDAL is installed, please run:
gdal_setInstallation(ignore.full_scan=FALSE)

RstudioとコマンドラインR 3.6.1 GUIからこれを実行しようとしました。

私がこれを試みたときはいつも、インストールされているライブラリーに対して肯定的な結果が得られました。

library(raster)
Loading required package: sp
library(rgdal)
rgdal: version: 1.4-4, (SVN revision 833)
Geospatial Data Abstraction Library extensions to R successfully loaded
Loaded GDAL runtime: GDAL 2.2.3, released 2017/11/20
Path to GDAL shared files: C:/Users/xxx/Documents/R/R-3.6.1/library/rgdal/gdal
GDAL binary built with GEOS: TRUE 
Loaded PROJ.4 runtime: Rel. 4.9.3, 15 August 2016, [PJ_VERSION: 493]
Path to PROJ.4 shared files: C:/Users/xxx/Documents/R/R-3.6.1/library/rgdal/proj
Linking to sp version: 1.3-1 
library(gdalUtils)
Registered S3 method overwritten by 'R.oo':
method        from       
throw.default R.methodsS3

私が読み込もうとしているファイルはdtedファイルですか？

x <- list.files(path = src, pattern = ".dt", full.names = TRUE)
length(x)

batch_gdal_translate(x, desc, outsuffix = "4.img", of = "HFA", co="TILED=YES")

GTIFF .tif形式でも上記を試しましたが、同じエラーが発生します。しかし、私は.hdfファイルを読み取ろうとせず、.dt0、.dt1、.dt2だけを読み取ります

これは、Rがインストールされている別のマシンで動作しますが、「この」マシンでのインストールの何が問題なのかを理解しようとしています。

CFLAGSに明示的にインクルードパスを追加するとうまくいきました

install.packages('rgdal', type = "source", configure.args=c('CFLAGS=-I/apps/proj4/5.2.0/include'))

これを使用している場合MacPortsは動作するはずです：

1. インストールgdal（proj6依存関係としてインストールされます）

   sudo port install gdal

2. インストール pkg-config

   sudo port install pkgconfig

3. ファイルのPKG_CONIFG_PATHあるディレクトリを指すように変数を設定しproj.pcます。私の場合、これは：

   export PKG_CONFIG_PATH=/opt/local/lib/proj6/lib/pkgconfig