Cython：「致命的なエラー：numpy / arrayobject.h：そのようなファイルまたはディレクトリはありません」

Cythonを使用して、ここで答えを高速化しようとしています。（ここでcygwinccompiler.py説明したハックを実行した後）コードをコンパイルしようとすると、エラーが発生します。それが私のコードの問題なのか、それともCythonの難解な微妙な問題なのか、誰か教えてもらえますか？fatal error: numpy/arrayobject.h: No such file or directory...compilation terminated

以下は私のコードです。

import numpy as np
import scipy as sp
cimport numpy as np
cimport cython

cdef inline np.ndarray[np.int, ndim=1] fbincount(np.ndarray[np.int_t, ndim=1] x):
    cdef int m = np.amax(x)+1
    cdef int n = x.size
    cdef unsigned int i
    cdef np.ndarray[np.int_t, ndim=1] c = np.zeros(m, dtype=np.int)

    for i in xrange(n):
        c[<unsigned int>x[i]] += 1

    return c

cdef packed struct Point:
    np.float64_t f0, f1

@cython.boundscheck(False)
def sparsemaker(np.ndarray[np.float_t, ndim=2] X not None,
                np.ndarray[np.float_t, ndim=2] Y not None,
                np.ndarray[np.float_t, ndim=2] Z not None):

    cdef np.ndarray[np.float64_t, ndim=1] counts, factor
    cdef np.ndarray[np.int_t, ndim=1] row, col, repeats
    cdef np.ndarray[Point] indices

    cdef int x_, y_

    _, row = np.unique(X, return_inverse=True); x_ = _.size
    _, col = np.unique(Y, return_inverse=True); y_ = _.size
    indices = np.rec.fromarrays([row,col])
    _, repeats = np.unique(indices, return_inverse=True)
    counts = 1. / fbincount(repeats)
    Z.flat *= counts.take(repeats)

    return sp.sparse.csr_matrix((Z.flat,(row,col)), shape=(x_, y_)).toarray()

あなたの中setup.pyで、Extensionは引数を持つべきinclude_dirs=[numpy.get_include()]です。

また、np.import_array()コードに欠落しています。

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setup.pyの例：

from distutils.core import setup, Extension
from Cython.Build import cythonize
import numpy

setup(
    ext_modules=[
        Extension("my_module", ["my_module.c"],
                  include_dirs=[numpy.get_include()]),
    ],
)

# Or, if you use cythonize() to make the ext_modules list,
# include_dirs can be passed to setup()

setup(
    ext_modules=cythonize("my_module.pyx"),
    include_dirs=[numpy.get_include()]
)    

あなたのような1ファイルのプロジェクトの場合、別の方法はを使用することpyximportです。setup.pyIPythonを使用すれば、作成する必要はありません...コマンドラインを開く必要すらありません...とても便利です。あなたの場合、IPythonまたは通常のPythonスクリプトでこれらのコマンドを実行してみてください：

import numpy
import pyximport
pyximport.install(setup_args={"script_args":["--compiler=mingw32"],
                              "include_dirs":numpy.get_include()},
                  reload_support=True)

import my_pyx_module

print my_pyx_module.some_function(...)
...

もちろんコンパイラを編集する必要があるかもしれません。これにより、インポートとリロードは、.pyxファイルに対して機能するのと同じようにファイルに対して.py機能します。

ソース：http : //wiki.cython.org/InstallingOnWindows

このエラーは、コンパイル中にnumpyヘッダーファイルが見つからないことを意味します。

やってみてexport CFLAGS=-I/usr/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include/、コンパイルしてみてください。これは、いくつかの異なるパッケージの問題です。同じ問題についてArchLinuxに報告されているバグがあります：https ://bugs.archlinux.org/task/22326

簡単な答え

より簡単な方法は、ファイルへのパスを追加することですdistutils.cfg。Windows 7のパスはデフォルトでですC:\Python27\Lib\distutils\。次の内容を表明するだけでうまくいくはずです。

[build_ext]
include_dirs= C:\Python27\Lib\site-packages\numpy\core\include

設定ファイル全体

設定ファイルがどのように見えるかの例を示すために、私のファイル全体は次のようになっています：

[build]
compiler = mingw32

[build_ext]
include_dirs= C:\Python27\Lib\site-packages\numpy\core\include
compiler = mingw32

ここでcythonize()述べたように関数内でそれを行うことができるはずですが、既知の問題があるため機能しません

セットアップファイルを作成するのが面倒で、インクルードディレクトリのパスがわからない場合は、cyperを試してください。Cythonコードをコンパイルし、include_dirsNumpyに自動的に設定できます。

コードを文字列にロードし、を実行するだけでcymodule = cyper.inline(code_string)、関数をcymodule.sparsemaker瞬時に使用できます。このようなもの

code = open(your_pyx_file).read()
cymodule = cyper.inline(code)

cymodule.sparsemaker(...)
# do what you want with your function

からcyperをインストールできpip install cyperます。