あなたはそれを必要installutil.exeとせず、おそらくそれを再配布する権利すら持っていません。
これが私のアプリケーションでそれをしている方法です:
using System;
using System.Collections.Generic;
using System.Configuration.Install; 
using System.IO;
using System.Linq;
using System.Reflection; 
using System.ServiceProcess;
using System.Text;
static void Main(string[] args)
{
    if (System.Environment.UserInteractive)
    {
        string parameter = string.Concat(args);
        switch (parameter)
        {
            case "--install":
                ManagedInstallerClass.InstallHelper(new string[] { Assembly.GetExecutingAssembly().Location });
                break;
            case "--uninstall":
                ManagedInstallerClass.InstallHelper(new string[] { "/u", Assembly.GetExecutingAssembly().Location });
                break;
        }
    }
    else
    {
        ServiceBase.Run(new WindowsService());
    }
}
基本的ManagedInstallerClassに、私の例に示すように使用することにより、サービスを単独でインストール/アンインストールすることができます。
次に、次のようなInnoSetupスクリプトに追加するだけです。
[Run]
Filename: "{app}\MYSERVICE.EXE"; Parameters: "--install"
[UninstallRun]
Filename: "{app}\MYSERVICE.EXE"; Parameters: "--uninstall"