ここで解決策を見つけました:http ://www.sublimetext.com/forum/viewtopic.php?f=4&t=4958
パッケージを変更できます 
trim_trailing_white_space.py
これは、デフォルトのパッケージディレクトリにあります。
import sublime, sublime_plugin
def trim_trailing_white_space(view):
    trailing_white_space = view.find_all("[\t ]+$")
    trailing_white_space.reverse()
    edit = view.begin_edit()
    for r in trailing_white_space:
        view.erase(edit, r)
    view.end_edit(edit)
class TrimTrailingWhiteSpaceCommand(sublime_plugin.TextCommand):
    def run(self, edit):
        trim_trailing_white_space(self.view)
class TrimTrailingWhiteSpace(sublime_plugin.EventListener):
    def on_pre_save(self, view):
        if view.settings().get("trim_trailing_white_space_on_save") == True:
            trim_trailing_white_space(view)
class EnsureNewlineAtEof(sublime_plugin.EventListener):
    def on_pre_save(self, view):
        if view.settings().get("ensure_newline_at_eof_on_save") == True:
            if view.size() > 0 and view.substr(view.size() - 1) != '\n':
                edit = view.begin_edit()
                view.insert(edit, view.size(), "\n")
                view.end_edit(edit)
これで、コマンドをキーマップ構成に追加できます。
{ "keys": ["your_shortcut"], "command": "trim_trailing_white_space" }
               
              
$ mv .git/hooks/pre-commit.sample .git/hooks/pre-commit私はこのブログから入手しました。