Biopythonのモジュールで作成しているいくつかのゲノムチャートをインタラクティブに分析する方法として、IPythonノートブックを使用したいと思いGenomeDiagramます。matplotlibIPython Notebookでグラフをインラインで取得する方法についての広範なドキュメントがありますが、GenomeDiagramは、IPythonでのインライングラフではサポートされていないと思われるReportLabツールキットを使用しています。
しかし、これを回避する方法は、プロット/ゲノム図をファイルに書き込んでから、次のようなものと同じ結果になる画像をインラインで開くことだと考えていました。
gd_diagram.write("test.png", "PNG")
display(file="test.png")しかし、私はこれを行う方法を理解することができません-またはそれが可能かどうかを知ることはできません。では、IPythonで画像を開いたり表示したりできるかどうかは誰かが知っていますか？
回答:
from IPython.core.display import Image, display<b /> display(Image(filename='test.png'))
jupyter nbconvert mynotebook.ipynb --to slides --post serve）、その後、画像のパスで始まる必要があります/ので、それは、Webルートからの絶対パスは、すなわちであること
ループ内でこの方法で画像を表示する場合は、表示メソッドで画像コンストラクターをラップする必要があります。
from IPython.display import Image, display
listOfImageNames = ['/path/to/images/1.png',
'/path/to/images/2.png']
for imageName in listOfImageNames:
display(Image(filename=imageName))注、今まで投稿されたソリューションはpngとjpgでのみ機能します！
さらにライブラリをインポートせずにさらに簡単にしたい場合、またはアニメーション化された、またはアニメーション化されていないGIFファイルをIpythonノートブックに表示したい場合。表示したい行をマークダウンに変換し、この素敵な短いハックを使用してください！
このページの礼儀、私はこれが上記の提案がうまくいかなかったときにうまくいったことを発見しました：
import PIL.Image
from cStringIO import StringIO
import IPython.display
import numpy as np
def showarray(a, fmt='png'):
a = np.uint8(a)
f = StringIO()
PIL.Image.fromarray(a).save(f, fmt)
IPython.display.display(IPython.display.Image(data=f.getvalue()))標準のnumpy、matplotlib、およびPILを使用するよりクリーンなPython3バージョン。URLから開くための回答をマージしています。
import matplotlib.pyplot as plt
from PIL import Image
import numpy as np
pil_im = Image.open('image.png') #Take jpg + png
## Uncomment to open from URL
#import requests
#r = requests.get('https://www.vegvesen.no/public/webkamera/kamera?id=131206')
#pil_im = Image.open(BytesIO(r.content))
im_array = np.asarray(pil_im)
plt.imshow(im_array)
plt.show()大量の画像を効率的に表示したい場合は、IPyPlotパッケージの使用をお勧めします
import ipyplot
ipyplot.plot_images(images_array, max_images=20, img_width=150)
そのパッケージには、インタラクティブなタブ（ラベル/クラスごとに個別のタブ）に画像を表示できる便利な関数がいくつかあります。これは、すべてのML分類タスクに非常に役立ちます。
GenomeDiagramJupyter（iPython）で使用する場合、画像を表示する最も簡単な方法は、GenomeDiagramをPNG画像に変換することです。これは、IPython.display.Imageオブジェクトを使用してラップして、ノートブックに表示することができます。
from Bio.Graphics import GenomeDiagram
from Bio.SeqFeature import SeqFeature, FeatureLocation
from IPython.display import display, Image
gd_diagram = GenomeDiagram.Diagram("Test diagram")
gd_track_for_features = gd_diagram.new_track(1, name="Annotated Features")
gd_feature_set = gd_track_for_features.new_set()
gd_feature_set.add_feature(SeqFeature(FeatureLocation(25, 75), strand=+1))
gd_diagram.draw(format="linear", orientation="landscape", pagesize='A4',
fragments=1, start=0, end=100)
Image(gd_diagram.write_to_string("PNG"))
from IPython.display import Image。0.13以降で機能するはずです。