リンクした標準の名前リストにリストされているタイプよりもいくつかのタイプがあります。詳細については、暗号プロバイダーのドキュメントをご覧ください。最も一般的なのは確かにJKS（デフォルト）とPKCS12（PKCS＃12ファイルの場合、多くの場合、拡張子が付い.p12たり、場合によっては.pfx）です。
Javaの世界にいる場合、JKSが最も一般的です。PKCS＃12はJava固有ではありません。ブラウザからバックアップされた、またはOpenSSLベースのツールから取得された証明書（プライベートキーを使用）を使用すると特に便利です（keytoolJava 6より前にキーストアを変換してそのプライベートキーをインポートできませんでした）なので、他のツールを使用する必要がありました）。
すでにPKCS＃12ファイルがある場合、PKCS12タイプを直接使用する方が簡単なことがよくあります。フォーマットを変換することは可能ですが、キーストアのタイプを直接選択できる場合はほとんど必要ありません。
Java 7では、PKCS12主にキーストアとして役立ちましたが、プライベートキーなしでは証明書エントリを格納できなかったため、トラストストア（キーストアとトラストストアの違いを参照）にはあまり役立ちませんでした。対照的に、JKS各エントリが秘密鍵エントリである必要はないため、証明書のみを含むエントリを作成できます。これは、信頼できる証明書のリストを保存するトラストストアに役立ちます（ただし、それらの秘密鍵）。
これはJava 8で変更されたため、証明書のみのエントリをPKCS12ストアにも持つことができるようになりました。（これらの変更と詳細な計画の詳細については、JEP 229：Create PKCS12 Keystores by Defaultを参照してください。）
他にもいくつかのキーストアタイプがあり、おそらくあまり使用されません（コンテキストによって異なります）。
PKCS11、PKCS＃11ライブラリの場合、通常はハードウェア暗号トークンにアクセスしますが、Sunプロバイダの実装は、これを介して（Mozillaからの）NSSストアもサポートします。BKS、BouncyCastleプロバイダー（一般的にAndroidで使用されます）を使用します。Windows-MY/ Windows-ROOT、Windows証明書ストアに直接アクセスする場合。KeychainStore、OSXキーチェーンを直接使用する場合。