NetworkXからの階層出力を保証する方法はありますか？

ツリー構造のフロー図を作成しようとしています。networkxで代表的なグラフを作成できましたが、ツリーを表示する方法が必要です、プロットを出力するときに構造です。matplotlib.pylabを使用してグラフをプロットしています。

ここに示されているのと同様の構造でデータを表示する必要があります。サブグラフはありませんが。

どうすればそのような構造を保証できますか？

不信者の例：

pylabとgraphvizでグラフを表示することはできましたが、どちらも私が探しているツリー構造を提供していません。networkxが提供するすべてのレイアウトを試しましたが、いずれも階層を示していません。どのオプション/モードを指定するか、またはウェイトを使用する必要があるかどうかがわかりません。どんな提案でもたくさん助けになるでしょう。

@jterrace：

これは、上記のプロットを作成するために使用したものの大まかな概要です。いくつかのラベルを追加しましたが、それ以外は同じです。

import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt
G = nx.Graph()

G.add_node("ROOT")

for i in xrange(5):
    G.add_node("Child_%i" % i)
    G.add_node("Grandchild_%i" % i)
    G.add_node("Greatgrandchild_%i" % i)

    G.add_edge("ROOT", "Child_%i" % i)
    G.add_edge("Child_%i" % i, "Grandchild_%i" % i)
    G.add_edge("Grandchild_%i" % i, "Greatgrandchild_%i" % i)

plt.title("draw_networkx")
nx.draw_networkx(G)

plt.show()

有向グラフを使用する場合、Graphvizドットレイアウトはツリーで希望するようなことを行います。これは、上記のソリューションに似たコードで、その方法を示しています。

import networkx as nx
from networkx.drawing.nx_agraph import graphviz_layout
import matplotlib.pyplot as plt
G = nx.DiGraph()

G.add_node("ROOT")

for i in range(5):
    G.add_node("Child_%i" % i)
    G.add_node("Grandchild_%i" % i)
    G.add_node("Greatgrandchild_%i" % i)

    G.add_edge("ROOT", "Child_%i" % i)
    G.add_edge("Child_%i" % i, "Grandchild_%i" % i)
    G.add_edge("Grandchild_%i" % i, "Greatgrandchild_%i" % i)

# write dot file to use with graphviz
# run "dot -Tpng test.dot >test.png"
nx.nx_agraph.write_dot(G,'test.dot')

# same layout using matplotlib with no labels
plt.title('draw_networkx')
pos=graphviz_layout(G, prog='dot')
nx.draw(G, pos, with_labels=False, arrows=False)
plt.savefig('nx_test.png')

更新しました

これはnetworkx-2.0用に更新されたバージョンです（そして今後のnetworkx-2.1でも矢印が表示されます）。

import networkx as nx
from networkx.drawing.nx_agraph import write_dot, graphviz_layout
import matplotlib.pyplot as plt
G = nx.DiGraph()

G.add_node("ROOT")

for i in range(5):
    G.add_node("Child_%i" % i)
    G.add_node("Grandchild_%i" % i)
    G.add_node("Greatgrandchild_%i" % i)

    G.add_edge("ROOT", "Child_%i" % i)
    G.add_edge("Child_%i" % i, "Grandchild_%i" % i)
    G.add_edge("Grandchild_%i" % i, "Greatgrandchild_%i" % i)

# write dot file to use with graphviz
# run "dot -Tpng test.dot >test.png"
write_dot(G,'test.dot')

# same layout using matplotlib with no labels
plt.title('draw_networkx')
pos =graphviz_layout(G, prog='dot')
nx.draw(G, pos, with_labels=False, arrows=True)
plt.savefig('nx_test.png')

pygraphvizを使用して近づくことができます：

>>> import pygraphviz
>>> import networkx
>>> import networkx as nx
>>> G = nx.Graph()
>>> G.add_node("ROOT")
>>> for i in xrange(5):
...     G.add_node("Child_%i" % i)
...     G.add_node("Grandchild_%i" % i)
...     G.add_node("Greatgrandchild_%i" % i)
...     G.add_edge("ROOT", "Child_%i" % i)
...     G.add_edge("Child_%i" % i, "Grandchild_%i" % i)
...     G.add_edge("Grandchild_%i" % i, "Greatgrandchild_%i" % i)

>>> A = nx.to_agraph(G)
>>> A.layout('dot', args='-Nfontsize=10 -Nwidth=".2" -Nheight=".2" -Nmargin=0 -Gfontsize=8')
>>> A.draw('test.png')

結果：

上記のリンクからgraphvizオプションをコピーしたことに注意してください。4番目の子が厳密に垂直形式ではなく上に描画される理由がわかりません。たぶん、Graphvizオプションについてもっと知っている人がそれを手伝ってくれるでしょう。

graphvizをインストールしたくない場合は、Pythonのみのソリューションにgrandalfを使用できます。

また、このような視覚化は、レイヤードグラフ描画または杉山式グラフ描画と呼ばれます。非ツリーを含むさまざまな種類のグラフを表示できます。

詳細と実装については、別の質問に対する私の回答を参照してください。