共通コードを個別のRファイルに分解し、そのRファイルを必要な各Rmdファイルにソースします。
たとえば、インフルエンザの発生と銃とバターの分析という2つのレポートを作成する必要があるとします。当然、2つのRmdドキュメントを作成して、それで完了します。
ここで、上司がやって来て、インフルエンザの発生とバターの価格の違いを確認したいとします（9mm弾薬を制御）。
- レポートを分析するためにコードをコピーして新しいレポートに貼り付けることは、コードの再利用などにはお勧めできません。
- 見栄えがいいです。
私の解決策は、プロジェクトを次のファイルに分解することでした。
- Flu.Rmd
- Guns_N_Butter.Rmd
- guns_data_import.R
- butter_data_import.R
各Rmdファイル内には次のようなものがあります。
```{r include=FALSE}
source('flu_data_import.R')
```
ここでの問題は、再現性が失われることです。これに対する私の解決策は、各Rmdファイルに含める共通の子ドキュメントを作成することです。したがって、作成するすべてのRmdファイルの最後に、次を追加します。
```{r autodoc, child='autodoc.Rmd', eval=TRUE}
```
そしてもちろん、autodoc.Rmd：
Source Data & Code
----------------------------
<div id="accordion-start"></div>
```{r sourcedata, echo=FALSE, results='asis', warnings=FALSE}
if(!exists(autodoc.skip.df)) {
autodoc.skip.df <- list()
}
#Generate the following table:
for (i in ls(.GlobalEnv)) {
if(!i %in% autodoc.skip.df) {
itm <- tryCatch(get(i), error=function(e) NA )
if(typeof(itm)=="list") {
if(is.data.frame(itm)) {
cat(sprintf("### %s\n", i))
print(xtable(itm), type="html", include.rownames=FALSE, html.table.attributes=sprintf("class='exportable' id='%s'", i))
}
}
}
}
```
```{r allsource, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE, cache=FALSE}
fns <- unique(c(compact(llply(.data=llply(.data=ls(all.names=TRUE), .fun=function(x) {a<-get(x); c(normalizePath(getSrcDirectory(a)),getSrcFilename(a))}), .fun=function(x) { if(length(x)>0) { x } } )), llply(names(sourced), function(x) c(normalizePath(dirname(x)), basename(x)))))
for (itm in fns) {
cat(sprintf("#### %s\n", itm[2]))
cat("\n```{r eval=FALSE}\n")
cat(paste(tryCatch(readLines(file.path(itm[1], itm[2])), error=function(e) sprintf("Could not read source file named %s", file.path(itm[1], itm[2]))), sep="\n", collapse="\n"))
cat("\n```\n")
}
```
<div id="accordion-stop"></div>
<script type="text/javascript">
```{r jqueryinclude, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE}
cat(readLines(url("http://code.jquery.com/jquery-1.9.1.min.js")), sep="\n")
```
</script>
<script type="text/javascript">
```{r tablesorterinclude, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE}
cat(readLines(url("http://tablesorter.com/__jquery.tablesorter.js")), sep="\n")
```
</script>
<script type="text/javascript">
```{r jqueryuiinclude, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE}
cat(readLines(url("http://code.jquery.com/ui/1.10.2/jquery-ui.min.js")), sep="\n")
```
</script>
<script type="text/javascript">
```{r table2csvinclude, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE}
cat(readLines(file.path(jspath, "table2csv.js")), sep="\n")
```
</script>
<script type="text/javascript">
$(document).ready(function() {
$('tr').has('th').wrap('<thead></thead>');
$('table').each(function() { $('thead', this).prependTo(this); } );
$('table').addClass('tablesorter');$('table').tablesorter();});
//need to put this before the accordion stuff because the panels being hidden makes table2csv return null data
$('table.exportable').each(function() {$(this).after('<a download="' + $(this).attr('id') + '.csv" href="data:application/csv;charset=utf-8,'+encodeURIComponent($(this).table2CSV({delivery:'value'}))+'">Download '+$(this).attr('id')+'</a>')});
$('#accordion-start').nextUntil('#accordion-stop').wrapAll("<div id='accordion'></div>");
$('#accordion > h3').each(function() { $(this).nextUntil('h3').wrapAll("<div>"); });
$( '#accordion' ).accordion({ heightStyle: "content", collapsible: true, active: false });
</script>
注意、これはRmd-> htmlワークフロー用に設計されています。あなたがラテックスまたは他のものと一緒に行くならば、これは醜い混乱になるでしょう。このRmdドキュメントは、グローバル環境ですべてのsource（）されたファイルを検索し、ドキュメントの最後にそれらのソースを含めます。jquery ui、tablesorterが含まれ、アコーディオンスタイルを使用してソースファイルを表示/非表示にするようにドキュメントを設定します。これは進行中の作業ですが、ご自身の用途に自由に適合させてください。
ワンライナーではありません、私は知っています。それが少なくともあなたにいくつかのアイデアを与えることを願っています:)
Rmdファイルに取り込むことができます。しかし、他のmarkdownファイルを編んでいるファイルにソースしたいですか？