問題を解決するための直接的な修正ではありませんが、今月末に拡張されるCE 1.8リリースで解決する必要があります。
http://www.magentocommerce.com/knowledge-base/entry/ce-18-later-release-notesから：
丸め誤差の修正
以下の問題は、Webストアまたはショッピングカートの1セントの丸めエラーに関連しています。
- 階層化された価格でバンドルされた製品の税金を計算します。
- バンドルされた製品のカスタマイズ前の価格の計算。
- 別の順序でカートに追加されたアイテムの総計を計算します。
- 行ベースまたは単価のいずれかを使用して割引後に税金が計算される場合の注文の表示。請求先住所とは異なる配送先住所の注文に割引を適用する。
- ショッピングカートに商品が追加された順序に基づいて総計を計算します。税抜きの価格がWebストアに表示されるように指定し、20％の税率（または割引率）を設定すると、総計が正しく計算されるようになりました。Webストアで使用される通貨単位に関係なく、6.99、9.99、99.99などの総計を使用できるようになりました。
- カートに複数のアイテムを追加しても、課税の計算精度には影響しません。
- カタログと配送料金に税金が含まれている場合、小計（税込）が正しくなりました。税と割引の両方が税後に適用されます。
- カートとカタログページに表示される価格は、カタログの価格に税金が含まれている場合、およびカタログ内のアイテムが税込みと税抜きの両方を表示するように設定されている場合に、一貫して正しくなります。（管理パネルで、「システム」>「構成」>「SALES」>「税」をクリックします。右側のペインで、「計算設定」を展開します。）
- 総合計除外の計算エラー。税は解決されました。このエラーは特定の構成で発生しました。FPTに税金が適用され、FPTが小計に含まれ、顧客は非課税の定額配送を選択します。