回答:
複数選択属性は、属性値IDを含むコンマ区切りリスト(または配列)として設定できます。
そのため、最初に実際の値をMagentoの内部IDに変換する必要があります。
$attrCode = 'color_base';
$sourceModel = Mage::getModel('catalog/product')->getResource()
->getAttribute($attrCode)->getSource();
$valuesText = explode(',', 'red,green,blue');
$valuesIds = array_map(array($sourceModel, 'getOptionId'), $valuesText);
$product->setData($attrCode, $valuesIds);
$product->save();