回答:
リソースセットアップで、いくつかの列を持つテーブルを作成します。
$table->addIndex(
  $installer->getIdxName(
    'your_namespace/your_table',
    array(
      'column1',
      'column2',
      'column3',
    ),
    Varien_Db_Adapter_Interface::INDEX_TYPE_UNIQUE
  ),
  array(
    'column1',
    'column2',
    'column3',
  ),
  array('type' => Varien_Db_Adapter_Interface::INDEX_TYPE_UNIQUE)
)