回答:
これは「エッジケース」のシナリオだと思います。Joomlaユーザーの大部分は、これらのファイルがなくても安全で安全ですが、一部の人々は、誤って構成されたホストでJoomlaを実行し（一部の構成が正しくないホストで再構成できないため）、ディレクトリがある場合にディレクトリの内容を表示します要求した。このファイルはそれを防ぎます。
個人レベルでは、ファイルが必要ない場合は、cmsの不要な膨張であり、それらを削除できます。
CMSレベルでは、比較的小さな膨満で重大なセキュリティ問題を抱える可能性がある問題を解決すると思います。（通常、ファイルは空であるか、htmlの小さな行が含まれています。）
私はPRが受け入れられなかった正確な理由について話すことはできません（私にはその力さえないので、そうする人々とのチャットははるかに少なくなります）。コミュニティへの相対的な利益は、肥大化を上回ると思います。
言われていることですが、ファイルの大部分を「レベルを上げる」ことについて、いくつかのJoomlaイベントで言及された別の方法があります。アイデアは、public_htmlディレクトリにあるすべてのファイルを取得して、ファイルに直接アクセスできないようにすることです。あなただけたいindex.phpファイル、.htaccessファイルを、とimagesし、mediaフォルダのWebアクセスは、（アクセスあなたのCSS、JS、およびイメージを保つために。）
この時点で、基本サーバー構成に依存することが少なくなり、ファイルが不適切にアクセスされないようにすることができます。これには独自の構成の問題があります（「ルート」より上のファイルにアクセスする必要があるため）。
全体として、index.htmlファイルを使用するよりも多くの問題なしに人々を安全に保つためのより確実な計画があるかどうかはわかりません。したがって、一般的にプラットフォームをリリースしている場合は、index.htmlファイルにこだわります。
各フォルダにindex.htmlがあるのは、誤って構成されたホスティング環境に関する情報を開示しないように保護するためです。
これが本当の問題であり、cmsがそれを別の問題と見なすべきかどうか。
私の知る限りでは、そのためのPRはありませんでした。「レビュー準備完了」の機能トラッカー（http://joomlacode.org/gf/project/joomla/tracker/?action=TrackerItemEdit&tracker_item_id=30192）があります。パッチはブランチにのみ存在し、PRではありません。したがって、これがマージされなかった理由である可能性があります。
または、別のPRを参照していますか？