回答:
個人的には、alignツールはほとんど直観的ではありません。私はあなたのシナリオを再現することはできません、そしてあなたが説明する振る舞いについて想像できる唯一のことは、ターゲットレイヤーが多くの透明な詳細を持ち、クリックするのが難しい場合です（小さなフォントのテキストのレイヤーのように） ）。ただし、レイヤーの位置を繰り返しクリックすると、それが修正される可能性があります。そのため、そうではないと思います。
それ以外の場合、あなたが説明しているのはプログラムのバグです。これはhttp://bugzilla.gnome.orgツールで報告する必要があります。GIMP開発者はこのことを知り、今後のリリースで修正できます。
ただし、ツールのユースケースの詳細を説明する場合は、整列ツールとは別に、今すぐ役立つスクリプトを作成することができます。このようなスクリプトでは、キャンバスではなく、レイヤーダイアログでレイヤーを選択する必要がありますが、機能します。
私はこの問題を永遠に抱えていましたが、移動ツールについて話していた人が実際に問題を見つけたにもかかわらず、解決策を見つけました。
整列ツールは、選択したレイヤー /透明度に関係なく、クリックした場所で一番上のレイヤーを選択します。作業対象のレイヤーの上にレイヤーを非表示にするか、上に移動してツールを使用してから、下に移動します。
Gimp 2.8では、整列ツールを使用して、レイヤーグループからレイヤーをクリックしようとすると、クリックされたレイヤーの代わりに画像全体が選択されます。おそらく、レイヤーグループ機能が実装されたとき、この詳細は忘れられていました。
回避策として、レイヤーをレイヤーグループの外側に一時的に移動し、それらを位置合わせし、レイヤーグループ内に戻します。
これは、2.8.22ではまだ修正されていません。最終的に、一番上のレイヤーを揃えて非表示にし、次のレイヤーを下に置くことで、すべてのレイヤーを揃えることができました。たくさんのレイヤーがある場合は非常に退屈なプロセスですが（残念ながら6つしかありませんでした）、少なくとも私はそれを完了しました。
私もこの問題を抱えていました。必要なことは、何も選択されていないことを確認してから、画像上の実際のレイヤー「レイヤーボックスではない」をクリックし、配置を選択することだけです。