回答:
Qgisからの多層PDFの作成に関する短いガイド-2015年3月
https://lists.osgeo.org/pipermail/qgis-user/2015-March/031206.html
以下は、上記のリンクの言い換えバージョンです。
これは2010年のGoogle Summer of Codeプロジェクト(http://www.qgis.org/wiki/Google_Summer_of_Code_2010#SVG.2FPDF_export_improvements)のリストに載っていましたが、誰もそれに取り組んでいないと思います。