Esriが提供する手順に従って、スキーマの変更をレプリカセットに適用する必要があります。彼らのツールを使用するのが一番です(もちろん、サポートされています!)。Esriには、レプリカを破損することなく、セット内の両方のレプリカにスキーマの変更を適用するための非常に優れた、十分に文書化されたワークフローがあります。彼らのワークフローに従ってください、あなたは大丈夫です。
Pythonで変更をスクリプト化することも間違いなくオプションですが、どのような種類のスキーマ変更も両方のレプリカに適切に伝播するために、スクリプトがどれほど普遍的であるかはわかりません。1つの可能性は、発生する可能性のあるスキーマ変更の各タイプ(たとえば、フィールドの追加、フィールドの削除、ドメインの追加、サブタイプの変更)に対応するPythonスクリプトと対応するGPツールを記述することです。
最後に、Esri以外のツールを使用してレプリカセットのスキーマを変更することを検討しているかどうかは、書いた内容からはわかりません。その場合、私はあなたがRDBMSツールを参照しているとしか想像できません。レプリケーションとバージョン管理の専門家でない限り、この道をたどらないことを強くお勧めします。たとえば、RDBMSツールを使用してベーステーブルに変更を加え、対応するA、D、S、Fテーブルには変更を加えないと、データベースとArcSDE全体に重大な悪影響を与える可能性があります。少なくとも、ArcSDEで変更されたオブジェクトクラスが破損します。最悪の場合、ジオデータベースが復旧できない状況になる可能性があります。うまくいけば、あなたはこの道を進むことを考えていませんが、念のためカバーしたいと思います。