回答:
はい
2つのアプリケーションは、すべての設定を異なる場所に保存し、同じライブラリの異なるバージョンを使用する場合、これらのライブラリバージョンを安全に並べてインストールできます。
問題が発生した場合（プラグインの欠落、リグレッションがない場合）に加えて、2.14または2.18の実稼働インストールを行いながら、QGIS 3.x（現在のLTRまたは現在のリリースのいずれか）（2.99の公式リリース）をテストすることをお勧めします、...）。
唯一の落とし穴は、3.0で保存されたQGISプロジェクトが2.18で適切に開かないことが多いことです。一方、2.18で保存されたプロジェクトは、3.0で安全に開くことができます。トラブルを回避するため、3.0でプロジェクトを開くときは、常に2.xプロジェクトのコピーで作業してください。とにかく、マイナーリリースでも、QGISの古いバージョンでプロジェクトを開く場合は、これを行う必要があります。