Rを使用してESRIファイルジオデータベース（* .gdb）からテーブルを読み取る

ESRIファイルジオデータベースからRに直接テーブルを読み取ろうとしています。サンプルのデータファイルは、ここからダウンロードできます。データベースには、ポイントフィーチャクラス（Zone9_2014_01_Broadcast）と2つのリンクテーブル（Zone9_2014_01_VesselおよびZone9_2014_01_Voyage）が含まれています。パッケージreadOGRからRのシェープファイルを読むことができrgeosます：

library(rgeos)
library(downloader)

download("https://coast.noaa.gov/htdata/CMSP/AISDataHandler/2014/01/Zone9_2014_01.zip", dest="Zone9_2014_01.zip", mode="wb")
unzip("Zone9_2014_01.zip", exdir = ".")

#  Not Run (loads large point file)
#  broadcast <- readOGR(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layer = "Zone9_2014_01_Broadcast")

ogrListLayersまたはを使用すると、2つのリンクテーブルも表示されますogrInfo。ただし、ogrInfo警告が表示されます。

警告メッセージ：ogrInfo（ "Zone9_2014_01.gdb"、layer = "Zone9_2014_01_Vessel"）：ogrInfo：すべての機能がNULL

またreadOGR、テーブルで使用しようとすると、エラーが発生します。

vessel <- readOGR(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layer = "Zone9_2014_01_Vessel")

readOGR（dsn = "Zone9_2014_01.gdb"、layer = "Zone9_2014_01_Vessel"）のエラー：機能が見つかりませんさらに：警告メッセージ：ogrInfo（dsn = dsn、layer = layer、encoding = encoding、use_iconv = use_iconv 、: ogrInfo：すべての機能がNULL

したがって、地理的特徴のみがreadOGRによって読み取られるようです。テーブルを直接Rにインポートする方法はありますか、それとも最初に* .dbf（または* .txt）ファイルとしてArcGISからエクスポートする唯一のソリューションですますか？それともこの回答のですか？

さらに、誰かがRから* csv（できれば）または* .dbfファイルのエクスポートを自動化するpythonスクリプトへの呼び出しを提供できる場合、これは許容できる回避策になります。ソリューションは、スケーラブルで自動化されている必要があります。

私は少し遅れて相手にしていますが、これは今で読み取ることができるsf、と

vessel <- sf::st_read(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layer = "Zone9_2014_01_Vessel")

警告（フィーチャジオメトリが存在しない）を返しますが、テーブルを含むdata.frameも返します。ここで開始したスレッドを参照してください：https : //stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-geo/2018-February/026344.html

私は、FDGBサポートを備えた「出荷済み」のGDAL 2.0.2を使用し、サードパーティなしでFGDBドライバーを使用して、そのようなことを調査します。テスト環境はDebian Jessie 64ビットです。

つまり、「レイヤー」にZone9_2014_01_Vesselは純粋な属性データZone9_2014_01_Broadcastが含まれ、レイヤーには位置データが含まれているようです。R内でシステムコールとGDBのシェープファイルコンテナーへの会話を介して回避策を使用できます（答えの最後にある最後のスクリプト）。

調査手順は次のとおりです。

$ mkdir ~/dev.d/gis-se.d/gdb 
$ cd ~/dev.d/gis-se.d/gdb
$ wget https://coast.noaa.gov/htdata/CMSP/AISDataHandler/2014/01/Zone9_2014_01.zip
$ unzip Zone9_2014_01.zip
$ ogrinfo Zone9_2014_01.gdb Zone9_2014_01_Vessel | head -20
Had to open data source read-only.
INFO: Open of `Zone9_2014_01.gdb'
      using driver `OpenFileGDB' successful.

Layer name: Zone9_2014_01_Vessel
Geometry: None <---------------------------- HERE 
Feature Count: 1282
Layer SRS WKT:
(unknown)
FID Column = OID
MMSI: Integer (0.0)
IMO: Integer (0.0)
CallSign: String (255.0)
Name: String (255.0)
VesselType: Integer (0.0)
Length: Integer (0.0)
Width: Integer (0.0)
DimensionComponents: String (255.0)
OGRFeature(Zone9_2014_01_Vessel):1
  MMSI (Integer) = 367603345

ご覧のとおり、フィールドGeometryはに設定されていNoneます。ogr2ogrdbase属性ファイルのみを使用してデータをシェープファイルに変換し、取得することもできます。

$ ogr2ogr -f 'ESRI SHAPEFILE' test Zone9_2014_01.gdb Zone9_2014_01_Vessel
$ ls test

Zone9_2014_01_Vessel.dbf

ジオメトリ（位置）はレイヤーで見つけることができますZone9_2014_01_Broadcast。

$ ogr2ogr -f 'ESRI SHAPEFILE' test Zone9_2014_01.gdb
$ ls test

Zone9_2014_01_Broadcast.dbf  
Zone9_2014_01_Broadcast.shp  
Zone9_2014_01_Broadcast.prj  
Zone9_2014_01_Broadcast.shx  
Zone9_2014_01_Vessel.dbf
Zone9_2014_01_Voyage.dbf

AISメッセージプロトコルに従って位置データを全く含まない船と航海。

ここでは、GDBのシステムコールを使用して会話をシェーピングし、パッケージでforeigndbfを読み取ることを使用したRの完全な回避策を示します。

# Load module to get readOGR
require('rgdal');

# Load module to get read.dbf
require('foreign');

# goto the directory with the GDB stuff
setwd('~/dev.d/gis-se.d/gdb')

# Conversation to a shapefile container 
system("ogr2ogr -f 'ESRI SHAPEFILE' test Zone9_2014_01.gdb") 

# read the vessels
vessel <- read.dbf('test/Zone9_2014_01_Vessel.dbf');

# read hte voyage data
voyage <- read.dbf('test/Zone9_2014_01_Voyage.dbf');

# read the geometries in broad cast
broadcast <- readOGR('test/Zone9_2014_01_Broadcast.shp','Zone9_2014_01_Broadcast')

OGR data source with driver: ESRI Shapefile
Source: "test/Zone9_2014_01_Broadcast.shp", layer: "Zone9_2014_01_Broadcast"
with 1639274 features
It has 10 fields

# is vessel OK?    
head(vessel)

MMSI IMO CallSign Name VesselType Length Width   DimensionC
1 367603345  NA     <NA> <NA>         50     20     6     7,13,3,3
2 563000574  NA     <NA> <NA>         70    276    40 188,88,20,20
3 367449580  NA     <NA> <NA>         31     28    10     9,19,5,5
4 367302503  NA     <NA> <NA>         31     20     8     8,12,4,4
5 304003909  NA     <NA> <NA>         71    222    32 174,48,21,11
6 210080027  NA     <NA> <NA>         71    294    32 222,72,22,10

# is voyage OK?
head(voyage)

VoyageID           Destinatio Cargo Draught        ETA  StartTime    EndTime      MMSI
1       12                 KAKE    50      20       <NA> 2014-01-01       <NA> 367603345
2       23             YOKOHAMA    70     125 2014-01-11 2014-01-01 2014-01-30 563000574
3       38         KETCHIKAN AK    31      40 2014-11-12 2014-01-01       <NA> 367449580
4       52 CLARENCE STRAIT LOGS    31      30 2014-09-12 2014-01-01       <NA> 367302503
5       62               JP TYO    71      90 2014-01-13 2014-01-01 2014-01-31 304003909
6       47           VOSTOCHNYY    71     106 2014-01-13 2014-01-01       <NA> 210080027

readOGRでこれを行うことができるかどうかはわかりませんが、試してください

vessel <- readOGR(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layer = "Zone9_2014_01_Vessel", dropNULLGeometries = FALSE)

それがうまくいかない場合は、ogr2ogr直接試してみてください、それは非幾何学をテーブルにエクスポートできます。（gdalUtilsプロセスを停止したら、Rパッケージを試して実行することもできます。）

RとEsriのArcGISの間には、R ArcGIS Toolsと呼ばれる最近リリースされた統合があります。RとArcGISを統合し、RツールとArcGISリソースに互換的にアクセスできるようにします。この統合により、ジオデータベースフィーチャクラス/テーブルにアクセスできるはずです。

サンプルRツールはこちらから入手でき、ジオプロセシングスクリプトでのRの使用法を示すサンプルツールはこちらです。

このカスタム関数は、基本的に@huckfinnによって概説されたパスに従いますが、@ mdsumner gdalUtilsによって提案されたライブラリを使用します。

read_GDB_Layer <- function(dsn, layerName, overwrite = T) {
   conversionDir <- tempdir()

   gdalUtils::ogr2ogr(src_datasource_name = dsn, 
                      dst_datasource_name = conversionDir, 
                      f = "ESRI Shapefile", layer = layerName, 
                      verbose = T, overwrite = overwrite)

   df <- foreign::read.dbf(file.path(conversionDir, paste0(layerName, ".dbf")))

   return(df)
}

次のように実行します。

vsl <- read_GDB_Layer(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layerName = "Zone9_2014_01_Vessel")
vyg <- read_GDB_Layer(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layerName = "Zone9_2014_01_Voyage")

まだgdalインストールしていない場合は、にアクセスするためにインストールする必要がありますgdalUtils。「gdal」インストールのバイナリと手順については、こちらをご覧ください。