最近傍を使用してギャップを埋めます

最近傍の平均値を使用してNA値を入力します。

r <- raster(matrix(1:16, nrow=8, ncol=8))
r[r==12] <- NA

NA値は、foal関数を使用してna.rm引数をFALSEに設定し、パッドをTRUEに設定して入力できます。

library(raster)
  r <- raster(matrix(1:16, nrow=8, ncol=8))
  r[r==12] <- NA

NAの場合、焦点値を3x3ウィンドウの平均に置き換える関数。ウィンドウサイズが大きくなると、インデックス値[i]も変更する必要があります（たとえば、5x5ウィンドウの場合、インデックスは13になります）。

fill.na <- function(x, i=5) {
  if( is.na(x)[i] ) {
    return( round(mean(x, na.rm=TRUE),0) )
  } else {
    return( round(x[i],0) )
  }
}  

fill.na関数をraster :: focalに渡し、結果を確認します。pad引数は、NA値の仮想行/列を作成して、ラスターのエッジに沿ってベクトルの長さを一定に保ちます。これが、ベクトルの5番目の値が常に3x3ウィンドウの焦点値であると期待できる理由です。したがって、fill.na関数のインデックスi = 5です。

r2 <- focal(r, w = matrix(1,3,3), fun = fill.na, 
            pad = TRUE, na.rm = FALSE )

as.matrix(r)
as.matrix(r2)