回答:
#includeが使用できない場合は、glShaderSourceの引数を使用して、共有するものを指定します。例:
char *sharedcode = "...shared code here...";
char *fs1 = "...fragment shader 1...";
char *fs2 = "...fragment shader 2...";
char *awesomeeffect1[] = {sharedcode, fs1};
char *awesomeeffect2[] = {sharedcode, fs2};
glShaderSource (shader1, 2, awesomeeffect1, NULL);
glShaderSource (shader2, 2, awesomeeffect2, NULL);