Colladaの使用を提案させてください。
DCCツールによって広くサポートされ、十分に標準化されています。それは骨格アニメーションをサポートし、また、シェーダーや物理学を含むほとんどすべてを実行します-これらはあなたには関係ありません。
MDLやMD2形式などの頂点ベースのアニメーションは、多かれ少なかれ過去の遺物です。現在、ほとんどのアニメーションはスケルトンアニメーション(つまり、スムーズにリギングされたキャラクターの場合)であり、コンテンツ作成ツールはそれらに最適化されています。
BlenderにはColladaエクスポーターが動作しますが、いつものように、Blenderからのエクスポートは面倒です。問題が発生した場合は、別のエクスポーターまたはファイル形式を試すか、スクリプトを手動でハックする必要がある場合があります。
Colladaを読み込むには、FColladaやColladaDOMなどのライブラリを使用します(独自に解析しようとしないでください。Colladaは本当に太ったXMLモンスターです...)。また、Collada(および言及した他のすべての形式)を含む〜25のファイル形式を読み込むOpen Asset Import Libraryもあります。特にゲーム開発者を対象としており、リアルタイムレンダリングに適した形式で出力を提供するため、優れた選択肢となります。しかし、正直に言うと、私はその共著者の1人なので、おそらく少し偏見があります。
最後になりましたが、アセットのインポートに使用するファイル形式は、エンジンの能力やエンジンが使用する技術を定義するものではありません-むしろ逆でなければなりません。アニメーションが非常に滑らかであるかどうかは、インポート形式の問題ではありません。それは、メッシュをアニメーション化するために使用する手法と、そもそもメッシュがどれだけ適切にモデル化されるかです。インポート形式は、データをBlenderからゲームに取り込むのに役立つはずです。