回答:
モジュールを無効にする必要はありません。たとえば、他の多くのモジュールがそれに依存していて、それらを無効にするとサイトが壊れる場合など、それはしばしば不可能です。
ただし、ファイルの置換とupdate.phpの実行の間でサイトが完全に壊れる可能性があるため、更新を実行している間は、サイトをメンテナンスモードにすることをお勧めします。
ただし、推奨されるのは、最初に古いファイルを削除してから、新しいディレクトリを追加することです。これは、ファイルが移動または削除された場合に、古いファイルになってしまうためです。
シェルにアクセスできる場合は、drush dl / upを使用してこのタスクを自動的に処理することを強くお勧めします。