メンテナンスモードは、変数 "maintenance_mode"によってトリガーされます。これは、アクティブになると1に設定されます。
これは、システムモジュール(system.admin.inc、2194行)に存在するコードです。
/**
 * Form builder; Configure the site's maintenance status.
 *
 * @ingroup forms
 * @see system_settings_form()
 */
function system_site_maintenance_mode() {
  $form['maintenance_mode'] = array(
    '#type' => 'checkbox',
    '#title' => t('Put site into maintenance mode'),
    '#default_value' => variable_get('maintenance_mode', 0),
    '#description' => t('When enabled, only users with the "Use the site in maintenance mode" <a href="@permissions-url">permission</a> are able to access your site to perform maintenance; all other visitors see the maintenance mode message configured below. Authorized users can log in directly via the <a href="@user-login">user login</a> page.', array('@permissions-url' => url('admin/people/permissions'), '@user-login' => url('user'))),
  );
  $form['maintenance_mode_message'] = array(
    '#type' => 'textarea',
    '#title' => t('Maintenance mode message'),
    '#default_value' => variable_get('maintenance_mode_message', t('@site is currently under maintenance. We should be back shortly. Thank you for your patience.', array('@site' => variable_get('site_name', 'Drupal')))),
    '#description' => t('Message to show visitors when the site is in maintenance mode.')
  );
  return system_settings_form($form);
}
drushを使用して、メンテナンスモードを無効にすることができます。
drush vset maintenance_mode 0;
drush cc all;
variable_set('maintenance_mode', 0)後でキャッシュを使用してクリアすることもできます(を呼び出すcache_clear_all())。