それは本当にあなたが何をしているかに依存します。一般に、ファイルを読み取り用に開くことができる速度は、ネットワーク接続を確立できる速度よりも優れています。したがって、非常に単純な操作の場合、ファイルシステムは明らかに高速です。オーバーヘッドが少ないので、ファイルシステムはおそらく生の読み取りスループットでもRDBMSよりも優れています。実際、考えてみると、データベースは、生のスループットの点で、それが置かれているファイルシステムよりも速くなることはありません。
非常に複雑な操作の場合、ファイルシステムは非常に遅くなる可能性があります。例えば:
この10億行のファイルから10行を読み取り、この他のファイルで一致する行を検索します。あなたがこれをしなければならないなら、私はあなたに同情します。ただし、優れたデータベースサーバーには、これを迅速かつ適切に行うための戦略があり、車輪を再発明する必要はありません。
さらに、あなたは本当に自分が何をしているかを理解する必要があります。どのデータを保存していますか?どのように変換しますか?100kの画像ファイルの場合、ソリューションは100k人のディレクトリの場合とは非常に異なります。(LDAPかもしれませんか、それともSQLデータベースですか?おそらくあなたが何をしているのかに依存します。)ここで重要なのは、あなたがしていることに一致し、いくつかの最も速いと思われるものではなく、用途を追加する余地を与えるツールを選択することです。むしろ抽象的なユースケース。データベースは素晴らしいツールですが、このような質問に対して適切な答えを得ることができません。
最後に、時期尚早の最適化はすべての悪の根源です。ここで有用なツールを選択し、残りを後で理解してください。