地理的に異なる地域にあるDBを接続するためのベストプラクティス

さまざまな国でSQL Serverをセットアップしようとしています。リンクする必要がありますが、直接リンクする必要はありません（リンクサーバーのように）。言い換えれば、それらは疎結合できます。

それらをVPN経由で接続してリンクサーバーとして使用するか、Webサービス経由で疎結合を使用する方が良いでしょうか？

「より良い」とは、安定性を指します。

VPNはWebサービスよりも確実に安全です。安定性に関する限り、VPNが正しくセットアップされ、ネットワークがどちらの場所でもダウンしない限り、VPNは安定しています。