あなたの問題は、基礎となるデータベースで十分にサポートされていないパフォーマンスメトリックをテストしようとしているということです。基礎となるアプローチが非常に異なるため、これにより、システム間でパフォーマンスを比較することが非常に難しくなります。ORDBMSタイプのアプローチとRDBMSタイプのアプローチを比較することはできないと考えているのと同じように、リンゴとリンゴを比較することは不可能だと思います。パフォーマンスの問題はあまりにも異なっており、TPC-Cテスト用にORDBMSを最適化してもポイントが失われるとStonebrakerが正しい場合は、さらに離れているシステムでは不可能になります。(ただし、彼はORDBMS機能が機能する場所にのみいると思います。)
正直に言う必要があるのは、各システムをどのように使用するかを検討し、各システムで使用するアプローチに基づいてベンチマークツールを構築することだと思います。その後、少なくともそのワークフローでは、ベンチマークが特定の何かを示していると言うことができます。しかし、どのように一般化できるかわかりません。プロファイラーでさらに実行して、さまざまなエンジンでのテスト実行に時間を費やしている場所に関する追加情報を取得できます。
ただし、最高の状況でdbベンチマークを意味のあるものにすることは非常に困難であり、異なるシステムを比較する場合、一般化することは不可能になります。