100万の頂点を持つグラフを視覚化する

1000000の頂点を持つグラフを視覚化（頂点とエッジを描画）するために使用する最適なツールは何ですか？グラフには約50000のエッジがあります。そして、個々の頂点とエッジの位置を計算できます。

svgを生成するプログラムを書くことを考えています。他の提案はありますか？

Gephiソフトウェア（https://gephi.github.io）もお勧めします。これは非常に強力なようです。使用上のいくつかの追加情報Gephiで、大規模なネットワークを見つけることができるここでは、より一般的に、そしてここに。Cytoscape（http://www.cytoscape.org）は、に代わるものでGephi、複雑なネットワーク分析と視覚化のためのもう1つの人気のあるプラットフォームです。

R、Python、またはC / C ++でプログラム（視覚化を含む）でネットワークを操作したい場合igraphは、ライブラリのコレクションを確認できます。上：Rといえば、次のブログ記事面白いかもしれCytoscapeとRを使用して（http://www.vesnam.com/Rblog/viznets1）と上GephiでRを使用して（http://www.vesnam.com/ Rblog / viznets2）。

以下のために大規模なリストのネットワーク解析と可視化ソフトウェア、いくつかの比較やレビューを含め、あなたは以下のページをチェックすることがあります：1）をhttp://wiki.cytoscape.org/Network_analysis_links。2）http://www.kdnuggets.com/software/social-network-analysis.html ; 3）http://www.activatenetworks.net/social-network-analysis-sna-software-review。

https://gephi.github.io/は、100万のエッジを処理できると述べています。グラフに1000000の頂点と50000のエッジしかない場合、ほとんどの頂点にはとにかくエッジがありません。

実際、Gephiの仕様はあなたの例のデュアルです：「最大50,000ノードと1,000,000エッジまでのネットワーク」

私は、と思うGephiあなたはRAMの8GB以上でなければなりません、不足-のメモリ問題に直面する可能性があります。エッジの数はそれほど大きくありませんが。

おそらく、この場合のより適切なツールはになりますGraphViz。これは、ネットワークの視覚化のためのコマンドラインツールであり、おそらくグラフサイズに対してより耐性があるでしょう。さらに、私が覚えGraphVizているように、計算を容易にするために事前計算された座標を使用することが可能です。

私はGraphViz巨大なグラフで使用する実際の例を見つけようとしましたが、成功しませんでした。計算科学についても同様の議論を見つけましたが。

レポートバック：graphmlをコーディングし、視覚化にyEdを使用しました（この組み合わせに精通しているからです。gephiまたはgraphvizが正常に機能し、さらに良くなる可能性があります）。すべてのノードの位置を計算したため、メモリはそれほど大きな問題ではありませんでした。graphmlのコーディングは、エッジの配置を明示的に指定する必要がないため、svgのコーディングに比べて少し簡単です。

PajekXXLは、膨大なネットワークを処理するように設計されています。しかし、Pajekはまた、直感的でないインターフェースを備えた奇妙なプログラムです。

Graphexpを使用することをお勧めします。Gephiは、明らかに制限されているコンピューターのRAMに大きく依存しています。一方、Graphexpは、限られた数のノードのみを表示します。これを使用して、他のノードに移動できます。UIとしてGraphexpを使用し、バックエンドストレージとしてHBaseを使用したJanusgraphを使用して、7億の頂点を持つグラフを視覚化しました。https://github.com/bricaud/graphexp

Graphistryを見てください。1Milのノードとエッジを処理できます。